|
|
Comparison of ITS nrDNA and alternative markers for fungal metabarcoding in environmental samples
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Studium diverzity hub může ve výsledku vést k mnoha významným objevům a závěrům. Molekulární genetika a konkrétně metody masivně paralelního sekvenování se používají ke studiu ekologie a diverzity hub čím dál tím častěji. Využívá se k tomu krátkých úseků DNA označovaných jako barcode markery. Nejčastěji používaným markerem je úsek jaderné ribozomální DNA zvaný ITS (Internal Transcribed Spacer). Vyskytuje se v genomu ve formě rozsáhlých repetic až 200 kopií, což značně zjednodušuje jeho namnožení z environmentálních vzorků. Zároveň to ale vzbuzuje také určité obavy kvůli výskytu vnitrodruhové a vnitrogenomové variability. Obě tyto variability mohou být zdrojem silného nadhodnocování odhadů diverzity. Použití alternativních, nízko-kopiových markerů, může zmíněný problém částečně vyřešit. V této studii byly porovnány tradičně používané markery ITS1 a ITS2 s protein-kódujícími geny EF-1α a RPB2. Smícháním genomových DNA druhů z různých fylogenetických skupin bylo vytvořeno in vitro umělé společenstvo. To bylo následně sekvenováno pro všechny zmíněné markery a data byla vyhodnocena dle postupů běžně používaných v environmentálních studiích. Výsledky jednoznačně vyzdvihují ITS2 jako nejvhodnější marker pro studium environmentálních vzorků. Průměrný koeficient nadhodnocení lze očekávat kolem dvou pro ITS1, ITS2,...
|
|
|
Využití lišejníků-možnosti využití Evropské metodiky pro mapování epifytických lišejníků
Svoboda, David ; Váňa, Jiří (vedoucí práce) ; Scheidegger, Christoph (oponent) ; Bérešová, Anna (oponent)
Využití lišejníků - možnosti využití Evropské metodiky pro mapování epifytických lišejníků David Svoboda Disertační práce shrnuje výsledky několika projektů prováděných v rámci doktorského studia a obsahuje hlavně výstupy těchto projektů - odborné články. Na začátku svého studia jsem testoval v té době zcela novou metodiku LDV (Asta et al. 2002). Po ukončení tohoto projektu následovala v roce 2004 ekologická studie středoevropských teplomilných doubrav pomocí epifytických lišejníků. Tato studie byla v následujících letech značně rozšířena a tvoří základ mé disertační práce. Mimo to se věnuji dlouhodobé spolupráci s Národním parkem České Švýcarsko, kde provádím mj. monitoring lišejníkové rekolonizace. Mezi hlavní cíle mé disertační práce patří následující: 1) Zhodnotit možnosti použití LDV metodiky v České republice pro zjištění úrovně znečištění ovzduší; 2) Porovnat výsledky získané pomocí LDV a pomocí starší kvalitativní metodiky Hawksworthe a Rose (1970). 3) Identifikovat hlavní faktory ovlivňující lišejníkovou diversitu ve středoevropských teplomilných doubravách. Zjistit případné korelace mezi vlivy přirozenými a člověkem způsobenými. 4) Analyzovat druhové složení lišejníků ve středoevropských doubravách a charakterizovat případná společenstva a druhy se vztahem k ekologické kontinuitě porostu. 5)...
|
|
|
Phylogeography and ecology of the Cimex species (Heteroptera: Cimicidae) in Europe; the evolution of taxa and specialization of hosts
Balvín, Ondřej ; Vilímová, Jitka (vedoucí práce) ; Hypša, Václav (oponent) ; Votýpka, Jan (oponent)
U parazitických organismů lze pro jejich komplexní vztah s hostitelem nalézt neobvyklé a zajímavé mechanismy diverzifikace a speciace. Štěnice rodu Cimex (Heteroptera: Cimicidae) jsou jedna z obligátně ektoparazitických krevsajících skupin hmyzu. Na rozdíl od většiny ektoparazitů štěnice zaujaly strategii skrytého života v úkrytu hostitele, jehož tělo využívají pouze k potravě a transportu. Výhodu vyhnutí se konkurenci s jinými ektoparazity vyvažuje potřeba zvláště stabilního zdroje potravy, pro nějž si štěnice vybírají sociální hostitele žijící v koloniích. Nejčastějšími a také původními hostiteli štěnic jsou netopýři. Spektrum hostitelů jednotlivých druhů je často spíše široké. Morfologická analýza skupiny druhů Cimex pipistrelli ovšem prokázala rozdíly mezi štěnicemi z různých druhů netopýrů a poukázala tak na potřebu určité míry adaptace na jednotlivé hostitele. Mitochondriální DNA ale rozdíly v morfologii nereflektovala. Takto podmíněná morfologická variabilita zřejmě stála za popisem celkem tří evropských druhů skupiny C. pipistrelli, z nichž dva byly prokázány za neplatné. Štěnice jsou schopné sát na hostitelích značně vzdálených od zástupců jejich obvyklého hostitelské spektra. Dlouhodobé přežití ale vyžaduje velkou míru přizpůsobení, jehož vývoj může být v konfliktu s tokem genů z populací...
|
|
| |
|
|
Food webs of glacier-fed streams.
Komárková, Julie ; Kopalová, Kateřina (vedoucí práce) ; Fuksa, Josef (oponent)
Tématem této práce jsou ekosystémy ledovcem napájených toků se zaměřením na společenstva toků, spolu s identifikací struktur potravních sítích. Ledovcové toky představují drsné prostředí z hlediska fyzikálně-chemických vlastností, s proměnlivými vodními režimy, s největším průtokem v letních měsících, a specifickými světelnými a nutričními podmínkami. Základem potravních sítí jsou fotoautotrofní producenti, jako jsou rozsivky, Chrysophyceae a sinice, spolu s chemolithotrofními bakteriemi. V ledovcová voda hostí také některé taxony hub, které jsou s heterotrofními bakteriemi hlavními rozkladači. Ze skupiny bezobratlých jsou v ledovcových tocích vodní larvy druhů Diamesa a Pseudodiamesa, dále ze skupin Ephemeroptera či Plecoptera. Tyto všežravé druhy jsou charakterizovány vysokou potravní plasticitou. Larvy filtrují nebo spásají především epilitické biofilmy, v některých případech se však mohou uchylovat k predaci. Mimo bezobratlé, v ledovcových tocích obvykle nežijí zástupci s většími tělesnými rozměry, kteří by tvořili vyšší stupně trofických úrovní. Změna klimatu s ústupem ledovců ovlivňuje vlastnosti ledovcových toků, a to například v průtoku vody a teplotě, která se neustále zvyšuje. Posuny ve stanovištních podmínkách a struktuře společenstva v tocích povede ke složitějším potravním sítím, s...
|
|
|
Udržitelnost v grafickém designu
Shalak, Hanna ; Veselá, Lenka (oponent) ; Ondrík, Jozef (vedoucí práce)
V průběhu tvorby projektu jsem zkoumala prvky designu obalů papíru A4 z hlediska udržitelnosti, ekologie a vlastností produktu. Analýza spotřebitelského chování naznačuje nedostatečnou pozornost věnovanou průmyslovým standardům výroby papíru, což přispívá k šíření tzv. „greenwashingu“ a zpomalení pokroku v řešení environmentálních problémů. Samotný obal je často vnímán pouze jako objekt určený k likvidaci. Proto jedním z hlavních cílů mé práce je zaměření se na informační složky jeho designu. Toto slouží jako základ pro předání komplexity a složitosti systému, který se skrývá za čistým papírem A4. Pro realizaci projektu jsem sbírala obaly z místních tiskáren a copycenter v Brně. To mi umožnilo získat jasnější představu o tom, kolik druhů papíru koluje ve městě, jaké typy ekoznačení používají výrobci a dodavatelé, a na základě jakých preferencí se objednává určitý druh materiálu pro tisk.
|
|
|
Návrh technologického zařízení pro asanaci dřeva napadeného lýkožroutem
Němec, Tomáš ; Osička, Karel (oponent) ; Sedlák, Josef (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na návrh technologického zařízení pro asanaci dřeva napadeného lýkožroutem smrkovým. Hlavní myšlenkou navržené technologie je spojení harvestorové těžby s chemickou asanací pomocí postřiku. Tento inovativní přístup umožňuje zvýšení efektivity asanace a snížení nákladů v porovnání s tradičními metodami, jako je ruční odkornění nebo použití zádových postřikovačů. Výsledky ukazují, že harvestor zaručuje stejnoměrné pokrytí insekticidem na každém pokáceném stromu, čímž minimalizuje riziko nedostatečné asanace. Navržená technologie rovněž snižuje počet potřebných pracovníků pro asanaci, což přispívá k dalším úsporám nákladů a zvyšuje celkovou efektivitu procesu. Práce se dále zabývá technickými aspekty navrženého zařízení, včetně detailního popisu jednotlivých komponentů, jako jsou trysky, čerpadlo, nádrže a řídicí systém. Testování prototypu zařízení prokázalo jeho vysokou účinnost a spolehlivost v různých pracovních podmínkách. Kromě technických přínosů práce, také zdůrazňuje ekologické výhody navrženého řešení, které minimalizuje negativní dopady na životní prostředí díky přesnému dávkování chemických látek a snížení potřeby ruční manipulace s napadeným dřevem. Celkově lze konstatovat, že navržené řešení je nejen ekonomicky výhodné, ale také technicky a ekologicky přínosné, a mělo by významně přispět k ochraně českých lesů před kůrovcovou kalamitou.
|
|
|
Nové technologie pro vytápění rodinných domů
Novák, Dominik ; Lachman, Jakub (oponent) ; Lisý, Martin (vedoucí práce)
Práce se zabývá problematikou moderního vytápění v rodinných domech. Cílem této práce je seznámení s jednotlivými variantami moderních zdrojů vytápění. K tomuto problému se postupuje ve třech krocích. V první části této bakalářské práce byla zpracována teoretická část jednotlivých zdrojů na vytápění za pomocí literární rešerše. V druhé části byla provedena základní studie pro modelový rodinný dům. V poslední části bylo provedeno vyhodnocení navržených zdrojů a celkové vyhodnocení.
|
|
|
Genomic prediction and genome-wide association studies of metabolic networks
Schwarzerová, Jana ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Ramberger,, Benjamin (vedoucí práce)
Current research on the interface of bioinformatics and ecology engineering offers potential due to the combination of laboratory analysis and advanced bioinformatics algorithms. The thesis investigates the combination of GC-MS -based metabolomic analysis for identification and quantitation of metabolites of environmental perturbations with the advanced bioinformatics approach of genome-wide association studies (GWAS). The analysis is performed using genomic prediction based on two different temperature-related growth conditions of the collected dataset from 241 Arabidopsis thaliana natural accessions (genotypes). Current challenges that arise from climate change and industrial pollution encourage fundamental research on the adaption of organisms due to environmental effects. The findings in this field may play a key role in solving associated problems for the environment. Particularly plants, which serve as net primary producers of our most vital resources, food, health and energy, represent most important research subjects in this regard. The findings presented in this thesis reveal the individual adaptation strategies to cold stress of the plant depending on its original habitate. Furthermore, the association of metabolites with GWAS revealed potential genomic regions involved in the adapation of the plant to cold temperature. While simple observations reveal only phenotype changes, changes in genotypes of organisms can be captured using this metabolic GWAS technology presented in this thesis and further utilized in industrial ecology and biotechnology. The final part of the thesis is extended by using the inverse stochastic Lyapunov Matrix equation for the obtained results using to investigate the regulation of metabolism during adaptation to cold temperature.
|
|
|
Udržitelné město: Dřevostavby budoucnosti
Lacková, Zuzana ; Krištof, Michal (oponent) ; Kratochvíl, Jan (vedoucí práce)
Diplomová práca sa zaoberá problematikou udržateľného rozvoja miest s využitím drevostavieb ako prostriedku k dosiahnutiu tohto cieľa. Zohľadňuje poznatky nadobudnuté v preddiplomovej práci s výsledným návrhom komplexu obytných budov a občianskej stavby z dreva na Červenom kopci v Brne. Tento súbor vytvára model tzv. ideálneho udržateľného mesta, ktoré poskytuje iný pohľad na súčasnú tvorbu miest. V súčasnej dobe je udržateľný rozvoj miest jednou z hlavných otázok urbanistického plánovania a architektúry. S narastajúcim povedomím o environmentálnych a ekonomických výzvach sa zvyšuje dopyt po alternatívnych riešeniach, ktoré zabezpečia životaschopnosť a prosperitu mestských prostredí. V rámci tohto kontextu získavajú drevostavby stále väčšiu pozornosť ako ekologicky a ekonomicky výhodné riešenie pre výstavbu a plánovanie v mestách. Drevo ako stavebný materiál disponuje jedinečnými vlastnosťami, ktoré ho robia atraktívnym pre urbanistické prostredie. Jeho všestrannosť, ľahkosť, tepelno-izolačné vlastnosti či jedinečný estetický potenciál ho činia ideálnym materiálom pre moderné stavby. Okrem toho, že ide o obnoviteľný zdroj, jeho výstavba a použitie má minimálny environmentálny vplyv v porovnaní s tradičnými stavebnými materiálmi.
|
host ::
RSS.