Original title: Strukturní a funkční charakterizace inhibice flavivirové methyltransferasy
Translated title: Structural and functional characterization of a flaviviral methyltransferase
Authors: Kúdelová, Veronika ; Bouřa, Evžen (advisor) ; Faltová, Lenka (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2021
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Do středu zájmů velkého množství vědeckých skupin se v poslední době čím dál tím více dostávají virové agens. Neopomenutelnou a světově hojně rozšířenou skupinou těchto virů jsou flaviviry, mezi které se řadí např. virus Zika, viry horečky Dengue, virus klíšťové encefalitidy či virus západonilské horečky. Mezi těmito viry panuje značná diverzita, nicméně lze nalézt velmi konzervované proteiny, které se vyskytují napříč celým tímto virovým rodem. Největším a nejvíce konzervovaným proteinem kódovaným flaviviry je nestrukturní protein NS5, který se skládá ze dvou domén: methytransferasové (MTasy) a RNA-dependentní RNA-polymerázové domény (RdRp). MTasa umožňuje viru díky methylaci jeho genomu iniciovat translaci a zároveň i maskovat jeho RNA před imunitním systémem hostitele. Blokací aktivního místa tohoto enzymu malou molekulou by se dala zastavit virová infekce nejen u jednoho viru, ale, vzhledem k vysoké konzervovanosti MTas, i u všech dalších virů rodu flavivirus. Tato diplomová práce se zabývá právě zmíněnou MTasou proteinu NS5, konkrétně u viru západonilské horečky (WNV). Po navržení insertu, který kóduje doménu WNV MTasy, jeho amplifikaci a ligaci do plasmidu, byl expresí a následnou purifikací připraven rekombinantní protein WNV MTasy. Následně byly vytvořeny komplexy proteinu s malými... Recently, non-cellular viral agents became the focus of a large number of scientific groups. A prominent and widespread group of these viruses are flaviviruses, which include, for example, Zika virus, Dengue fever virus, tick-borne encephalitis virus and West Nile virus. There is a considerable diversity among these viruses, however, highly conserved proteins can be found throughout this viral genus. The largest and most conserved protein encoded by flaviviruses is the nonstructural NS5 protein. Its N-terminal domain bears the methyltransferase (MTase) activity. Thanks to the methylation of its genome, it allows the virus to initiate translation and at the same time mask it from the host's immune system. By blocking the active site of this enzyme with a small molecule, viral infection could be stopped not only in one flavivirus, but, due to the high conservation of MTases, in all other flaviviruses. This diploma thesis deals with the aforementioned MTase domain of the NS5 protein, specifically of the West Nile virus (WNV). After designing an insert encoding the WNV MTase domain, amplifying it and ligating it into the vector, the MTase domain was prepared by a recombinant expression, followed by purification. Subsequently, complexes of the protein with small molecules (MTase ligands) were formed, in...
Keywords: flaviviruses; methylation of viral RNA; Methytransferase (MTase); regulation of viral infection; SAH-binding site; SAM; small molecules; West Nile virus (WNV); flaviviry; malé molekuly; methylace virové RNA; Methytransferasa (MTasa); regulace virové infekce; SAH-vazebné místo; SAM; virus západonilské horečky (WNV)

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/128281

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-448909


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses