Original title: Vyhledávání vzdálených ortologních genů
Translated title: Searching for distant orthologous genes
Authors: Liukshin, Maksim ; Musilová, Jana (referee) ; Sedlář, Karel (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2025
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tento práce se věnuje vývoji přístupu k vyhledávání ortologů pomocí profilových skrytých Markovských modelů (pHMM). Hlavní pozornost je věnována vytvoření modelu, který umožňuje identifikovat ortology na základě analýzy sekvencí. Přitom jsou zohledněny teoretické aspekty související s konceptem ortologů a paralogů a studovány algoritmy a nástroje používané k jejich vyhledávání. Součástí práce je návrh plně automatizovaného nástroje kombinujícího vícekrokové zpracování dat– od stažení sekvencí přes vícenásobné zarovnání, tvorbu HMM profilu až po iterativní vyhledávání a analýzu výsledků. This thesis focuses on the development of an approach to ortholog retrieval using Profile Hidden Markov Models (pHMMs). The main focus is on developing a model that allows orthologs to be identified based on sequence analysis. In doing so, theoretical aspects related to the concept of orthologs and paralogs are considered and the algorithms and tools used to search for them are studied. The work includes the design of a fully automated tool combining multi-step data processing- from sequence download through multiple alignment, HMM profile generation to iterative search and result analysis.
Keywords: iterative search.; multiple sequence alignment; orthologous genes; PHA synthase; Profile hidden Markov models; Viterbi algorithm; iterativní vyhledávání.; ortologní geny; PHA syntáza; Profilové skryté Markovovy modely; Viterbiho algoritmus; vícenásobné zarovnávání sekvencí

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: https://hdl.handle.net/11012/255508

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-688330


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses