|
|
Dynamic Model for Production of Polyhydroxyalkanoates by Thermophilic Bacterium S. thermodepolymerans
Křápková, Monika ; Šafránek, David (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
This master's thesis deals with the reconstruction of a dynamic model for production of polyhydroxyalkanoates (PHA) by thermophilic bacterium Schlegelella thermodepolymerans. The first chapter provides readers with a brief introduction into the systems biology and mathematical graph theory. It is followed by Chapter Two dealing with different approaches in dynamic modelling, including the commonly used tools for dynamic analysis of complex systems. The third chapter then pursues further terms and possibilities regarding the model analysis. The following chapter focuses on metabolomics and the frequently used laboratory techniques and the fifth chapter is then occupied with polyhydroxyalkanoates, especially their chemical structure and properties. In Chapter Six, a general Boolean model for PHA production by thermophilic bacteria is proposed. Chapter Seven then aims at model refinement with focus on S. thermodepolymerans. The final dynamic model is analysed and the results are discussed.
|
|
|
Mining of soluble enzymes from genomic databases
Hon, Jiří ; Brejová, Bronislava (oponent) ; Šafránek, David (oponent) ; Zendulka, Jaroslav (vedoucí práce)
Enzymes are proteins accelerating chemical reactions, which makes them attractive targets for both pharmaceutical and industrial applications. The enzyme function is mediated by several essential amino acids which form the optimal chemical environment to catalyse the reaction. In this work, two integrated bioinformatics tools for mining and rational selection of novel soluble enzymes, EnzymeMiner and SoluProt, are presented. EnzymeMiner uses one or more enzyme sequences as input along with a description of essential residues to search the protein database. The description of essential amino acids is used to increase the probability of similar enzymatic function. EnzymeMiner output is a set of annotated database hits. EnzymeMiner integrates taxonomic, environmental, and protein domain annotations to facilitate selection of promising targets for experiments. The main prioritization criterion is solubility predicted by the second tool being presented, SoluProt. SoluProt is a machine-learning method for the prediction of soluble protein expression in Escherichia coli . The input is a protein sequence and the output is the probability of such protein to be soluble. SoluProt exploits a gradient boosting machine to decide on the output prediction class. The tool was trained on TargetTrack database. When evaluated against a balanced independent test set derived from the NESG database, SoluProt accuracy was 58.5% and its AUC 0.62, slightly exceeding those of a suite of alternative solubility prediction tools. Both EnzymeMiner and SoluProt are frequently used by the protein engineering community to find novel soluble biocatalysts for chemical reactions. These have a great potential to decrease energetic consumption and environmental burden of many industrial chemical processes.
|
|
|
Architektura regulační sítě metabolismu
Geryk, Jan ; Flegr, Jaroslav (vedoucí práce) ; Cvrčková, Fatima (oponent) ; Šafránek, David (oponent)
Předkládaná disertační práce se zabývá modularitou metabolických sítí a především architekturou regulační sítě metabolismu, která reprezentuje přímé regulační interakce mezi metabolity a enzymy. V první práci se zabývám problematikou tzv. "modularity measure", což je kvantitativní míra modularity sítě používaná pro účely identifikace modulů. Bylo zjištěno, že při maximalizaci této veličiny v síti může dojít k chybnému sloučení dvou jednoznačne vyjádřených modulů v jeden. Maximální velikost modulu u kterého existuje riziko, že je tvořen dvěma moduly je známa jako rozlišovací limit modularity measure. V mé první práci je tento rozlišovací limit zobecněn, což umožňuje nahlédnout jeho podstatu v použití nulového modelu. Zároveň je zde ukázáno, že riziko chybného sloučení existuje i v případě větších modulů, než bylo uváděno v původní práci. Druhá práce je zaměřena na otázku, jak se změní modularita metabolické sítě E.coli po přidání regulačních vazeb. Bylo zde ukázáno, že modularita mírně nicméně signifikantně vzroste, zaměříme-li se na modulární jádro sítě. Identifikované moduly jsou funkčně interpretovatelné jako regulačně autonomí části metabolismu. Zvýšení modularity vzhledem k nulovému modelu lze považovat za nepřímý důsledek potřeby lokální regulace některých částí metabolické sítě. Vznik...
|
|
|
Dynamic Model for Production of Polyhydroxyalkanoates by Thermophilic Bacterium S. thermodepolymerans
Křápková, Monika ; Šafránek, David (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
This master's thesis deals with the reconstruction of a dynamic model for production of polyhydroxyalkanoates (PHA) by thermophilic bacterium Schlegelella thermodepolymerans. The first chapter provides readers with a brief introduction into the systems biology and mathematical graph theory. It is followed by Chapter Two dealing with different approaches in dynamic modelling, including the commonly used tools for dynamic analysis of complex systems. The third chapter then pursues further terms and possibilities regarding the model analysis. The following chapter focuses on metabolomics and the frequently used laboratory techniques and the fifth chapter is then occupied with polyhydroxyalkanoates, especially their chemical structure and properties. In Chapter Six, a general Boolean model for PHA production by thermophilic bacteria is proposed. Chapter Seven then aims at model refinement with focus on S. thermodepolymerans. The final dynamic model is analysed and the results are discussed.
|
|
|
Užitky produktu hokejového utkání HC Slavia Praha
Šafránek, David ; Šíma, Jan (vedoucí práce) ; Crossan, William Morea (oponent)
Název: Užitky produktu hokejového utkání HC Slavia Praha Cíle: Identifikace a popis jednotlivých užitků produktu hokejového utkání HC Slavie Praha. Zjištění divácké spokojenosti s dílčími užitky, které plynou divákům z návštěvy domácího utkání HC Slavie Praha. Z nahromaděných údajů vytvořit doporučení, která napomohou ke zvýšení míry spokojenosti diváků a k nárůstu divácké návštěvnosti. Metody: Marketingový výzkum, kterým byla zjištěna spokojenost diváků s užitky produktu HC Slavia Praha, byl realizován kvantitativní metodou. Data byla získána pozorováním a dotazováním. Pomocí technik osobního, písemného a elektronického dotazování velkého vzorku respondentů, bylo získáno dostatečné množství dat, ze kterých byla zjištěna spokojenost diváků s dílčími užitky utkání. Výsledky: Z výsledku výzkumu vyplynulo, že návštěvníci domácích utkání HC Slavia Praha jsou s mnoha užitky převážně spokojeni. Bylo zjištěno, že pro diváky je nejdůležitějším aspektem sportovní výkon a atmosféra na stadionu, nejméně důležitý je pro diváky doprovodný program. Na základě zjištěných výsledků byly vytvořeny návrhy a doporučení ke zvýšení divácké spokojenosti a návštěvnosti. Doporučení se týkala hlavně oblasti občerstvení, diváckého komfortu a vybavení stadionu. Klíčová slova: HC Slavia Praha, sportovní marketing, marketingový...
|
|
|
Konkurence ve vybraných sportovních centrech v regionu
Šafránek, David ; Šíma, Jan (vedoucí práce) ; Ruda, Tomáš (oponent)
Název: Konkurence ve vybraných sportovních centrech v regionu Cíl: Analýza a porovnání marketingových aktivit vybraných sportovních center působících v Kolíně. Data získaná z marketingového výzkumu posloužila pro analýzu konkurenčního prostředí v regionu a dále také k vytvoření a navržení opatření, která povedou ke zlepšení marketingové činnosti a zlepšení konkurenceschopnosti vybraných sportovních center. Metody: Pro analýzu konkurenčního prostředí v Kolíně byla využita PEST analýza a SWOT analýza. Marketingový výzkum byl proveden pomocí kvalitativní techniky hloubkového interview s manažery vybraných sportovních center. Výsledky: Výsledky analýzy konkurenčního prostředí Kolín dokazují nutnost využívání marketingových nástrojů k provozu fitness center. Bylo zjištěno, že konkurence mezi vybranými fitness centry je velmi intenzivní. Marketingové aktivity napomáhají odlišit se od konkurence a zvýšit klientskou základnu. Výsledky analýzy potvrdily, že zkoumaná fitness centra dostatečně nevyužívají marketingových nástrojů a mají v tomto směru velké rezervy. Klíčová slova: konkurence, marketing, marketingový mix, marketing služeb, fitness centrum
|
|
|
Architektura regulační sítě metabolismu
Geryk, Jan ; Flegr, Jaroslav (vedoucí práce) ; Cvrčková, Fatima (oponent) ; Šafránek, David (oponent)
Předkládaná disertační práce se zabývá modularitou metabolických sítí a především architekturou regulační sítě metabolismu, která reprezentuje přímé regulační interakce mezi metabolity a enzymy. V první práci se zabývám problematikou tzv. "modularity measure", což je kvantitativní míra modularity sítě používaná pro účely identifikace modulů. Bylo zjištěno, že při maximalizaci této veličiny v síti může dojít k chybnému sloučení dvou jednoznačne vyjádřených modulů v jeden. Maximální velikost modulu u kterého existuje riziko, že je tvořen dvěma moduly je známa jako rozlišovací limit modularity measure. V mé první práci je tento rozlišovací limit zobecněn, což umožňuje nahlédnout jeho podstatu v použití nulového modelu. Zároveň je zde ukázáno, že riziko chybného sloučení existuje i v případě větších modulů, než bylo uváděno v původní práci. Druhá práce je zaměřena na otázku, jak se změní modularita metabolické sítě E.coli po přidání regulačních vazeb. Bylo zde ukázáno, že modularita mírně nicméně signifikantně vzroste, zaměříme-li se na modulární jádro sítě. Identifikované moduly jsou funkčně interpretovatelné jako regulačně autonomí části metabolismu. Zvýšení modularity vzhledem k nulovému modelu lze považovat za nepřímý důsledek potřeby lokální regulace některých částí metabolické sítě. Vznik...
|
host ::
RSS.