|
Predicting the electrochemical properties of flavins via the density functional theory method
Tomečková, Eva Jazmína ; Lukeš,, Vladimír (referee) ; Truksa, Jan (advisor)
The use of flavins for energy storage is a currently researched topic that could result in non-toxic and sustainable batteries. With the help of computational chemistry, it is possible to accelerate the search for suitable flavin candidates. In this work, the functionals B3LYP and M062X along with six basis sets were tested for predicting the redox potentials of selected flavin molecules. Calculations using the DFT method were performed for each flavin molecule and its corresponding reduced forms in solution and gas phase. Based on the calculated energies, several redox potential prediction models were constructed, the accuracy of these models was verified by correlation with experimental data. In this work, two suitable models were found. The methodology of these models involves gas-phase DFT calculations with energy correction using ab initio MP2 calculations. These models combined the M062X functional and the Aug-CC-pVDZ and def2SVP basis sets.
|
|
Modelling of organic electrochemical transistors
Truksa, Jan ; Omasta, Lukáš (referee) ; Salyk, Ota (advisor)
The topic of this work is the making of a virtual model of a circular organic electrochemical transistor (OECT) and its electric field, and comparison of the computed results to a real system of rotationally symmetrical electrodes. The electric potential field in the transistor was modelled using the finite element method and the electric field and current field were determined using the results. Later, the electric potential field was mapped in a real system of aluminium electrodes, submerged in water. The electric field model of an unusually configured circular OECT is presented in this work. Due to insufficient computing capacity, the model had to be significantly simplified. The computed results agree with the experimentally determined potential field despite the simplification. The deviations of the model output characteristic from real OECT characteristic were caused by simplifying the model in respect to reality.
|
|
Modelling of bioelectronic devices
Truksa, Jan ; Vala, Martin (referee) ; Salyk, Ota (advisor)
Tématem této práce je počítačové modelování organického elektrochemického tranzistoru (OECT). Pro vytvoření modelu bylo třeba vypočítat rozložení elektrického pole a koncentrace iontů elektrolytu. Výpočet byl proveden numericky pomocí metody konečných prvků. Bylo vypočítáno rozložení elektrického potenciálu na povrchu kanálu OECT, dále byly vypočítány změny vodivosti a výstupní proud OECT. Výpočty byly provedeny na osobním počítači pomocí komerčního softwaru COMSOL Multiphysics. Kvůli nedostatečnému výpočetnímu výkonu musel být model rozdělen na části a drasticky zjednodušen. Prezentované výsledky se liší od literatury, protože se nepodařilo správně modelovat saturaci tranzistoru. Odchylky od reálného chování OECT jsou pravděpodobně způsobeny zjednodušením modelu.
|
|
Mounting Frame Design for IC Engine Testing
Truksa, Jan ; Svída, David (referee) ; Ramík, Pavel (advisor)
In those diploma thesis I engaged in design of mounting frame for mounting mtorcycle four-stroke inline combustion engine to dynamometric testing site. The goal is necessary mobility and versatility of the design. That mean the construction would be useful for other motorcycle engines.
|
|
Studying the properties of molecular photoactive materials via the methods of computational chemistry
Truksa, Jan ; Rapta, Peter (referee) ; Toman, Petr (referee) ; Salyk, Ota (advisor)
V této práci jsou nejprve rychle nastíněny principy teorie funkcionálu elektronové hustoty (DFT), spolu s praktickými metodami hledání nejníže energeticky postavených struktur organických molekul a predikování jejich spektroskopických a elektronických vlastností. Poté jsou prezentovány výsledky teoretické analýzy geometrie a elektronové struktury dvou druhů molekul v kombinaci s experimentálními výsledky. Nejprve jsou diskutovány alloxazin, lumazin a jejich deriváty, souhrnně nazývané flaviny, které reprezentují molekulární materiály. Naproti tomu, struktury na bázi polythiofenu reprezentují polymerní materiály. V případě flavinů byla nejprve nalezena nejlepší možná korelace teoretických absorpčních spekter s experimentálními na základě výpočtů se třemi různými bázovými soustavami v kombinaci s funkcionálem B3LYP. Dobrá shoda byla nalezena pomocí metod B3LYP/6-31+G** a B3LYP/aug-cc-PVDZ, které dosáhly korelačních koeficientů 0.95 a 0.96. Naproti tomu soustava def2SVP dosáhla pouze 0.94. V tomto kontextu se tak metoda B3LYP/6-31+G** jeví jako nejefektivnější vzhledem k náročnosti na výpočetní kapacitu. Měřením absorpčních spekter vybraných flavinů ve směsi dimethylsulfoxidu (DMSO) a vody byla získána spektra jednotlivých izomerů – alloxazinové a isoalloxazinové formy. Reakce těchto molekul na změny koncentrace DMSO a vody bude předmětem dalšího studia. U polythiofenů byly studovány optické a elektrické vlastnosti na modelových oktamerech, zatímco geometrie a konformace adamantylovaných substitutentů byly z důvodu vysoké výpočetní náročnosti modelovány na trimerových molekulách. Bylo zjištěno, že thiofenový řetězec s postranními methyladamantylovými skupinami vykazuje vyšši rigiditu než řetězec substituovaný ethyladamantylem, což bylo později potvrzeno krystalografickou analýzou a skenováním povrchu pomocí mikroskopie atomárních sil. Byly nalezeny krystalické struktury s parametry srovnatelnými s poly(3-hexylthiofenem) (P3HT). Na základě tohoto výzkumu byly navržený nové páteřní řetězce pro možnou syntézu, jako hlavní doporučení se zde jeví snížení počtu substituentů, aby adamantylový postranní řetězec byl přítomen pouze na každém druhém či třetím thiofenu. Zde prezentované molekuly jsou zajímavými kandidáty pro využití v optoelektronice, a teoretické predikce dosahují dobrou shodu s experimentem, přestože jejich srovnání není vždy triviální, jako je tomu například u postranních řetězců polythiofenu.
|
|
Modelling of bioelectronic devices
Truksa, Jan ; Vala, Martin (referee) ; Salyk, Ota (advisor)
Tématem této práce je počítačové modelování organického elektrochemického tranzistoru (OECT). Pro vytvoření modelu bylo třeba vypočítat rozložení elektrického pole a koncentrace iontů elektrolytu. Výpočet byl proveden numericky pomocí metody konečných prvků. Bylo vypočítáno rozložení elektrického potenciálu na povrchu kanálu OECT, dále byly vypočítány změny vodivosti a výstupní proud OECT. Výpočty byly provedeny na osobním počítači pomocí komerčního softwaru COMSOL Multiphysics. Kvůli nedostatečnému výpočetnímu výkonu musel být model rozdělen na části a drasticky zjednodušen. Prezentované výsledky se liší od literatury, protože se nepodařilo správně modelovat saturaci tranzistoru. Odchylky od reálného chování OECT jsou pravděpodobně způsobeny zjednodušením modelu.
|
|
Modelling of organic electrochemical transistors
Truksa, Jan ; Omasta, Lukáš (referee) ; Salyk, Ota (advisor)
The topic of this work is the making of a virtual model of a circular organic electrochemical transistor (OECT) and its electric field, and comparison of the computed results to a real system of rotationally symmetrical electrodes. The electric potential field in the transistor was modelled using the finite element method and the electric field and current field were determined using the results. Later, the electric potential field was mapped in a real system of aluminium electrodes, submerged in water. The electric field model of an unusually configured circular OECT is presented in this work. Due to insufficient computing capacity, the model had to be significantly simplified. The computed results agree with the experimentally determined potential field despite the simplification. The deviations of the model output characteristic from real OECT characteristic were caused by simplifying the model in respect to reality.
|
|
Mounting Frame Design for IC Engine Testing
Truksa, Jan ; Svída, David (referee) ; Ramík, Pavel (advisor)
In those diploma thesis I engaged in design of mounting frame for mounting mtorcycle four-stroke inline combustion engine to dynamometric testing site. The goal is necessary mobility and versatility of the design. That mean the construction would be useful for other motorcycle engines.
|
| |