|
|
The effects of long double-stranded RNA expression in mammalian cells.
Nejepínská, Jana ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Petr, Jaroslav (oponent) ; Štefl, Richard (oponent)
Dvouvláknová RNA je cizorodá molekula, která se objevuje v buňce buď jako produkt replikace viru nebo vzniká párováním komplementárních RNA, a to v rámci jedné molekuly nebo mezi dvěma molekulami. Komplementární RNA často pocházejí z repetitivních sekvencí. U savců může dvouvláknová RNA vstupovat do jedné ze tří drah: sekvenčně specifického umlčování RNA (RNA silencing), sekvenčně nezávislé interferonové (IFN) odpovědi nebo editace pomocí adenosin deamináz. Hlavním zaměřením mého PhD projektu bylo detailně zanalyzovat efekty dvouvláknové RNA produkované v savčích buňkách, a to v rámci celého organismu. Za tímto účelem jsme vytvořili konstrukt exprimující dvouvláknovou RNA ve formě mRNA, obsahující dlouhou a perfektně párující vlásenkovitou strukturu. Transgenní myši, vytvářející dvouvláknovou RNA ve všech buňkách, byly životaschopné a, na rozdíl od výsledků dosavadních studií, neměly aktivovanou IFN odpověď. V somatických buňkách byla dvouvláknová RNA jen málo štěpena na krátké interferující RNA (siRNA), nezpůsobovala transkripční umlčování v trans a docházelo k mírné deaminaci adenosinu bez zadržování editované RNA v jádře. Shodné výsledky jsme získali v savčích buňkách, které byly tranzientně transfekovány plazmidem exprimujícím dvouvláknovou RNA. Naproti tomu ve vajíčcích způsobovala...
|
|
|
Binding of eIF3 in complex with eIF5 and eIF1 to the 40S ribosomal subunit is accompanied by dramatic structural changes
Zeman, Jakub ; Valášek, Leoš (vedoucí práce) ; Štefl, Richard (oponent) ; Man, Petr (oponent)
Eukaryotické iniciační faktory (eIF) jsou pro průběh eukaryotické translace minimálně stejně důležité jako ribosom. Některé tyto faktory mají rozdílné úlohy napříč celou translací v zajištění korektního složení preiniciačního komplexu na mRNA, přesném výběru iniciačního kodonu, bezchybné produkci příslušného polypeptidu a jejím řádném ukončení. Patrně nejdůležitějším z těchto faktorů je eIF3, který integruje signály od ostatních faktorů a koordinuje jejich funkci na ribosomu. V případě Saccharomyces cerevisiae je eIF3 tvořen pěti podjednotkami. Všechny tyto podjednotky obsahují strukturní motivy zodpovědné za kontakt s ribosomálními proteiny a molekulami RNA. Kromě těchto vysoce strukturovaných částí je zbytek eIF3 nestrukturovaný a velmi flexibilní. Z toho důvodu nejsou i přes současný pokrok v kryoelektronové mikroskopii doposud známy ani přesná struktura eIF3, ani jeho přesná poloha na ribosomální podjednotce 40S. Rovněž přítomnost eIF3 na ribosomu 80S během časné elongace a role eIF3 v reiniciaci a pročítání stop kodonu nejsou zatím zcela prostudovány. K rozluštění těchto tajemství eIF3 jsme použili rentgenovou krystalografii, chemické zesítění spojené s hmotnostní spektrometrií a rozličné biochemické a genetické metody. Naše práce ukazuje, že je eIF3 velmi kompaktně sbalený, pokud se nachází...
|
|
|
The effects of long double-stranded RNA expression in mammalian cells.
Nejepínská, Jana ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Petr, Jaroslav (oponent) ; Štefl, Richard (oponent)
Dvouvláknová RNA je cizorodá molekula, která se objevuje v buňce buď jako produkt replikace viru nebo vzniká párováním komplementárních RNA, a to v rámci jedné molekuly nebo mezi dvěma molekulami. Komplementární RNA často pocházejí z repetitivních sekvencí. U savců může dvouvláknová RNA vstupovat do jedné ze tří drah: sekvenčně specifického umlčování RNA (RNA silencing), sekvenčně nezávislé interferonové (IFN) odpovědi nebo editace pomocí adenosin deamináz. Hlavním zaměřením mého PhD projektu bylo detailně zanalyzovat efekty dvouvláknové RNA produkované v savčích buňkách, a to v rámci celého organismu. Za tímto účelem jsme vytvořili konstrukt exprimující dvouvláknovou RNA ve formě mRNA, obsahující dlouhou a perfektně párující vlásenkovitou strukturu. Transgenní myši, vytvářející dvouvláknovou RNA ve všech buňkách, byly životaschopné a, na rozdíl od výsledků dosavadních studií, neměly aktivovanou IFN odpověď. V somatických buňkách byla dvouvláknová RNA jen málo štěpena na krátké interferující RNA (siRNA), nezpůsobovala transkripční umlčování v trans a docházelo k mírné deaminaci adenosinu bez zadržování editované RNA v jádře. Shodné výsledky jsme získali v savčích buňkách, které byly tranzientně transfekovány plazmidem exprimujícím dvouvláknovou RNA. Naproti tomu ve vajíčcích způsobovala...
|
host ::
RSS.