Original title: Sestavení genomu cichlidy Crenicichla semifasciata kombinací sekvencí z různých sekvenačních platforem
Authors: KOTALOVÁ, Daniela
Document type: Master’s theses
Year: 2022
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Tato studie vytváří de novo referenční genom Crenicichla semifasciata kombinací sekvenačních dat ze dvou platforem 10x Genomics a Oxford Nanopore Technologies. Data byla zpracována jak jednotlivě, tak hybridní assembly. Pro všechny sestavy genomu byla stanovena hodnocení spojitosti a úplnosti. By a combination of sequencing data from two platforms 10x Genomics and Oxford Nanopore Technologies, this study creates a de novo reference genome of Crenicichla semifasciata. Data were processed by both individual and hybrid assembly. Contiguity and genome completeness evaluations were determined for all assemblies.
Keywords: 10x Genomics; bioinformatics; BUSCO; genome assembly; hybrid assembly; Oxford nanopore; 10x Genomics; bioinformatika; BUSCO; hybridní assembly; Oxford nanopore; sestavení genomu
Citation: KOTALOVÁ, Daniela. Sestavení genomu cichlidy <i>Crenicichla semifasciata</i> kombinací sekvencí z různých sekvenačních platforem. České Budějovice, 2022. diplomová práce (Mgr.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/62470

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-692917


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Master’s theses