|
|
Studium proteinu oligandrinu sekretovaného oomycetou Pythium oligandrum
Neykulova, Anastasia ; Bělonožníková, Kateřina (vedoucí práce) ; Adámková, Lyubina (oponent)
Oomyceta Pythium oligandrum působí jako mykoparazit patogenních hub, bakterií i oomycet v půdě díky produkci řady hydrolytických enzymů pro degradaci polysacharidů i proteinů v buněčné stěně hostitele. Zároveň také P. oligandrum dokáže interagovat s kořeny rostlin prostřednictvím specifických elicitorů a stimulovat obranyschopnost a růst rostlin. P. oligandrum je tedy úspěšně používaným ekologicky šetrným prostředkem biologické ochrany rostlin. Mezi sekretované elicitory P. oligandrum patří nízkomolekulární proteiny oligandriny (~10 kDa), které mají charakteristickou strukturu a konzervovanou sekvenci mezi skupinou tzv. elicitinů, a současně nejsou homologní k rostlinným proteinům. V rámci této bakalářské práce byla analyzována produkce oligandrinu v různých typech pěstebních médií po kultivaci P. oligandrum. V kultivačních médiích byla také sledována celková proteolytická aktivita a obsah fenolických látek jako dalších možných elicitorů obranných reakcí rostlin. Dále se tato práce soustředila na možnost rekombinantní exprese oligandrinu v buňkách E. coli a jeho následnou purifikaci. Klíčová slova: Pythium oligandrum, oligandrin, elicitory, kultivace, rekombinantní exprese
|
|
|
Příprava polymerního terapeutika cílícího na CD20 pozitivní B lymfomy a NK buňky
Hejl, Maxmilián ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Bělonožníková, Kateřina (oponent)
Maligní transformace B-buněk se projevuje výrazným zvýšením počtu povrchových znaků 20 (CD20, z angl. cluster of differentiation 20). Při studiu tohoto trendu byly představeny tzv. chimérické monoklonální protilátky cílící na CD20, které navozovaly apoptózu u B-lymfomů. Od zavedení prvního terapeutika rituximab bylo vytvořeno mnoho dalších, kdy některé se využívají k léčbě B-lymfomů dodnes. Bohužel v mnoha případech dochází k vývoji rezistence vůči těmto léčivům, a proto je příprava nových typů terapeutik stále aktuální. Tato práce si klade za cíl vytvořit makromolekulární konjugát typu polymer-protein schopný indukovat apoptózu u CD20 pozitivních leukemických linií. Za tímto účelem pracujeme s biologicky aktivními vektory, tzv. nanoprotilátkami (z angl. nanobody) anti-CD20. Jedná se o variabilní vazebnou doménu odvozenou od tzv. "heavy chain only" protilátek, které se vyskytují např. u lam či velbloudů. Ve srovnání s klasickými protilátkami jsou nanoprotilátky přibližně desetkrát menší, avšak jejich vazebná afinita vůči antigenu není pozměněna. Z tohoto důvodu jsou nanoprotilátky ideálními kandidáty pro připojení na polymerní nosič, kdy v této práci byl vybrán poly-N-[2-(hydroxypropyl)methakrylamid] (pHPMA). Pro připojení námi vyrobených nanoprotilátek byla vybrána transpeptidasová reakce...
|
|
|
Změny metabolismu rostlin v důsledku fytoremediace léčiv
Polívková, Linda ; Bělonožníková, Kateřina (vedoucí práce) ; Chmelík, Josef (oponent)
V důsledku lidské činnosti stoupá rychlost a množství, s jakými do životního prostředí vstupují nejrůznější polutanty. Mezi nimi mají důležitou roli léčiva a jejich metabolity, jejichž osud v přírodě zatím není zcela prozkoumán. Fytoremediace, jako alternativní metoda k tradičně zavedeným způsobům remediace odpadních vod a půd kontaminovaných polutanty, má stále vyšší potenciál stát se důležitým a ekologicky šetrným nástrojem pro obnovu a zachování životního prostředí. V této bakalářské práci byl sledován vliv léčiv buspironu, dextromethorfanu, ibuprofenu, kombinace dextromethorfanu a ibuprofenu, paroxetinu a sulpiridu na antioxidační systém kukuřice seté (Zea mays L., DKC 3969) kultivované in vitro v hydroponii za sterilních podmínek. V rostlinách kukuřice byla stanovena aktivita a izoenzymové složení peroxidas, které patří mezi klíčové složky antioxidačního systému. Množství celkových rozpustných proteinů v rostlinách bylo vlivem zmíněných léčiv ve většině případů sníženo. Naopak specifická aktivita celkových peroxidas, askorbátperoxidasy a guajakolperoxidasy byla ve většině případů zvýšena, a to nejvíce vlivem buspironu, sulpiridu a kombinace dextromethorfanu a ibuprofenu. Vliv daných farmak se projevil i změnami počtu a aktivit jednotlivých isoforem celkových volných peroxidas a...
|
|
|
Fytoremediace léčiv
Forróvá, Barbora ; Bělonožníková, Kateřina (vedoucí práce) ; Kubíčková, Božena (oponent)
Anxiolytika, sedativa, hypnotika a antidepresiva jsou v dnešní době jedny z nejčastěji předepisovaných léčiv. S jejich zvyšující se spotřebou roste riziko jejich průniku do povrchových vod a půd, kde se poté mohou akumulovat a ovlivňovat klíčové biologické procesy probíhající v buňkách živočichů nebo kontaminovat potravní řetězce. S tímto souvisí potřeba hledání způsobů zajišťující odstranění těchto látek z kontaminovaných míst. Pro dekontaminaci existuje široké spektrum metod, ovšem ne všechny jsou finančně přístupné a dostatečně šetrné k životnímu prostředí. Fytoremediace patří mezi ekologicky a ekonomicky šetrné způsoby odstraňování farmak a dalších xenobiotik z životního prostředí. V této práci byl sledován vliv léčiv diazepamu, rohypnolu a trazodonu na antioxidační systém rostlin kukuřice (Zea mays, L., kultivar DKC 3969), pěstovaných za sterilních podmínek hydroponicky in vitro. Dopady těchto léčiv na rostliny byly sledovány prostřednictvím aktivity důležitých antioxidačních enzymů, peroxidas a glutathion-S-transferasy, dále pomocí neenzymových ukazatelů na antioxidační kapacitu a obsahu látek ukazující na oxidativní stres, malondialdehyd a H2O2. V kořenech všech skupin rostlin kultivovaných in vitro s léčivem v médiu byl pozorován významný nárůst obsahu fenolických látek. Listy i kořeny...
|
|
|
Role N-glykosylace v homooligomerizaci receptoru přirozené cytotoxicity NKp30
Tulpa, Matouš ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Bělonožníková, Kateřina (oponent)
NK buňky hrají klíčovou roli v boji proti buňkám, které byly napadeny virem, prvokem nebo podlehly maligní transformaci. Kromě toho také regulují aktivitu a množství dalších buněk imunitního systému. Cílové buňky rozpoznávají pomocí svých aktivačních a inhibičních receptorů, ze kterých přijímají aktivační a inhibiční signály, na nichž je závislá cytotoxická odpověď NK buňky. Mezi signály panuje dynamická rovnováha, která rozhoduje o životě a smrti cílové buňky. Pokud převáží aktivační signály, bude cílová buňka eliminována. Pokud převáží inhibiční signály, pak cytotoxická odpověď nenastane. Receptor NKp30 patří do superrodiny receptorů podobných imunoglobulinům. Jedná se o důležitý aktivační receptor, který rozpoznává celou řadu ligandů, mezi které patří hemaglutinin viru vakcinie a ektromélie, protein pp65 lidského cytomegaloviru, B7-H6, BAG-6 a galektin-3. Extracelulární doména receptoru NKp30 je za určitých podmínek schopna v roztoku homooligomerizovat. První podmínkou je přítomnost N-glykosylace, druhou podmínkou je přítomnost 15 aminokyselin dlouhé "stalk" domény, která propojuje ligand vázající doménu s transmembránovým α-helixem. Cílem této práce bylo ověřit, které ze třech dostupných míst N-glykosylace receptoru NKp30 je zodpovědné za jeho homooligomerizaci. Dalším cílem byla biofyzikální...
|
|
|
Optimalizace metody izotermální amplifikace zprostředkované smyčkou pro testování vzorků pacientů s akutní infekcí horních cest dýchacích.
Čížová, Kateřina ; Jeřábek, Petr (vedoucí práce) ; Bělonožníková, Kateřina (oponent)
Bakterie Staphylococcus aureus je v současnosti jednou z nejčastěji detekovaných patogenních bakterií v laboratorní praxi. Problematická je zejména z pohledu antimikrobiální rezistence. Důležitým nástrojem v boji s tímto patogenním mikroorganismem je vhodná metoda jeho detekce, kterou by mohla být metoda izotermální amplifikace zprostředkované smyčkou. Předkládaná diplomová práce se zabývá optimalizaci této metody pro detekci genu nuc bakterie Staphylococcus aureus. Byl zaveden protokol pro detekci bakterie Staphylococcus aureus pomocí izotermální amplifikace zprostředkované smyčkou využívající nově navržené "primery" cílící na gen nuc. S cílem zlepšit limit detekce metody a bojovat s falešnou pozitivitou negativní kontroly byly provedeny kroky vedoucí k optimalizaci metody. Metodou jsme byli schopni během 20 minut bezpečně odlišit vzorky obsahující templátovou DNA o koncentraci 0,05 pg/μl od vzorku negativního. Prostřednictvím optimalizovaného protokolu bylo možné spolehlivě identifikovat bakterii Staphylococcus aureus v klinických vzorcích odebraných z dechu pacientů. Výsledkem práce byl nový, rychlý a spolehlivý způsob detekce bakterie Staphylococcus aureus metodou izotermální amplifikace zprostředkované smyčkou. Klíčová slova: izotermální amplifikace DNA zprostředkovaná smyčkou (LAMP),...
|
|
|
Příprava mutovaných forem proteinu B7-H6
Malá, Viktorie ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Bělonožníková, Kateřina (oponent)
Přirození zabijáci zvaní NK buňky (z angl. Natural Killers) jsou velmi podstatnou součástí imunitního systému. Jsou to tzv. přirození zabíječi, nesou na svém povrchu řadu receptorů. Pro imunitní dohled jsou zásadní dva typy receptorů dle funkce zvané inhibiční a aktivační. Inhibiční receptory zajišťují autotoleranci. Druhým typem jsou aktivační receptory, jejichž aktivace vede ke spuštění cytotoxické odpovědi, případně k zapojení dalších složek imunitního systému (např. makrofágů). Aktivační receptor NKp30 (označovaný také jako NCR3 nebo CD337) je protein z rodiny přirozeně cytotoxických receptorů (NCR, z angl. Natural Cytotoxicity Receptors). Je jedním z hlavních lidských NK-buněčných aktivačních receptorů s potenciálním využitím v cílené protinádorové terapii. Aktivačním ligandem receptoru NKp30 je protein B7-H6, který se běžně nevyskytuje na povrchu zdravých buněk. Vyskytuje se výhradně na buňkách, které jsou výrazně stresované, tedy např. na infikovaných nebo maligně transformovaných buňkách. Nese-li maligně transformovaná buňka na svém povrchu B7-H6, dojde ve většině případů k jejímu rozpoznání a eliminaci takřka ihned při jejím vzniku. Protože však ne všechny nádorové buňky jsou B7- H6 pozitivní, nabízí se možnost jejich zviditelnění pro imunitní systém právě skrz dekoraci proteinem B7-H6....
|
|
|
Use of biochemical methods in the study of plant metabolism with emphasis on the defense system
Bělonožníková, Kateřina ; Ryšlavá, Helena (vedoucí práce) ; Luhová, Lenka (oponent) ; Plchová, Helena (oponent)
(In Czech) Rostliny, jako sesilní organismy, se nemohou vyhnout působení abiotických a biotických stresových faktorů. Z těchto důvodů se v rostlinách vyvinuly komplexní a sofistikované mechanismy obrany. V zemědělství se k ochraně rostlin používají pesticidy, které ale mohou mít nežádoucí vedlejší účinky, a proto se pozornost obrací na přípravky biologické ochrany rostlin. Jedním z takových prostředků je Pythium oligandrum, půdní oomyceta, která pozitivně působí na rostliny v několika úrovních. Jednak vylučuje elicitiny, které stimulují obranné odpovědi a připravují rostlinu na případnou infekci (tzv. priming efekt), jednak sekretuje tryptamin, prekurzor auxinu, čímž podporuje růst rostliny. Kromě toho je P. oligandrum schopné mykoparazitismu vůči různým patogenům nebo antibiózy, přičemž také úspěšně soutěží s ostatními mikrooganismy o živiny a prostor. Klíčovým výzkumným tématem této práce byla analýza biochemických vlastností jedenácti izolátů P. oligandrum a jejich vliv na metabolismus rostlin. Naše výsledky ukázaly, že i blízce příbuzné izoláty P. oligandrum se významně liší v obsahu sloučenin sekretovaných do média, včetně proteinů, aminokyselin, tryptaminu a hydrolytických enzymů schopných degradovat buněčné stěny (endo-β-1,3-glukanasa, chitinasa a celulasa), exoglykosidasy, proteasy a...
|
|
|
Vlastnosti rostlinných extraktů
Bělonožníková, Kateřina ; Ryšlavá, Helena (vedoucí práce) ; Liberda, Jiří (oponent)
Rostliny syntetizují řadu látek označovaných jako sekundární metabolity. Patří mezi ně produkty fenylpropanoidní dráhy (flavonoidy, stilbeny, anthokyaniny, taniny), isoprenoidy a alkaloidy. Studiu sekundárních metabolitů rostlin je věnována značná pozornost, protože jsou spojovány s pozitivním vlivem na lidské zdraví a snížením rizika některých chorob včetně rakoviny, diabetu 2. typu a poruch kardiovaskulárního systému. Mechanismus účinku jednotlivých látek není dosud přesně znám, pozitivně se projevuje jejich antioxidační kapacita. V této práci byly připraveny extrakty z 22 druhů ovoce a zeleniny, byl stanoven celkový obsah fenolických látek, flavonoidů a antioxidační kapacita pomocí metody FRAP (z angl. ferric ion reducing antioxidant power) a ABTS [2,2' -azino-bis(3-ethylbenzothiazolin-6- sulfonát)]. Vysoký obsah fenolických látek byl zjištěn v extraktu z jahody, višně a kiwi. Nejvyšší antioxidační kapacitu měl extrakt z jahody. Další sledovanou vlastností byl vliv extraktů z ovoce a zeleniny na aktivitu trávicích enzymů pankreatické lipasy a α-amylasy. Extrakt z citronu, červeného rybízu, josty, limetky a višně snížil aktivitu lipasy, extrakty z červeného rybízu, dýně, kiwi a nashi výrazně inhibovaly štěpení škrobu α-amylasou. Klíčová slova: fenolické látky, flavonoidy, antioxidační kapacita,...
|
|
|
Use of biochemical methods in the study of plant metabolism with emphasis on the defense system
Bělonožníková, Kateřina
(In Czech) Rostliny, jako sesilní organismy, se nemohou vyhnout působení abiotických a biotických stresových faktorů. Z těchto důvodů se v rostlinách vyvinuly komplexní a sofistikované mechanismy obrany. V zemědělství se k ochraně rostlin používají pesticidy, které ale mohou mít nežádoucí vedlejší účinky, a proto se pozornost obrací na přípravky biologické ochrany rostlin. Jedním z takových prostředků je Pythium oligandrum, půdní oomyceta, která pozitivně působí na rostliny v několika úrovních. Jednak vylučuje elicitiny, které stimulují obranné odpovědi a připravují rostlinu na případnou infekci (tzv. priming efekt), jednak sekretuje tryptamin, prekurzor auxinu, čímž podporuje růst rostliny. Kromě toho je P. oligandrum schopné mykoparazitismu vůči různým patogenům nebo antibiózy, přičemž také úspěšně soutěží s ostatními mikrooganismy o živiny a prostor. Klíčovým výzkumným tématem této práce byla analýza biochemických vlastností jedenácti izolátů P. oligandrum a jejich vliv na metabolismus rostlin. Naše výsledky ukázaly, že i blízce příbuzné izoláty P. oligandrum se významně liší v obsahu sloučenin sekretovaných do média, včetně proteinů, aminokyselin, tryptaminu a hydrolytických enzymů schopných degradovat buněčné stěny (endo-β-1,3-glukanasa, chitinasa a celulasa), exoglykosidasy, proteasy a...
|
host ::
RSS.