|
|
Quantitative structure-activity relationship and machine learning
Nierostek, Jakub ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Svozil, Daniel (oponent)
Quantitative structure-activity relationship (QSAR) výpočetní metoda nám umožňuje zkoumat vztah mezi chemickou strukturou molekul a jejich chemi- ckými a biologickými vlastnostmi. Pro tvorbu QSAR modelů lze s výhodou použít metody strojového učení, jakými jsou například hluboké neuronové sítě. V této práci jsme vytvořili workflow (pipeline) pro trénování QSAR modelů založených na strojovém učení, které mohou předpovídat toxicitu molekul. Dále zkoumáme vliv molekulární reprezentace na kvalitu předpovědí modelu. Na datasetech Tox21 a Ames Mutagenicity jsou použity jak naše modely hlubokého učení, tak i tradiční modely strojového učení. Jejich kvalita je srovnána s nedávno pub- likovaným modely pro predikci toxicity pomocí metriky AUC-ROC a v určitých ohledech vykazuje zlepšení oproti publikovaným modelům. Klíčová slova: QSAR, strojové učení, hluboké učení, molekulární deskriptory 1
|
|
|
DEBRA - Derscriptor Barn
Le, Khanh Chuong ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Jančík, Pavel (oponent)
Jedním z klíčových problému cheminformatiky je reprezentace che\-mických sloučenin. S touto prací je vytvořena klient-server aplikace, která umí spočítat velké množství takových reprezentací. Server umožňuje vkládání modu\-lů, které využívají aplikace třetích stran ke spočítání reprezentací. Tyto aplikace můžeme spouštět přes příkazový řádek, nebo voláním metod webových služeb. Klient zobrazí možné typy reprezentaci sloučenin. Uživatel si může vybrat množinu reprezentací a vstupní množinu molekul soplu a tento požadavek zašle serveru. Server potom zavolá moduly a nazpět zašle výsledek. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
DEBRA - Derscriptor Barn
Le, Khanh Chuong ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Jančík, Pavel (oponent)
Jedním z klíčových problému cheminformatiky je reprezentace che\-mických sloučenin. S touto prací je vytvořena klient-server aplikace, která umí spočítat velké množství takových reprezentací. Server umožňuje vkládání modu\-lů, které využívají aplikace třetích stran ke spočítání reprezentací. Tyto aplikace můžeme spouštět přes příkazový řádek, nebo voláním metod webových služeb. Klient zobrazí možné typy reprezentaci sloučenin. Uživatel si může vybrat množinu reprezentací a vstupní množinu molekul soplu a tento požadavek zašle serveru. Server potom zavolá moduly a nazpět zašle výsledek. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.