|
|
Conformational behavior of dendritic branched polymers in aqueous solutions (Dissipative particle dynamics)
Suchá, Lucie ; Limpouchová, Zuzana (advisor) ; Posel, Zbyšek (referee)
Bakalářská práce se věnuje studiu konformačního chování polymerních den- drimer· ve vodných roztocích. Polymerní roztoky byly simulovány pomocí di- sipativní částicové dynamiky. Všechny simulace byly provedeny pomocí pro- gramu DL−MESO. Pro generování vstupních soubor· a zpracování výsledk· simulací byly napsány vlastní programy. Správná funkce programu a správné nastavení simulačních parametr· bylo ověřeno pomocí parametrické studie nekonečně zředěných roztok· homopolymerních dendrimer· v dobrém roz- pouštědle. 'kálovací exponent gyračního poloměru získaný pomocí simulací je v souladu s publikovanými daty. Dále bylo porovnáváno konformační chování homopolymerního a kopolymerního dendrimeru. Klíčová slova: Počítačové simulace, disipativní částicová dynamika, dendri- mer, konformační chování, vodné roztoky, větvený polymer
|
|
|
Simulations of Polymers with Brownian Dynamics
Hájková, Alexandra ; Uhlík, Filip (advisor) ; Posel, Zbyšek (referee)
Title: Simulations of Polymers with Brownian Dynamics Author: Alexandra Hájková Supervisor: RNDr. Filip Uhlík, Ph.D. Department of Physical and Macromolecular Chemistry Abstract: This work presents Brownian Dynamics simulations of macromolecules. A com- mon approaches to hydrodynamic interactions employes the Rotne-Prager-Yamakawa (RPY) tensor. In such cases simple simulation step takes time proportional to O(N3) when Cholesky decomposition of RPY tensor is used. This makes the simulation too much time-consuming. This work proposes a new method for approximation of hydrodynamic interactions with a Toeplitz matrix. Decomposition of this matrix can be performed in O(N2) time, which considerably speeds up the simulations. In this work the new method was implemented, thoroughly tested, compared to a reference RPY approximation and applied to linear, cyclic and star macromolecules. Keywords: Brownian dynamics, macromolecules, hydrodynamic interactions, Rotne-Prager- Yamakawa tensor, Toeplitz matrix, Cholesky decomposition 1
|
|
|
Conformational behavior of dendritic branched polymers in aqueous solutions (Dissipative particle dynamics)
Suchá, Lucie ; Limpouchová, Zuzana (advisor) ; Posel, Zbyšek (referee)
Bakalářská práce se věnuje studiu konformačního chování polymerních den- drimer· ve vodných roztocích. Polymerní roztoky byly simulovány pomocí di- sipativní částicové dynamiky. Všechny simulace byly provedeny pomocí pro- gramu DL−MESO. Pro generování vstupních soubor· a zpracování výsledk· simulací byly napsány vlastní programy. Správná funkce programu a správné nastavení simulačních parametr· bylo ověřeno pomocí parametrické studie nekonečně zředěných roztok· homopolymerních dendrimer· v dobrém roz- pouštědle. 'kálovací exponent gyračního poloměru získaný pomocí simulací je v souladu s publikovanými daty. Dále bylo porovnáváno konformační chování homopolymerního a kopolymerního dendrimeru. Klíčová slova: Počítačové simulace, disipativní částicová dynamika, dendri- mer, konformační chování, vodné roztoky, větvený polymer
|
guest ::
