Original title: Mezidruhová variablita gastrointestinální mikrobioty u pěvců
Translated title: Interspecific variation of gastointestinal microbiota in passerine birds
Authors: Kubovčiak, Jan ; Kreisinger, Jakub (advisor) ; Vlčková, Klára (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2016
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Trávicí trakt obratlovců přirozeně hostí komplexní komunity mikroorganismů. Tato střevní mikrobiota (GM) se skládá z miliard bakteriálních buněk úzce interagujících s fyziologickými funkcemi hostitelova organismu. Přes značný pokrok v posledních letech jsou současné poznatky o GM obratlovců založeny především na pracích studujících omezené spektrum hostitelských druhů, které zahrnuje především člověka, laboratorní hlodavce a několik ekonomicky významných druhů savců a ptáků. Oproti tomu znalosti o povaze vztahu GM a hostitele u volně žijících druhů mimo skupinu savců jsou stále nedostatečné. Cílem této práce je analyzovat GM volně žijících druhů pěvců a identifikovat potenciální trendy v jeho složení. Práce klade důraz na prokázání závislosti složení GM na druhové příslušnosti hostitele a efektu ko-divergence variability v GM a fylogeneze hostitelských druhů. Dále byla analyzována diverzita v jednotlivých bakteriálních rodech v závislosti na fylogenetických vztazích těchto rodů. Pomocí platformy Illumina MiSeq byly sekvenovány amplikony bakteriálního genu 16s rRNA pocházejících ze vzorků trusu 486 jedinců reprezentujících 57 druhů z České republiky a 107 jedinců reprezentujících 38 druhů z Kamerunské republiky. Pro výpočetní zpracování dat byl použit netradiční přístup, kdy byl analyzovaný soubor... in English Vertebrates host complex microbial communities in their intestinal system. This gut microbiome (GM) comprises billions of bacterial cells closely interacting with a host's physiology. Despite contemporary progress in this field, present knowledge of vertebrate GM is based on studies carried out only on a limited set of host species, including humans, captive rodents and few economically important mammals and birds. On the contrary, knowledge of GM in wild living, non-mammalian species is still rather insufficient. Thus, this thesis aims to analyze GM in wild passerine populations and to investigate potential patterns in GM composition. Main objective is to provide evidence that GM composition is dependent on host species, and of co-divergence between GM composition variability and host phylogeny. Additional focus is devoted to diversity analysis among individual bacterial genera regarding their phylogeny. Using the Illumina MySeq platform, we sequenced amplicons of bacterial 16s rRNA gene obtained from fecal samples of 486 individuals representing 57 Czech Republic passerine species and 107 individuals representing 38 Cameroon Republic species. A modified approach was applied during data processing. In the first step, analyzed dataset was sorted by classifying sequences to respective...

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/74556

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-343887


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses