Original title: Určení funkčnosti fosforylačních míst prostřednictvím multikontextové analýzy
Translated title: Inferring Phosphosite Functionality through Multi-Contextual Analysis
Authors: Pulko, Ekaterina ; Novotný, Marian (advisor) ; Novotná, Petra (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2025
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Phosphorylation, one of the most studied post-translational modifications, regulates a multitude of cellular processes by affecting protein function and structure in various ways, and functional characterization of phosphorylation events is of major scientific interest. However, many phosphorylation events may result from non-targeted enzymatic activity and harbor no biological meaning, or be a result of incorrect experimental identification. The main focus of this work is to describe what distinguishes functional phosphorylation sites from non-functional ones, including their conservation, dynamics, relation to other post-translational modifications, and location within 3D protein structure. Subsequently, existing computational and experimental methods for assessing phosphosite functionality are described. Fosforylace, jedna z nejvíce zkoumaných posttranslačních modifikací, reguluje strukturu a funkci proteinů nejrůznějšími způsoby a podílí se na většině buněčných procesů, a proto je i předmětem velkého vědeckého zájmu. Mnoho fosforylačních událostí však může být výsledkem náhodné enzymatické aktivity nebo chybného experimentálního určení, nemá tedy pravděpodobně žádný biologický význam. Hlavním cílem této práce je popsat, co odlišuje funkční fosforylační místa od nefunkčních - speciálně je pozornost soustředěna na konzervovanost, dynamiku, vztah k jiným posttranslačním modifikacím a umístění v rámci 3D struktury proteinu. Navíc jsou popsány existující výpočetní a experimentální metody pro hodnocení funkčnosti fosforylačních míst.
Keywords: functionality; kinase motifs; phosphorylation; phosphosite cross-talk; phosphosite dynamicity; phosphosite evolution; cross-talk; dynamika fosforylačních míst; evoluce; fosforylace; funkčnost; kinázové motivy

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/200225

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-687133


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses