National Repository of Grey Literature 110 records found  1 - 10nextend  jump to record: Search took 0.01 seconds. 
Modelling and Analysis of Logistics Processes by Applying Process and Data Mining Techniques
Rudnitckaia, Julia ; Wang, Hao (referee) ; Zendulka, Jaroslav (referee) ; Hruška, Tomáš (advisor)
In this thesis, we propose an approach for modelling hidden and unknown processes and subprocesses in the example of a seaport logistics area. Having the underlying process model makes it possible to exploit more advanced algorithms since deviations and main paths are becoming visible and better controlled. The obtained model is the foundation for the core research of this work and will be enriched with key performing indicators and their forecast by applying advanced process mining, statistics, and machine learning techniques. The main difference of the approach is that we take as a target variable not any specific value, but the object - a process variant or a process type with a set of parameters. Bottleneck analysis, from one side, and predictive analysis, on the other hand, are enforced with context-aware information, especially with these additional objective process attributes.   Furthermore, the support of the descriptive ("As is") current process model with certain notation and the integration with relevant bottleneck and predictive methods compromise the advantages of the approach. The work primarily focuses on the design of algorithms and methods for supporting logistics data analysis. However, it can be adjusted and applied to other areas accordingly, which makes the approach flexible and versatile. The result of the work is the framework for unstructured process modelling and the key process parameters predictive method. This analysis of processes with their attributes might be used for decision-making systems and process maps in future.
Mining of soluble enzymes from genomic databases
Hon, Jiří ; Brejová, Bronislava (referee) ; Šafránek, David (referee) ; Zendulka, Jaroslav (advisor)
Enzymy jsou proteiny urychlující chemické reakce s velkým potenciálem pro farmaceutický a obecně chemický průmysl. Enzymatická funkce je obvykle zajištěna několika nepostradatelnými aminokyselinami, které tvoří tzv. aktivní místo, kde se odehrává chemická reakce. V této práci jsou prezentovány dva integrované softwarové nástroje pro dolování a racionální výběr nových rozpustných enzymů - EnzymeMiner a SoluProt.  EnzymeMiner slouží k hledání nových enzymů. Na vstupu vyžaduje jednu nebo více sekvencí zvoleného enzymu spolu se seznamem klíčových aminokyselin. Tento seznam slouží k zvýšení pravděpodobnosti, že nalezený enzym bude mít podobnou funkci jako vstupní enzym. Výstupem EnzymeMineru je množina anotovaných sekvencí nalezených v databázi. Za účelem ulehčení výběru několika málo kandidátů pro experimentální ověření v laboratoři integruje EnzymeMiner anotace z dostupných databází - informaci o zdrojovém organismu a prostředí, ve kterém se vyskytuje, a informaci o proteinových doménách, ze kterých se enzym skládá. Hlavním kritériem pro výběr kandidátů je rozpustnost predikovaná druhým prezentovaným nástrojem, SoluProtem. SoluProt je metoda založená na strojovém učení, která predikuje heterologní rozpustnou expresi proteinu v organismu Escherichia coli . Vstupem je sekvence a výstupem je pravděpodobnost, že protein bude exprimován v rozpustné formě. SoluProt využívá model gradient boosting machine a byl trénován na datové sadě odvozené od databáze TargetTrack. Při srovnání na vyvážené nezávislé datové sadě odvozené z databáze NESG dosáhl SoluProt přesnosti 58,5 % a hodnoty AUC 0,62, čímž lehce převyšuje ostatní existující nástroje. Nástroje EnzymeMiner i SoluProt jsou často využívány řadou uživatelů z oblasti proteinového inženýrství za účelem hledání nových rozpustných biokatalyzátorů chemických reakcí. Ty mají velký potenciál snížit energetickou náročnost a ekologickou zátěž mnoha průmyslových procesů.
Detection of repetitive sequences in genomes
Puterová, Janka ; Jedlička, Pavel (referee) ; Kléma, Jiří (referee) ; Zendulka, Jaroslav (advisor)
Repetitivní sekvence mohou tvořit významnou část genomu, v některých případech více než 80%, která však bývala vědci často přehlížena. Dnes je známo, že repetice mají v genomu různé funkce a rozdělují se na dvě hlavní skupiny: rozptýlené a tandemové repetice. Cílem této práce bylo vytvoření bioinformatických nástrojů pro detekci repetic, ať už přímo ze sekvenačních dat generovaných sekvenátory, nebo ze sestavených genomů. V úvodní části práce poskytuje náhled do problematiky a přehled typů repetic vyskytujících se v genomech. Dále se práce zabývá stávajícími přístupy a nástroji zaměřenými na identifikaci repetic přímo ze sestavených sekvencí. Hlavním přínosem do této oblasti bylo vytvoření nástroje digIS, který se zaměřuje na detekci inserčních sekvencí, které přestavují nejhojněji se vyskytující rozptýlené repetice u prokaryot. digIS je založen na principu profilových skrytých Markovových modelů zkonstruovaných pro katalytické domény transpozáz, které představují nejkonzervativnější část inserčních sekvencí a zachovávají si sekundární strukturu v rámci rodiny. Následně práce poskytuje přehled sekvenačních technologií a rozebírá stávající metody pro detekci repetic přímo ze sekvenačních dat, bez nutnosti procházejícího sestavení genomu. Je představen nový přístup pro detailní analýzu tandemových repetic. Tento přístup rozšiřuje základní analýzu nástroje RepeatExplorer, který detekuje a charakterizuje repetice přímo ze sekvenačních dat. Práce dále diskutuje aplikace detekce repetic v biologickém výzkumu zejména z pohledu srovnávacích studií repeatomu a evoluce pohlavních chromozomů. V závěrečné části práce poskytuje souhrn dosažených výsledků výzkumu v podobě čtyř článků publikovaných v mezinárodních časopisech, jejichž plné znění je dostupné v přílohách, a celkové shrnutí práce a možnosti budoucího výzkumu.
Computational Design of Stable Proteins
Musil, Miloš ; Lexa, Matej (referee) ; Vinař, Tomáš (referee) ; Zendulka, Jaroslav (advisor)
Stabilní proteiny nacházejí široké uplatnění v řadě medicínských a biotechnologických aplikacích. Přírodní proteiny se vyvinuly tak, aby fungovaly převážně v mírných podmínkách uvnitř buněk. V důsledku toho vzniká zájem o stabilizaci proteinů za účelem jejich širšího uplatnění také v průmyslovém prostředí. Obor proteinového inženýrství se v posledních letech rozvinul do úrovně umožňující modifikovat proteiny pro různá využití, ačkoliv identifikace stabilních mutací je stále zatížená drahou a časově náročnou experimentální prací. Výpočetní metody se proto uplatňují jako atraktivní alternativa, která dovoluje prioritizovat potenciálně stabilizující mutace pro laboratorní práci. Během posledních let bylo vyvinuto velké množství výpočetních strategií: i) výpočty energie pomocí silových polí, ii) evoluční metody, iii) strojové učení a iv) kombinace více přístupů. Spolehlivost a využití nástrojů jsou často limitovány predikcí pouze jednobodových mutací, které mají malý dopad na stabilitu proteinů, zatímco sofistikovanější metody pro predikci multibodových mutací vyžadují větší množství práce na straně uživatele. Hlavním záměrem této práce je poskytnout uživatelům plně automatizované metody, umožňující návrh vysoce stabilních vícebodových mutantů bez potřeby pokročilých znalostí bioinformatických nástrojů a zkoumaného proteinu. V této práci jsou prezentovány následující nástroje a databáze:  FireProt je plně automatizovaná metoda pro návrh stabilních vícebodových mutantů z kategorie tzv. hybridních přístupů. Ve svém výpočetním jádře spojuje jak energetické tak i evoluční metody, přičemž evoluční informace jsou užívány především jako filtry pro časově náročné výpočty energií. Kromě detekce potenciálně stabilizujících mutací se FireProt rovněž snaží spojit tyto mutace do jednoho vícebodového mutanta s minimalizací rizika vzniku antagonistických efektů. FireProt-ASR je plně automatizovaná platforma pro rekonstrukci ancestrálních sekvencí, která dovoluje uživatelům využít tuto strategii bez nutnosti velkého objemu manuální práce a hluboké znalosti zkoumaného proteinu. FireProt-ASR řeší všechny kroky ancestrální rekonstrukce, včetně sběru biologicky relevantních sekvencí, konstrukce zakořeněného fylogenetického stromu a rekonstrukce ancestrálních sekvencí.HotSpotWizard je nástroj pro návrh mutací a mutačních knihoven za účelem zlepšení stability a aktivity zkoumaných proteinů. Nástroj dovoluje provést i širší analýzu za využití čtyř různých strategií běžně používaných v oboru proteinového inženýrství: i) identifikace evolučně variabilních pozic v blízkosti katalytických kapes a tunelů, ii) identifikace pohyblivých regionů, iii) výpočet sekvenčního konsensu a iv) identifikace korelovaných pozic.FireProt-DB je databáze dostupných experimentálních dat popisujících stabilitu proteinů. Hlavním účelem této databáze je standardizovat data v oblasti proteinové stability, poskytnout uživatelům platformu k jejich snadnému ukládání a umožnit intuitivní vyhledávání, které by mohly být využité k trénování nových nástrojů s využitím technik strojového učení.
Protein Classification Techniques
Dekrét, Lukáš ; Zendulka, Jaroslav (referee) ; Burgetová, Ivana (advisor)
Main goal of classifying proteins into families is to understand structural, functional and evolutionary relationships between individual proteins, which are not easily deducible from available data. Since the structure and function of proteins are closely related, determination of function is mainly based on structural properties, that can be obtained relatively easily with current resources. Protein classification is also used in development of special medicines, in the diagnosis of clinical diseases or in personalized healthcare, which means a lot of investment in it. I created a new hierarchical tool for protein classification that achieves better results than some existing solutions. The implementation of the tool was preceded by acquaintance with the properties of proteins, examination of existing classification approaches, creation of an extensive data set, realizing experiments and selection of the final classifiers of the hierarchical tool.
Complex Validator for Web Pages
Horvát, Jozef ; Zendulka, Jaroslav (referee) ; Volf, Tomáš (advisor)
This thesis deals with the creation of a complex validator for web pages using HTML, CSS and JavaScript. The application is implemented using the Angular framework. In addition to validation, the application provides suggestions for error correction.
Tool for Payment Format Definition Debugging
Kuba, Richard ; Rychlý, Marek (referee) ; Zendulka, Jaroslav (advisor)
The main goal of this thesis is to develop and demonstrate a tool for debugging payment formats that would make it easier for users of the DMEEX transaction (program) to detect bugs in definition trees. Demonstration of the debugging tool is implemented on the SAP S / 4HANA platform. The first part of this thesis describes the platforms SAP R / 3 and SAP S / 4HANA, with emphasis on capturing the differences between them. Furthermore, the purpose of payment formats and their integration within SAP systems is discussed. The design describes the collection and work with user requirements for this tool. The implemented product allows users to visualize the processing of the DMEEX transaction definition tree, thanks to which it allows its users to more easily detect errors in the definition of the tree or in its input data.
Multi-Lingual Support in OKbase
Podsedník, Lukáš ; Kunc, Michael (referee) ; Zendulka, Jaroslav (advisor)
OKbase is a complete software product for firms including attendance, salary and human-resources module. It is implemented and conducted in Czech language. The main aim of this project is to extend OKbase to provide simple support of other languages.
Generic Decentralized Self-Adaptive Context-Aware Architecture Model
Kazzaz, M. Mohanned ; Zimmerová, Barbora (referee) ; Vranić,, Valentino (referee) ; Zendulka, Jaroslav (advisor)
Vývoj v informačním systému neustále zvyšuje nároky na účinnou, efektivní a adaptivní spolupráci mezi komponenty systému, aby se vyrovnal se změnami v systému a zaručil tak nejlepší výkon. K dosažení těchto požadavků byly zavedeny dva hlavní přístupy. Přístup k adaptaci umožňuje informačnímu systému přizpůsobit se změnám v kontextu informací systému a jeho okolního prostředí na základě adaptační strategie. Přístup ke zvyšování informovanosti zase napomáhá sledovat informace o kontextu a rozpoznat změny, které mohou proces adaptace vyvolat. V této práci představujeme obecný kontextově orientovaný model vlastní adaptivní architektury pro podporu softwarového systému s adaptačními funkcemi, které zaručují dostupnost systému, provozní podmínky a výkon. Navíc poskytujeme dvě případové studie v reálném životě jako důkaz konceptu použitelnosti našeho navrhovaného adaptačního přístupu.
Algorithm for Product Recommendation
Bodeček, Miroslav ; Bartík, Vladimír (referee) ; Zendulka, Jaroslav (advisor)
The goal of this project is to explore the problem of product recommendations in the area of e-commerce and to evaluate known techniques, design product recommendation system for an existing e-commerce site, implement it and test it. This report introduces the problem, briefly examines current state of affairs in this area and defines requirements for a product recommendation module. The concept of data mining in general is introduced. The report proceeds to present detailed design corresponding to defined requirements and summarizes data gathered during testing phase. It concludes with evaluation and with discussion of the remaining goals for this thesis.

National Repository of Grey Literature : 110 records found   1 - 10nextend  jump to record:
Interested in being notified about new results for this query?
Subscribe to the RSS feed.