Original title: Vývoj postupu pro MLST typování Treponema pallidum subsp. pallidum
Translated title: Development of the workflow for MLST typing of Treponema pallidum subsp. pallidum
Authors: Taliánová, Eliška ; Vítková, Helena (referee) ; Čejková, Darina (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2025
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Práce se zabývá problematikou multilokusového sekvenčního typování Treponema pallidum subsp. pallidum. Tato bakterie ze skupiny spirochét způsobuje pohlavně přenášené onemocnění syfilis. Incidence tohoto onemocnění vede k potřebě lepšího porozumění epidemiologii. MLST typování představuje významný zdroj informací, jak o sekvenčních změnách genů, tak o jejich dopadech na patogenitu této bakterie. Práce se zabývá vytvořením postupu pro MLST typování surových sekvenačních dat získaných z SRA databáze. Využívá běžně dostupných bioinformatických nástrojů a tvoří postup pro stanovení alelického profilu na základě tří, v dnešní praxi používaných, genů - TP0136, TP0548 a TP0705. The thesis deals with the issue of multilocus sequence typing of Treponema pallidum subsp. pallidum. This bacterium from the group of spirochetes causes the sexually transmitted disease syphilis. The incidence of this disease leads to the need for a better understanding of the epidemiology. MLST typing represents a significant source of information, both about sequence changes in genes and their impact on the pathogenicity of this bacterium. The thesis design a procedure for MLST typing of raw sequencing data obtained from the SRA database. It uses commonly available bioinformatics tools and creates a procedure for determining the allelic profile based on three genes used in today's practice - TP0136, TP0548 and TP0705.
Keywords: bacterium; MLST typing; syphilis; Treponema pallidum subsp. pallidum; typing; bakterie; MLST typování; syfilis; Treponema pallidum subsp. pallidum; typizace

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/252678

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-681460


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses