|
|
Development of Web-Based Computational Tool for Analysis of Microcalorimetry Data
Nedeljković, Sava ; Musil, Miloš (referee) ; Sumbalová, Lenka (advisor)
Proteins are organic molecules made up of amino acids which are present in all living organisms. They are the main building blocks of life. Study of protein stability has great application in pharmaceutical, biochemical and medical industries, which makes it in high demand. Stability of a protein and many other properties can be determined by observing its unfolding mechanisms. Differential Scanning Calorimetry (DSC) has proven to be a very precise method for this task. The main goal of this thesis is to improve functions of software CalFitter, which analyses data obtained from DSC experiments. The new functionality of the software enables it to automatically calculate initial parameters, which are needed for successful analyses.
|
|
|
Acceleration of Photoacoustic Imaging
Nedeljković, Sava ; Bordovský, Gabriel (referee) ; Jaroš, Jiří (advisor)
Hlavním cílem této práce je navrhnout novu metodu rekonstrukce obrazu z dat fotoakustického snímkování. Fotoakustické snímkování je velmi populární neinvazivní metoda snímkování založená na detekování ultrazvukových vln vyvolaných laserovým paprskem. Proces snímkování generuje velké množství dat, a kvůli tomu je proces rekonstrukce obrazu velmi časově náročný. Táto práce demonstruje proces rekonstrukce obrazu pomocí zpětné projekce, algoritmu který je dostatečně jednoduchý na přizpůsobení moderním architekturám procesorů umožňující různé způsoby optimalizovaného výpočtu. Dvě různé variantu algoritmu byly navrženy: z pohledu pixelu a z pohledu senzoru, který detekuje ultrazvukové vlny. Obě varianty byly implementovány třemi různými způsoby: pomocí vektorového paralelismu, vláknového paralelismu a paralelismu na grafické karetě (GPU). Všechny 3 implementace obou variant algoritmu byly testovány a výsledky byly srovnány s výsledkem rekonstrukce algoritmu reverzního času, přesnějšího ale mnohokrát pomalejšího algoritmu. Výsledky ukázaly, že GPU paralelismus nabízí nejrychlejší výpočet, cca. 200 krát rychlejší než u algoritmu reverzního času, a proto se dá použit i v aplikacích pracující v reálném čase.
|
|
|
Acceleration of Photoacoustic Imaging
Nedeljković, Sava ; Bordovský, Gabriel (referee) ; Jaroš, Jiří (advisor)
Hlavním cílem této práce je navrhnout novu metodu rekonstrukce obrazu z dat fotoakustického snímkování. Fotoakustické snímkování je velmi populární neinvazivní metoda snímkování založená na detekování ultrazvukových vln vyvolaných laserovým paprskem. Proces snímkování generuje velké množství dat, a kvůli tomu je proces rekonstrukce obrazu velmi časově náročný. Táto práce demonstruje proces rekonstrukce obrazu pomocí zpětné projekce, algoritmu který je dostatečně jednoduchý na přizpůsobení moderním architekturám procesorů umožňující různé způsoby optimalizovaného výpočtu. Dvě různé variantu algoritmu byly navrženy: z pohledu pixelu a z pohledu senzoru, který detekuje ultrazvukové vlny. Obě varianty byly implementovány třemi různými způsoby: pomocí vektorového paralelismu, vláknového paralelismu a paralelismu na grafické karetě (GPU). Všechny 3 implementace obou variant algoritmu byly testovány a výsledky byly srovnány s výsledkem rekonstrukce algoritmu reverzního času, přesnějšího ale mnohokrát pomalejšího algoritmu. Výsledky ukázaly, že GPU paralelismus nabízí nejrychlejší výpočet, cca. 200 krát rychlejší než u algoritmu reverzního času, a proto se dá použit i v aplikacích pracující v reálném čase.
|
|
|
Development of Web-Based Computational Tool for Analysis of Microcalorimetry Data
Nedeljković, Sava ; Musil, Miloš (referee) ; Sumbalová, Lenka (advisor)
Proteins are organic molecules made up of amino acids which are present in all living organisms. They are the main building blocks of life. Study of protein stability has great application in pharmaceutical, biochemical and medical industries, which makes it in high demand. Stability of a protein and many other properties can be determined by observing its unfolding mechanisms. Differential Scanning Calorimetry (DSC) has proven to be a very precise method for this task. The main goal of this thesis is to improve functions of software CalFitter, which analyses data obtained from DSC experiments. The new functionality of the software enables it to automatically calculate initial parameters, which are needed for successful analyses.
|
guest ::
