|
|
Development of Instrumentation and Methodology in Proteomic and Environmental Analysis
Hezinová, Věra ; Bobáľová, Janette (referee) ; Lubal,, Přemysl (referee) ; Čáslavský, Josef (referee) ; Klepárník, Karel (advisor)
Tato práce je zaměřena jak na cílený tak na přehledný přístup ve studiu proteomiky. Cílená proteomika přináší informace o přítomnosti proteinu a jeho lokalizaci v buňce či tkáni pomocí luminiscenčních značek na bázi kvantových teček, zatímco přehledná proteomika se zabývá identifikací změn v proteomu dvou nebo více jedinců stejného druhu vystavených různým podmínkám. Protože proteomika vyžaduje vysoce citlivé separační a identifikační techniky, byly v této práci ověřeny různé metody zlepšení citlivosti kapilární elektroforézy s hmotnostní detekcí. Použití rozhraní s kapalinovým spojem pro spojení těchto dvou technik, které zajišťuje vyšší citlivost analýz, bylo také ověřeno analýzou metabolitů etanolu a kokainu v lidské moči. Zavedené techniky instrumentace jsou využitelné při posouzení vlivu významných faktorů životního prostředí na živé systémy jak na buněčné tak na molekulární úrovni.
|
|
|
Development of a new DNA mutation detection technology for application in cancer diagnostics
Janoušková, Kristýna ; Minárik, Marek (advisor) ; Klepárník, Karel (referee)
The aim of this diploma thesis was to test a new technology for DNA mutation detection and to optimize the parameters related to the introduction of a new method, that uses this technology, into oncological diagnostic practice. The new method consists of an experimental modification of an already used method for the detection of somatic mutations in tumor DNA, which is based on heteroduplex analysis and denaturing capillary electrophoresis. The new aspect of the technology is the use of short oligonucleotide probe, which significantly simplifies the interpretation of data and also enables the simultaneous examination of multiple mutations in one reaction (multiplexes). Key words: DNA, denaturating capillary electrophoresis, heteroduplex, mutation, PCR, probe
|
|
|
Quantum dot luminescent probe for Caspase 3/7 imaging inside cells
Procházková, Markéta ; Klepárník, Karel
Two step synthesis of luminescent probe based on ligand-exchange in the first step and the specific reaction of amino group in the second step was optimized. The luminescence properties of the final product were checked by time course of\nactive recombinant caspase protein reaction under the model conditions in fluorimeter. The novel luminescent probe enables long-time imaging of active caspases in living cells or tissues.
|
|
| |
|
| |
|
|
Surface modification of nanoparticles for sustaining sensitivity of surface-enhanced raman spectrometric measurements in salinated environment
Týčová, Anna ; Přikryl, Jan ; Vaňhara, P. ; Klepárník, Karel ; Foret, František
Surface-enhanced Raman spectrometry (SERS) represents a powerful method for analysis of a broad spectrum of analytes ranging from inorganic ions to biomolecules of high complexity. It combines the potential\nof Raman spectrometry for a definite identification of an analyte with remarkable sensitivity achieved by the surface enhancement effect occurring on metal nanoparticles. While low ionic strength influences positively\nthe sensitivity of the SERS measurement, a higher level of inorganic salts leads to fast ruining of colloidal character, which completely devastates the effect of the surface enhancement. The common stabilization of\nnanoparticles by a layer of polymers has a negative impact on the SERS sensitivity since it shields the nanoparticle surface from the analytes. In this work, we aim at the development of the bi-ligand system of\nnanoparticles surface modification for improved stability of colloid in saline solution at sustaining the potential for sensitive SERS analyses. The proposed system relies on the binding of 3-mercaptopropionic acid and\nthiolated polyethylene glycol in a suitable ratio onto the nanoparticle surfaces. While the short chains of the acid sustain the accessibility of the surface for analytes, the polymeric structures act as a steric barrier\npreventing colloid aggregation.
|
|
|
A Microfluidic devide for monitoring cell migration
Ledvina, Vojtěch ; Klepárník, Karel ; Legartová, Soňa ; Bártová, Eva
A polydimethylsiloxane microfluidic device for monitoring directed cell migration was developed. The device comprises a main channel barred by pillar arrays with decreasing spacing and utilizes chemotactic movement of cells in the direction of increasing gradient of fetal bovine serum. HeLa cell line transfected with Premo FUCCI Cell Cycle Sensor was used as a model organism. The cells were imaged for several days using a scanning confocal microscope and the rate of migration in different cell cycle phases was evaluated.
|
|
| |
|
|
Using modern molecular-genetic methods in prevention, early diagnosis, prediction of therapy response and prognosis
Benešová, Lucie ; Minárik, Marek (advisor) ; Brdička, Radim (referee) ; Klepárník, Karel (referee)
55 5 Závěr V prezentovaných pracích jsme se zabývali vývojem a praktickou aplikací metod pro rychlou, citlivou, vysokokapacitní detekci molekulárních markerů u různých typů nádorových onemocnění. Vyvinuli jsme v této souvislosti dvě nové metodiky. První je založená na cyklujícím teplotním gradientu, který poskytuje efektivnější separaci DNA molekul a možnost opakovaného dávkování v jedné analýze a tedy výrazné zvýšení celkového počtu analyzovaných vzorků 1 . Druhá metodika založená na dynamickém značení DNA molekul interkalačním činidlem během elektroforetické analýzy odstraňuje potřebu fluorescenčně značených primerů a dělá tak analýzy finančně i prakticky dostupnějšími 3 . Obě tyto metodiky jsme následně použili při analýzách klinických vzorků pacientů s nádorovým onemocněním. Výsledky uvedených publikací zaměřených na klinické aplikace ukazují, že vyšetření molekulárních markerů zahrnující mutace, alelické ztráty a jednonukleotidové polymorfismy má široké uplatnění. Charakterizace vzorků kolorekta na molekulární úrovni, jehož optimalizaci jsme provedli, může mít význam při popisu stádia transformace adenomu v karcinom nebo při odhadu prognózy onemocnění na základě detekovaných typů mutací 2 . U pacientů s podezřením na karcinom pankreatu může molekulárně-biologické vyšetření v kombinaci s cytologickým...
|
|
| |
guest ::
