Original title: Analýza mikroflóry v sýrech pomocí DGGE
Translated title: Analysis of micloflora in cheeses using DGGE
Authors: Čakajdová, Martina ; Rittich, Bohuslav (referee) ; Trachtová, Štěpánka (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Molekulárno-biologické metódy sú rýchlou a účinnou pomôckou pri identifikácii mikroorganizmov v reálnych vzorkách. Cieľom tejto diplomovej práce bola analýza mikroflóry v kontrolných a kontaminovaných nezrejúcich syroch. DNA izolovaná z analyzovaných vzoriek bola použitá pre optimalizáciu PCR s primérmi s GC svorkou pre rozdelenie amplikónov pomocou DGGE. Produkty DGGE boli po optimalizácii reamplifikované a pripravené pre sekvenáciu. DNA izolovaná z analyzovaných vzoriek bola použitá pre PCR v reálnom čase s analýzou kriviek topenia amplikónov s vysokým rozlíšením (HRMA). Pomocou DGGE a HRMA analýzy boli porovnané amplikóny syrov s bakteriálnymi kultúrami izolovanými kultivačne z týchto syrov. Porovnaním polohy amplikónov bolo zistené, že kontaminujúcimi mohli byť Bacillus licheniformis, Staphylococcus epidermidis a Acinetobacter baumanii/calcoaceticus. Analýzou sekvencií amplikónov syrov a nálevov bola zistená, prítomnosť Bacillus sp. a ďalších mikroorganizmov radených do piatich rodov. Z nich boli vykultivovaní zástupcovia troch rodov z Preto sa predpokladá kontaminácia Bacillus sp., alebo mikroorganizmy, ktoré neboli použitými metódami kultivovateľné. Metóda je vhodná pre analýzu komplexnej mikroflóry v syroch a nálevoch po ďalšej optimalizácii. Molecular biological methods are fast and efficient tool for the identification of microorganisms in real samples. The aim of this diploma thesis was analysis of microflora in control and contaminated brined cheeses. DNA isolated from analyzed samples was used to optimize the PCR course using primers with GC clamp on the distribution of amplicons using DGGE. DGGE products were reamplified after optimization and prepared for DNA sequencing. DNA isolated from analyzed samples was used in real-time PCR with high resolution melt analysis of the amplicons (HRMA). Samples of cheese and bacterial cultures isolated from cheeses were compared by DGGE and HRMA. Comparing the position of the amplicons was found that contaminants may be Bacillus licheniformis, Staphylococcus epidermidis, and Acinetobacter baumanii/ calcoaceticus. Sequence analysis of cheese and pickles amplicons, the presence of Bacillus sp. and other microorganisms spree in five genera were detected. Representatives of the tree genera were cultured. It is considered contamination Bacillus sp., or microorganisms which are not culturable methods used. The method is suitable for the analysis of complex microflora in cheese and pickles after further optimization.
Keywords: brined cheese microflora denaturation gradient gel electrophoresis high resolution melt analysis DNA sequencing; nezrejúce syry mikroflóra denaturačná gradientová gélová elektroforéza vysokorozlišovacia analýza kriviek topenia amplikónov sekvenčná analýza DNA

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/38264

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-552397


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses