|
|
Mathematical Programs for Blending Problems
Kalenský, Vít ; Bednář, Josef (referee) ; Popela, Pavel (advisor)
This diploma thesis deals with optimization models with design of a new waste management infrastructure in the Czech Republic, such that combustible waste, which is not utilized by the material recovering, can be used by energy recovering. This task is handled by optimization models, including trac and mixing problems. First of all, the concepts of graph theory and optimization are presented in this paper. Subsequently, some of the GAMS functions are discussed, and later the VBA programming language used to handle the larger data quickly is presented. In the main part, three gradually expanding models are developed. At the end the data from the waste management information system are implemented into them.
|
|
|
Methods for Comparative Analysis of Metagenomic Data
Sedlář, Karel ; Vinař,, Tomáš (referee) ; Lexa, Matej (referee) ; Provazník, Ivo (advisor)
Moderní výzkum v environmentální mikrobiologii využívá k popisu mikrobiálních komunit genomická data, především sekvenaci DNA. Oblast, která zkoumá veškerý genetický materiál přítomný v environmentálním vzorku, se nazývá metagenomika. Tato doktorská práce se zabývá metagenomikou z pohledu bioinformatiky, která je nenahraditelná při výpočetním zpracování dat. V teoretické části práce jsou popsány dva základní přístupy metagenomiky, včetně jejich základních principů a slabin. První přístup, založený na cíleném sekvenování, je dobře rozpracovanou oblastí s velkou řadou bioinformatických technik. Přesto mohou být metody pro porovnávání vzorků z několika prostředí podstatně vylepšeny. Přístup představený v této práci používá unikátní transformaci dat do podoby bipartitního grafu, kde je jedna partita tvořena taxony a druhá vzorky, případně různými prostředími. Takový graf plně reflektuje kvalitativní i kvantitativní složení analyzované mikrobiální sítě. Umožňuje masivní redukci dat pro jednoduché vizualizace bez negativních vlivů na automatickou detekci komunit, která dokáže odhalit shluky podobných vzorků a jejich typických mikrobů. Druhý přístup využívá sekvenace celého metagenomu. Tato strategie je novější a příslušející bioinformatické nástroje jsou méně propracované. Hlavní výzvou přitom zůstává rychlá klasifikace sekvencí, v metagenomice označovaná jako „binning“. Metoda představená v této práci využívá přístupu zpracování genomických signálů. Tato unikátní metodologie byla navržena na základě podrobné analýzy redundance genetické informace uložené v genomických signálech. Využívá transformace znakových sekvencí do několika variant fázových signálů. Navíc umožňuje přímé zpracování dat ze sekvenace nanopórem v podobě nativních proudových signálů.
|
|
|
Ecology of pollination networks
Hadrava, Jiří ; Janšta, Petr (advisor) ; Novotný, Vojtěch (referee)
In communities, plants and pollinators are organized into complex network of relations. Description of structure in this network can contribute to understanding of community dynamics and persistence of biodiversity. Better understanding of patterns in assemblages of plants and pollinators may also help in their protection. The aim of this work is to review recent methodological principles in the pollination network analyses and to show potential problems in concept of ecological networks. Graph theory is breefly summarized and applied to the description of pollination networks. As an example, results on comparison of communities from different geographical sites are given.
|
|
|
Mathematical Programs for Blending Problems
Kalenský, Vít ; Bednář, Josef (referee) ; Popela, Pavel (advisor)
This diploma thesis deals with optimization models with design of a new waste management infrastructure in the Czech Republic, such that combustible waste, which is not utilized by the material recovering, can be used by energy recovering. This task is handled by optimization models, including trac and mixing problems. First of all, the concepts of graph theory and optimization are presented in this paper. Subsequently, some of the GAMS functions are discussed, and later the VBA programming language used to handle the larger data quickly is presented. In the main part, three gradually expanding models are developed. At the end the data from the waste management information system are implemented into them.
|
|
|
Methods for Comparative Analysis of Metagenomic Data
Sedlář, Karel ; Vinař,, Tomáš (referee) ; Lexa, Matej (referee) ; Provazník, Ivo (advisor)
Moderní výzkum v environmentální mikrobiologii využívá k popisu mikrobiálních komunit genomická data, především sekvenaci DNA. Oblast, která zkoumá veškerý genetický materiál přítomný v environmentálním vzorku, se nazývá metagenomika. Tato doktorská práce se zabývá metagenomikou z pohledu bioinformatiky, která je nenahraditelná při výpočetním zpracování dat. V teoretické části práce jsou popsány dva základní přístupy metagenomiky, včetně jejich základních principů a slabin. První přístup, založený na cíleném sekvenování, je dobře rozpracovanou oblastí s velkou řadou bioinformatických technik. Přesto mohou být metody pro porovnávání vzorků z několika prostředí podstatně vylepšeny. Přístup představený v této práci používá unikátní transformaci dat do podoby bipartitního grafu, kde je jedna partita tvořena taxony a druhá vzorky, případně různými prostředími. Takový graf plně reflektuje kvalitativní i kvantitativní složení analyzované mikrobiální sítě. Umožňuje masivní redukci dat pro jednoduché vizualizace bez negativních vlivů na automatickou detekci komunit, která dokáže odhalit shluky podobných vzorků a jejich typických mikrobů. Druhý přístup využívá sekvenace celého metagenomu. Tato strategie je novější a příslušející bioinformatické nástroje jsou méně propracované. Hlavní výzvou přitom zůstává rychlá klasifikace sekvencí, v metagenomice označovaná jako „binning“. Metoda představená v této práci využívá přístupu zpracování genomických signálů. Tato unikátní metodologie byla navržena na základě podrobné analýzy redundance genetické informace uložené v genomických signálech. Využívá transformace znakových sekvencí do několika variant fázových signálů. Navíc umožňuje přímé zpracování dat ze sekvenace nanopórem v podobě nativních proudových signálů.
|
|
|
Ecology of pollination networks
Hadrava, Jiří ; Janšta, Petr (advisor) ; Novotný, Vojtěch (referee)
In communities, plants and pollinators are organized into complex network of relations. Description of structure in this network can contribute to understanding of community dynamics and persistence of biodiversity. Better understanding of patterns in assemblages of plants and pollinators may also help in their protection. The aim of this work is to review recent methodological principles in the pollination network analyses and to show potential problems in concept of ecological networks. Graph theory is breefly summarized and applied to the description of pollination networks. As an example, results on comparison of communities from different geographical sites are given.
|
guest ::
