Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 5 záznamů.  Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Studium mechanismů regulace vybraných proteinkinas
Petrvalská, Olívia ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Jiráček, Jiří (oponent) ; Schneider, Bohdan (oponent)
Proteiny 14-3-3 skrze vazbu více než 300 vazebných partnerů regulují značné množství biologicky významných dějů, např. apoptosu, buněčný cyklus, přenos signálu či metabolické dráhy. V rámci této disertační práce byla studována úloha proteinů 14-3-3 v regulaci dvou vybraných proteinkinas ASK1 a CaMKK2. Hlavním cílem práce bylo pochopit strukturní podstatu mechanismů, kterými fosforylace a vazba proteinů 14-3-3 regulují aktivitu těchto proteinkinas pomocí různých biochemických a biofyzikálních metod, zejména metod bodové mutagenese, měření enzymové aktivity, analytické ultracentrifugace, maloúhlového rozptylu rentgenového záření, chemického zesítění, nukleární magnetické rezonance a fluorescenční spektroskopie. Na základě získaných dat z maloúhlového rozptylu rentgenového záření a chemického zesítění byl navrhnut model struktury komplexu katalytické domény proteinkinasy ASK1 s proteinem 14-3-3ζ, který ukazál, že tento komplex je v roztoku konformačně heterogenní. Tento strukturní model společně s daty z časově rozlišené fluorescence a nukleární magnetické rezonance částečně vysvětlují inhibiční mechanismus proteinu 14-3-3. Získané výsledky ukázaly, že protein 14-3-3ζ interaguje s katalytickou doménou ASK1 v těsné blízkosti aktivního místa, a proto by tato interakce mohla mít vliv na strukturu nebo...
Studium interakcí proteinkinasy CaMKK2 s kalmodulinem pomoci fluorescenční spektroskopie.
Mikulů, Martina ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Ca2+ /kalmodulin-dependentní proteinkinasy jsou členy významné CaMK rodiny, která se účastní CaMK kaskády. Jedním z nich je Ca2+ /kalmodulin-dependentní proteinkina- sakinasa 2 (CaMKK2), která je aktivována vazbou komplexu Ca2+ /CaM. CaMKK2 se od většiny ostatních proteinkinas liší zejména strukturou v blízkosti αE-helixu a auto- inhibiční domény. Protože se autoinhibiční doména překrývá s Ca2+ /CaM-vazebnou doménou, lze před- pokládat, že vazba kalmodulinu způsobuje strukturní změny v oblastech interagujících s autoinhibiční doménou a ovlivňuje přístupnost těchto oblastí pro jiné molekuly. Pro ověření tohoto předpokladu byl exprimován a vypurifikován mutant CaMKK2 W445F, v jehož sekvenci se nachází pouze jeden tryptofanový zbytek na pozici 374, který se nachází v blízkosti sledované oblasti helixu αE. Strukturní změny v této oblasti byly pozorovány prostřednictvím zhášení intenzity fluorescence tryptofanového zbytku Trp374 prostřednictvím akrylamidu.Tato měření mohou poskytnout informaci o přístupnosti sle- dované oblasti. Porovnání zhášení fluorescence v přítomnosti a nepřítomnosti kalmodu- linu naznačilo, že při interakci CaMKK2 s kalmodulinem dochází ve sledované oblasti v blízkosti Trp374 ke...
Role Polo-like kináz v regulaci buněčného cyklu a odpovědi na poškození DNA
Kudláčková, Radmila ; Macůrek, Libor (vedoucí práce) ; Šolc, Petr (oponent)
Při každém buněčném dělení musí dojít k rovnoměrnému rozdělení genetického materiálu do obou dceřiných buněk. V další fázi se musí chybějící část genomu dosyntetizovat. Celý cyklus podléhá regulaci ze strany cyklin-dependentních kináz (Cdk) ve spolupráci s cykliny. Dojde-li v průběhu buněčného cyklu k poškození DNA, signální dráhy kontrolních bodů potlačí průběh cyklem a zajistí, aby se buňka nedělila, dokud nebude zjednána náprava. Pokud kontrolní body neplní svoji funkci, dochází k nádorovému bujení. Polo-like kinázy (Plk) jsou stejně jako Cdk důležitými regulátory buněčného cyklu. Plní řadu funkcí především v mitóze, ale i v odpovědi na DNA poškození. Tato práce je zaměřena zejména na lidské homology, nicméně konzervovanost homologů mezi organismy je značná, tudíž uvedené poznatky mají obecnější platnost. Lidské buňky exprimují pět proteinů z rodiny Polo-like kináz, z nichž Plk1 odpovídá Polo-like kinázám nižších eukaryot. Poznatky o ostatních čtyřech kinázách jsou teprve na vzestupu.
Příprava thioredoxinu a thioredoxin-vazebné domény proteinkinasy ASK1 pro strukturní studie
Jarosilová, Kateřina ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Kalábová, Dana (oponent)
Všechny živé organismy jsou v průběhu života vystaveny rozličným formám stresu. Možná právě proto se vyvinul evolučně velmi dobře konzervovaný systém MAPK (z anglického mitogen-activated protein kinase) signálních kaskád regulující buněčnou odpověď na stres. Tyto signální dráhy se skládají ze tří následujících tříd proteinkinas MAP3K, MAP2K a MAPK. Z MAPK je poté signál přenášen na další proteinkinasy nebo transkripční faktory. Proteinkinasa ASK1 (z anglického apoptosis signal-regulating kinase 1) je členem MAPK dráhy, konkrétně se řadí do třídy MAP3K, tedy mitogeny aktivovaná proteinkinasa kinasa kinasa. Lidská ASK1 je protein složený z 1374 aminokyselin uspořádaných do několika domén a sekvenčních motivů. Třemi hlavními doménami jsou N-terminální coil-coiled doména (NCC), serin/threoninová kinasová doména a C-terminální coil-coiled doména (CCC). Dále bylo v sekvenci charakterizováno několik míst, která jsou zodpovědná za interakci ASK1 s jejími vazebnými partnery. Aktivita ASK1 je totiž regulována různými faktory, mezi něž patří inhibitory thioredoxin a 14-3-3 proteiny. Naopak faktory TRAF (z anglického TNF receptor associated factor) proteinkinasu aktivují. Cílem této práce byla příprava šesti variant expresních konstruktů N-terminálního úseku sekvence lidské ASK1, který by měl být zodpovědný za...
In silico predikce posttranslačních modifikací
Basíková, Iveta ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Fišer, Karel (oponent)
Posttranslační modifikace mají důležitou úlohu v regulaci buněčných pochodů včetně metabolismu, růstu, diferenciace, transkripční aktivace, membránového přenosu a buněčného stárnutí. Experimentální detekce PTM (zejména fosforylace) za použití protilátek je stále časově i finančně náročná. Rozvoj in silico metod pro predikci fosforylace byl v posledních letech ovlivněn velkým nárůstem sekvenčních dat, které jsou vhodným zdrojem pro "trénink", zpracování a výslednou interpretaci predikčních výsledků. In silico predikce PTM může tedy usnadnit identifikaci potencionálních fosforylačních míst a urychlit tím základní výzkum.

Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.