Original title:
Příprava DNA s lokálními strukturami
Translated title:
Preparation of DNA with local DNA structures
Authors:
Lofítková, Ellen ; Pernicová, Iva (referee) ; Brázda, Václav (advisor) Document type: Bachelor's theses
Year:
2019
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická Abstract:
[cze][eng]
V práci jsem se soustředila na kvadruplexy a křížové struktury DNA. Byly zkoumány plazmidy pBluescript a od něj odvozené vložením oligonukleotidové sekvence. In silico analýzou v QGRS Mapper a Palindrome analyser byly vyhledány sekvence tvořící kvadruplexy a křížové struktury. Plazmidy byly transformovány do E. coli, izolovány a poté podrobeny štěpení enzymy S1 nukleázou a restrikční endonukleázou ScaI. Rozštěpení S1 nukleázou vypovídalo o přítomnosti lokální struktury. Kombinované štěpení S1/ScaI nepřineslo přesvědčivé výsledky kvůli ztrátě DNA při přečištění.
In this thesis I focused on quadruplexes and cruciforms formed by DNA. Plasmids pBluescript and others derived from it by inserting oligonucleotid sequences were studied. Sequences forming quadruplexes and cruciforms were found by in silico analysis by QGRS Mapper and Palindrome analyser. Plasmids were transformed into E. coli, isolated and then cleaved with enzymes S1 nuclease and restriction endonuclease ScaI. Cleaving with S1 nuclease predicated presence of local structure. Combined S1/ScaI cleavage did not bring satisfying results due to lost of DNA during purification.
Keywords:
cruciform; DNA; quadruplex; DNA; kvadruplex; křížová struktura
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/173400