Original title: Type provider pro Uniprot knowledge base
Translated title: Type provider for the UniProt knowledge base
Authors: Popova, Kseniia ; Petříček, Tomáš (advisor) ; Hoksza, David (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2025
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
The UniProt knowledge base is an essential, expertly curated protein database. UniProt can be accessed programmatically using clients in langauges such as Java and Python, but it lacks a suitable statically-typed interface for exploratory programming. This thesis presents a domain-specific F# type provider that integrates UniProt's schema into the type system, enabling compile-time validation and auto-completion for intuitive data exploration. By abstracting UniProt's REST API into a fluent, type-safe inter- face, the solution reduces boilerplate and emphasises domain semantics. It supports effi- cient exploration of protein entries through on-demand data fetching. The type provider simplifies access for researchers, combining static typing with interactive exploration to accelerate data-driven discovery in the field of bioinformatics. UniProt knowledge base je široce užívána, odborně zpracovaná databáze proteinů. K databázi UniProt lze přistupovat programově pomocí klientů v jazycích, jako jsou Java a Python, ale chybí jí vhodné staticky typované rozhraní pro programování zaměřené na průzkum dat. Tato práce představuje doménově specifický type provider v jazyce F#, který integruje schéma UniProt do typového systému a umožňuje validaci při kompilaci a automatické doplňování kódu pro intuitivní průzkum dat. Abstrahováním rozhraní REST API UniProt do fluentního, typově bezpečného rozhraní klade prezentované řešení důraz na doménovou sémantiku. Podporuje efektivní průzkum proteinových záznamů prostřed- nictvím načítání dat na vyžádání. Type provider zjednodušuje přístup pro výzkumné pracovníky a kombinuje statické typování s interaktivním průzkumem s cílem urychlit objevování dat v oblasti bioinformatiky.
Keywords: type providers|uniprot|bioinformatics; type providers|uniprot|bioinformatics

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/200864

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-686436


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses