Original title: Detekce bakterií rodu Xanthomonas patogenních pro rajče a papriku metodou loop-mediated isothermal amplification
Authors: VORÁČKOVÁ, Lucie
Document type: Master’s theses
Year: 2018
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Předmětem této diplomové práce je návrh specifických LAMP primerů a následná LAMP analýza a její optimalizace, s cílem specificky detekovat Xanthomonas gardneri a odlišit je tak od ostatních patogenních xanthomonád a dalších bakterií patogenních pro rajče a papriku. Byly navrženy 2 sady LAMP primerů ze sekvencí DNA genů hrpB a atpD. Tyto sady LAMP primerů jsou vysoce citlivé a jsou schopné detekovat 0,01 ?l/mg DNA. Teplota LAMP reakce byla optimalizována na 64 °C, při které byla specifita reakce nejvyšší. Pomocí metody LAMP lze detekovat přítomnost patogenů v rostlinných pletivech. Hlavní výhodou této metody je časová nenáročnost analýzy oproti např. klasické PCR, proto má LAMP velký potenciál využití při detekci a identifikaci xanthomonád patogenních pro papriku a rajče. The subject of this thesis is the design of specific LAMP primers and LAMP analysis and its optimization. The purpose of this analysis is to specifically distinguish Xanthomonas gardneri from other pathogenic xanthomonads. Two sets of LAMP primers from the DNA sequences of hrpB and atpD genes were designed. These LAMP primer sets are highly sensitive and the detection limit of LAMP assay was found to be 0.01 l / mg of DNA. The reaction temperature of the LAMP was optimized to 64 °C to reach the maximum of amplification. LAMP can be applied to detection and identification on pathogens in plant tissues. LAMP takes less time than conventional PCR to detect bacteria. This LAMP assay has a great potintial to be applied to detection and identification of Xanthomonas genus bacteria pathogenic for tomato and pepper.
Keywords: bacteria; detection; LAMP; primer; Xanthomonas gardneri; bakterie; detekce; LAMP; primer; Xanthomonas gardneri
Citation: VORÁČKOVÁ, Lucie. Detekce bakterií rodu Xanthomonas patogenních pro rajče a papriku metodou loop-mediated isothermal amplification. České Budějovice, 2018. diplomová práce (Ing.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/49814

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-375981


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Master’s theses