|
|
Detection of repetitive sequences in genomes
Puterová, Janka ; Jedlička, Pavel (referee) ; Kléma, Jiří (referee) ; Zendulka, Jaroslav (advisor)
Repetitivní sekvence mohou tvořit významnou část genomu, v některých případech více než 80%, která však bývala vědci často přehlížena. Dnes je známo, že repetice mají v genomu různé funkce a rozdělují se na dvě hlavní skupiny: rozptýlené a tandemové repetice. Cílem této práce bylo vytvoření bioinformatických nástrojů pro detekci repetic, ať už přímo ze sekvenačních dat generovaných sekvenátory, nebo ze sestavených genomů. V úvodní části práce poskytuje náhled do problematiky a přehled typů repetic vyskytujících se v genomech. Dále se práce zabývá stávajícími přístupy a nástroji zaměřenými na identifikaci repetic přímo ze sestavených sekvencí. Hlavním přínosem do této oblasti bylo vytvoření nástroje digIS, který se zaměřuje na detekci inserčních sekvencí, které přestavují nejhojněji se vyskytující rozptýlené repetice u prokaryot. digIS je založen na principu profilových skrytých Markovových modelů zkonstruovaných pro katalytické domény transpozáz, které představují nejkonzervativnější část inserčních sekvencí a zachovávají si sekundární strukturu v rámci rodiny. Následně práce poskytuje přehled sekvenačních technologií a rozebírá stávající metody pro detekci repetic přímo ze sekvenačních dat, bez nutnosti procházejícího sestavení genomu. Je představen nový přístup pro detailní analýzu tandemových repetic. Tento přístup rozšiřuje základní analýzu nástroje RepeatExplorer, který detekuje a charakterizuje repetice přímo ze sekvenačních dat. Práce dále diskutuje aplikace detekce repetic v biologickém výzkumu zejména z pohledu srovnávacích studií repeatomu a evoluce pohlavních chromozomů. V závěrečné části práce poskytuje souhrn dosažených výsledků výzkumu v podobě čtyř článků publikovaných v mezinárodních časopisech, jejichž plné znění je dostupné v přílohách, a celkové shrnutí práce a možnosti budoucího výzkumu.
|
|
|
Detection of repetitive sequences in genomes
Puterová, Janka ; Jedlička, Pavel (referee) ; Kléma, Jiří (referee) ; Zendulka, Jaroslav (advisor)
Repetitivní sekvence mohou tvořit významnou část genomu, v některých případech více než 80%, která však bývala vědci často přehlížena. Dnes je známo, že repetice mají v genomu různé funkce a rozdělují se na dvě hlavní skupiny: rozptýlené a tandemové repetice. Cílem této práce bylo vytvoření bioinformatických nástrojů pro detekci repetic, ať už přímo ze sekvenačních dat generovaných sekvenátory, nebo ze sestavených genomů. V úvodní části práce poskytuje náhled do problematiky a přehled typů repetic vyskytujících se v genomech. Dále se práce zabývá stávajícími přístupy a nástroji zaměřenými na identifikaci repetic přímo ze sestavených sekvencí. Hlavním přínosem do této oblasti bylo vytvoření nástroje digIS, který se zaměřuje na detekci inserčních sekvencí, které přestavují nejhojněji se vyskytující rozptýlené repetice u prokaryot. digIS je založen na principu profilových skrytých Markovových modelů zkonstruovaných pro katalytické domény transpozáz, které představují nejkonzervativnější část inserčních sekvencí a zachovávají si sekundární strukturu v rámci rodiny. Následně práce poskytuje přehled sekvenačních technologií a rozebírá stávající metody pro detekci repetic přímo ze sekvenačních dat, bez nutnosti procházejícího sestavení genomu. Je představen nový přístup pro detailní analýzu tandemových repetic. Tento přístup rozšiřuje základní analýzu nástroje RepeatExplorer, který detekuje a charakterizuje repetice přímo ze sekvenačních dat. Práce dále diskutuje aplikace detekce repetic v biologickém výzkumu zejména z pohledu srovnávacích studií repeatomu a evoluce pohlavních chromozomů. V závěrečné části práce poskytuje souhrn dosažených výsledků výzkumu v podobě čtyř článků publikovaných v mezinárodních časopisech, jejichž plné znění je dostupné v přílohách, a celkové shrnutí práce a možnosti budoucího výzkumu.
|
|
|
Juvenoids and juvenogens - possibilities of their use for pest management of herbivorous incect
Jedlička, Pavel ; Jarošík, Vojtěch (advisor) ; Kodrík, Dalibor (referee) ; Stejskal, Václav (referee)
INTRODUCTION In my PhD thesis I am engagedin determinationand evaluationof effects of selectedju- venoids andjuvenogens'ofvarious chemical structuÍeson model insect species.Thesecom- pounds were tested using topical and per os application on the red firebug, Pyrhocoris apterus L., and applied via the broad bean, Vicia faba L., root system on the pea aphid, Acyrthosiphonpisum Huris. Theq basedon result obtainedfrom theseassays,I considered the suitabi|iý of thesecompoundsfor aphidmanagementandtheir potentialimpact on aphid predatorybeetles(Coleopter4 Coccinelidae). RESULTS The most importantdataobtainedAom testson P. apterus andA. pisum I presentedin the articleJedličkaet a|.(2007): The systemiceffectsofjuvenoids on the red firebugPyrrřocois qterus and on the pea aphidAcyrthosiphonpisumwith dataon life tableresponse JeďičkaP., Hrdý I.,Kuldová J. andWimmerZ. PestManagementscience63' 102ó.1035 Abstract A series ofjuvenoid ďcohols and theř glycosidic derivatives (uvenogens),synthe. sized atthe lnstituteof Organic Chemistry and Biochemistry (IOCB) in hague, com- mercially usedjuvenoids and the naturď derivativesofjuvabione were evaluatedfor their systemic juvenilizing effect on the red firebug, Pyrrhocoris apterus L., and onthe pea aphid Ácyrthosiphonpisum Harris' A life table Íesponseexperimentwas desiped,...
|
|
|
Juvenoids and juvenogens - possibilities of their use for pest management of herbivorous incect
Jedlička, Pavel ; Jarošík, Vojtěch (advisor) ; Kodrík, Dalibor (referee) ; Stejskal, Václav (referee)
INTRODUCTION In my PhD thesis I am engagedin determinationand evaluationof effects of selectedju- venoids andjuvenogens'ofvarious chemical structuÍeson model insect species.Thesecom- pounds were tested using topical and per os application on the red firebug, Pyrhocoris apterus L., and applied via the broad bean, Vicia faba L., root system on the pea aphid, Acyrthosiphonpisum Huris. Theq basedon result obtainedfrom theseassays,I considered the suitabi|iý of thesecompoundsfor aphidmanagementandtheir potentialimpact on aphid predatorybeetles(Coleopter4 Coccinelidae). RESULTS The most importantdataobtainedAom testson P. apterus andA. pisum I presentedin the articleJedličkaet a|.(2007): The systemiceffectsofjuvenoids on the red firebugPyrrřocois qterus and on the pea aphidAcyrthosiphonpisumwith dataon life tableresponse JeďičkaP., Hrdý I.,Kuldová J. andWimmerZ. PestManagementscience63' 102ó.1035 Abstract A series ofjuvenoid ďcohols and theř glycosidic derivatives (uvenogens),synthe. sized atthe lnstituteof Organic Chemistry and Biochemistry (IOCB) in hague, com- mercially usedjuvenoids and the naturď derivativesofjuvabione were evaluatedfor their systemic juvenilizing effect on the red firebug, Pyrrhocoris apterus L., and onthe pea aphid Ácyrthosiphonpisum Harris' A life table Íesponseexperimentwas desiped,...
|
|
| |
|
| |
|
| |
guest ::
RSS feed.