Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 15 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Study on the Electrophoretic Behaviour of Short Oligodeoxyribonucleotides in Fused Silica Capillaries. A Preliminary Communication
Vítová, Lada ; Fojta, Miroslav ; Vespalec, Radim
Effects of background electrolyte pH, composition and concentration on the electrophoretic transport of short oligodeoxyribonucleotides (ODNs) in fused silica capillaries have been investigated in the presented study. Mobilities and separation efficiencies of ODNs peaks varied with all three background electrolyte characteristics. Just changes in the background electrolyte characteristics and acid-base properties of ODNs are not sufficient for a systematic explanation of the observed variations. Despite the indicated complexity of ODNs electrophoretic behaviour, we show that very high separation efficiencies of ODNs peaks can be achieved in background electrolytes of physiological pH.
Electrochemical Reduction and Oxidation of Nucleic Acids Bases and their Analogues: a Brief Overview
Fojta, Miroslav ; Špaček, Jan ; Dudová, Zdenka ; Pivoňková, Hana ; Daňhel, Aleš ; Fojt, Lukáš ; Havran, Luděk
Nucleic acids are known as electroactive biomacromolecules containing electrochemically reducible or oxidizable constituents. Nucleobases cytosine, 5-methylcytosine, adenine and guanine can be reduced in aqueous media on mercury or silver amalgam electrodes. Oxidation of all natural nucleic acids bases (in addition to the above mentioned ones, also uracil and thymine) was demonstrated using various types of carbon electrodes. Some of synthetic nucleobases or nucleotide analogues (e g., 7-deazapurines, cytidine analogues used as epigenetic modulators, etc.) exhibit specific electrochemical properties that differ from those of the parent bases and can be utilized to determine the given substance in the presence of natural nucleic acids or their components.
Study of Synthetic Oligonacleotides Containing Guanine by Voltammetry on a Graphite Electrode
Hejduková, M. ; Špaček, Jan ; Fojta, Miroslav ; Havran, L. ; Renciuk, D.
Electrochemical oxidation of specifically designed DNA hexamers containing guanine has been studied in aqueous acetate buffet (pH 5) at a pyrolytic graphite electrode (PGE) by linear sweep voltammetry (LSV) Influence of the oligonucleotide composition and concentration was investigated It seems that short oligonucleotides containing guanine produce oxidation signals. which are sensitive to their structural properties Simple electrochemical techniques us may be useful tool for monitoring of structural changes of DNA.
Biochemická analýza DNA interakčních partnerů
Valchová, Michaela ; Coufal,, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce byla zaměřena na analýzu DNA. Nejprve byly hybridizovány fluorescenčně značené oligonukleotidy, které byly následně podrobeny HRM analýze, kdy byly zjišťovány teploty tání oligonukleotidů v závislosti na daném prostředí. Práce popisuje změnu teploty tání oligonukleotidů v prostředí jednomocných a dvojmocných iontů a vliv vazby proteinů na stabilitu těchto struktur DNA. Z teplot tání bylo stanoveno, zda daný iont/protein stabilizuje nebo destabilizuje daný oligonukleotid. Dále byly izolovány vybrané plasmidy. Pomocí AFM byla sledována struktura izolovaných plasmidů.
Study of biomolecular interactions by the method of surface plasmon resonance
Bocková, Markéta ; Homola, Jiří (vedoucí práce)
Název práce: Biomolekularní interakce a jejich studium metodou rezonance povrchových plasmonů Autor: Markéta Bocková Katedra / Ústav: Katedra Biochemie, PřF UK Vedoucí diplomové práce: Prof. Ing. Jiří Homola, CSc., DSc., Ústav fotoniky a elektroniky Akademie věd České Republiky Abstrakt: Diplomová práce se zabývá využitím metody rezonance povrchových plazmonů (SPR) pro studium dvou typů biomolekulárních interakcí: hybridizace částečně komplementárních oligonukleotidů (ON) a interakcí enzymů a peptidů, které hraji roli v patogenezi Alzheimerovy nemoci (AD). Studium interakcí ON se konkrétně zaměřuje na určení kinetických parametrů procesu hybridizace. Z výsledků vyplývá, že rovnovážná asociační konstanta klesá se zvyšující se hustotou ON na povrchu senzoru. V rámci studia interakcí molekul souvisejících s patogenezí AD je navržena a vyvinuta metoda pro rychlou a citlivou detekci enzymu 17-HSD10 a jeho komplexu s peptidy amyloidu β (Aβ). Zároveň je ukázáno, že navržená metoda umožňuje detekci komplexu 17-HSD10/Aβ v klinických vzorcích mozkomíšního moku (MM) a že vzorky MM pacientů trpících AD obsahují vetší množství komplexu 17-HSD10/Aβ než kontrolní vzorky. Výsledky prezentované v této diplomové práci byly publikovány ve dvou mezinárodních vědeckých časopisech. Klíčová slova: rezonance povrchových...
Uspořádaná a neuspořádaná pole koloidních nanočástic a jejich využití pro detekci biomolekul
Ligmajer, Filip ; Rezek, Bohuslav (oponent) ; Kolíbal, Miroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá depozicí zlatých nanočástic na křemíkové povrchy pomocí řízeného uspořádávání z jejich koloidních roztoků a možným uplatněním nanočástic v detekci biomolekul. Bylo ukázáno, že upravením pH roztoku a modifikací povrchových chemických skupin pomocí expozice vzorku elektronovým svazkem je možné dosáhnout depozice nanočástic do polí s velkou přesností. Spektroskopická elipsometrie byla poté využita k analýze připravených vrstev nanočástic a její kombinace s teorií efektivních prostředí prokázala schopnost určit rozměry nanočástic a jejich koncentraci na povrchu. Za pomocí experimentů s thiolovanými oligonukleotidy bylo ukázáno, že s pomocí elipsometrie lze detekovat i malé změny v okolí nanočástic způsobené přítomností biomolekul, což může umožnit její využití v oblasti biodetekce.
Preparation of modified oligonucleotides by nicking enzyme amplification reaction
Ménová, Petra ; Hocek, Michal
A method for the enzymatic synthesis of short (10-22 nt) base-modified oligonucleotides was developed, based on the nicking enzyme amplification reaction. The methodology, including product isolation and purification, was scaled up to nanomolar amounts. The modified oligonucleotides were successfully used as primers in primer extension and PCR, affording primer-modified oligonucleotides and DNA. Two simple and efficient methods for fluorescent labelling of the PCR products were also developed.
Sulfur-containing phosphonate monomers for oligonucleotide synthesis
Kostov, Ondřej ; Zborníková, Eva ; Buděšínský, Miloš ; Novák, Pavel ; Rosenberg, Ivan
A series of novel compounds, protected S-MOP nucleoside-5’-O-methylphosphonothioates, was prepared as monomers for solid phase synthesis of phosphonothioate oligonucleotides. In addition we have examined the synthetic potential of nucleoside-5’-O-methyl-(H)-phosphinates for phosphonate oligonucleotide assembly.
Oligonucleotides modified with acyclic nucleoside phosphonate (HPEP) units
Kaiser, Martin Maxmilian ; Novák, Pavel ; Rosenbergová, Šárka ; Poštová Slavětínská, Lenka ; Rosenberg, Ivan ; Janeba, Zlatko
Two acyclic nucleoside phosphonates bearing 9-[3-hydroxy-2-(phosphonoethoxy)propyl] (HPEP) moiety and either adenine and thymine as nucleobase were synthetically converted into a suitable building blocks for the subsequent automated solid phase synthesis of modified oligonucleotides. Phosphoramidite chemistry was used for the synthesis of a series of complementary nonamers where the modified acyclic monomers were incorporated using the phosphotriester method. Determination of thermal characteristics of the complexes of the modified nonamers with the complementary strands revealed a destabilizing effect of the introduced acyclic modifications.
Nucleosid fosfonové kyseliny a odvozené oligonukleotidy: Strukturní diversita vs biologické vlastnosti
Rosenberg, Ivan ; Barvík, I. ; Buděšínský, Miloš ; Kočalka, Petr ; Králíková, Šárka ; Liboska, Radek ; Pačes, Ondřej ; Páv, Ondřej ; Petrová, Magdalena ; Pohl, Radek ; Pressová, Martina ; Rejman, Dominik ; Votruba, Ivan ; Točík, Zdeněk
Článek se zabývá biologickými a fyzikálně-chemickými vlastnostmi izopolárních, izosterních a neizosterních nukleosidfosfonových kyselin a příslušných oligonukleotidů.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 15 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.