Original title: Více-úrovňové modelování NMR chemických posunů v proteinech
Translated title: Multi-scale modelling of protein NMR chemical shifts
Authors: Gaffour, Amina ; Pavlíková Přecechtělová, Jana (advisor) ; Spiwok, Vojtěch (referee) ; Vondrášek, Jiří (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2026
Language: eng
Abstract: Tato práce zahrnuje dva projekty, které se zabývají výpočetní NMR spektroskopií proteinů a vlivem posttranslačních modifikací na dynamiku a vazebné interakce vnitřně neuspořádaných proteinů. První projekt zkoumá přesnost výpočtů spin-spinových interakč- ních konstant získaných pomocí fragmentačních technik, které byly do- posud v literatuře systematicky vyhodnoceny jen ve velmi omezené míře. Práce se obvzláště zabývá možnostmi využití fragmentační metody Ad- justable Density Matrix Assembler (ADMA) pro výpočet spin-spinových interakčních konstant v neuspořádaných proteinech. Praktické výpočty založené na kombinaci ADMA s teorií funkcionálu hustoty byly prove- deny pro třetí imunoglobulinovou vazebnou doménu proteinu G a poskyt- ly výsledky, které jsou ve shodě s Karplusovými vztahy i s experimentální- mi NMR daty. Související výpočetní náklady však odhalují omezení přímého použití těchto výpočtů pro sekvenční molekulárně dynamické soubory, zejména v kontextu vnitřně neuspo-řádaných proteinů. Tato zjištění vedla k vývoji vylepšených strategií pro výběr reprezentativních struktur. Za tímto účelem byly zkoumány přístupy založené na re- dukci dimenzionality a shlukování s cílem...
Keywords: chemical shift; NMR; protein; chemický posun; NMR; protein

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/211516

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-780914


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses