|
|
Regulation of Epithelial-Mesenchymal transition by the ERK pathway.
Čáslavský, Josef ; Vomastek, Tomáš (advisor) ; Brábek, Jan (referee) ; Gregor, Martin (referee)
Typical epithelium is uniformly polarized solid structure defined by the presence of cell-cell contacts that are connected to well-organized network of actin cytoskeleton. While epithelium is considered to be rather static, during embryogenesis or cancer development epithelial tissues undergo considerable dynamic changes in their integrity that are characterized by loss of epithelial polarity, disruption of cell-cell adhesions and gaining mesenchymal or mesenchymal-like migratory phenotype. These changes, collectively termed as epithelial-mesenchymal transition (EMT), allow cells to effectively invade surrounding tissues and are considered to be a main factor underlying the formation of metastatic cancer. The MAPK/ERK cascade, comprised of protein kinases Raf, MEK and ERK, induces the breakdown of epithelial integrity and cell autonomous migration in various cell lines. In the ERK pathway, ERK is an effector protein kinase which, depending on the cellular context, phosphorylates a number of different substrates. Spatiotemporal phosphorylation of specific constellation of ERK substrates drives specific biologic outcome. The question arises whether, during conversion of multicellular epithelium to autonomously migrating cells, ERK regulates a "master" controller or whether the ERK regulatory function...
|
|
|
The role of p130Cas substrate domain mediated signaling in cancer cell migration, invasiveness and metastasis of cancer cells
Zemanová, Kateřina ; Brábek, Jan (advisor) ; Čáslavský, Josef (referee)
p130Cas (Crk-associated substrate) was first described over 30 years ago as a protein that associates with the v-src and v-crk oncoproteins and undergoes tyrosine phosphorylation. Proteins of the CAS family are an important part of cellular biological processes in normal and pathological situations. The existence of 15 YXXP repetitive motifs is characteristics for substrate domain. p130Cas is an adapter protein that allows interactions between proteins that lead to assembly of multiprotein complexes. The p130Cas protein regulates these multiprotein complexes, which further drive chemotaxis, apoptosis, differentiation and migration. Overproduction of CAS proteins was found in connection with a poor prognosis and an increased incidence of metastases. Also, the elevated expression of proteins of the CAS family is related to resistance to some types of chemotherapeutics.
|
|
|
Application of Diffusive Gradients in Thin Films Technique in Food and Environmental Analysis
Reichstädter, Marek ; Čáslavský, Josef (referee) ; Urík,, Martin (referee) ; Diviš, Pavel (advisor)
Tato dizertační práce zkoumá vývoj techniky difúzního gradientu v tenkém filmu (DGT) pro stanovení rtuti (Hg) a dalších stopových kovů a dále rozšířené možnosti použití této techniky. Technika DGT je v této práci vyvinuta pro stanovení Hg a dalších stopových prvků v různých kapalných médiích. Dvě rozdílná sorpční média specifická pro rtuť byla testována pro použití v technice DGT – Purolite S924 a cysteinem modifikovaná aminopropyl silika (CAPS). Purolite S924 je komerčně dostupný chelatační iontoměnič, CAPS byla připravena v laboratorních podmínkách imobilizací cysteinu na 3-aminopropyl funkcionalizovanou siliku pomocí glutaraladehydu. Obě testovaná sorpční média ukázala slibný aplikační potenciál pro užití v technice DGT díky funkčnosti v roztocích o širokém rozsahu pH i iontové síly. Funkčnost DGT s novými sorpčními médii byla porovnána s technikami DGT s běžně používanými sorbenty Chelex-100 a 3-merkaptopropylfunkcionalizovanou silikou. Hlavní výhodou sorpčních médií Purolite S924 a CAPS je schopnost současného stanovení Hg a dalších stopových kovů (Cd, Pb, Co, Ni, Cu). Vzhledem k odlišným požadavkům na sorpční média používaná v technice DGT nebylo dosud současné kvantitativní stanovení Hg a dalších stopových kovů možné. Doposud byly zapotřebí dvě samostatné techniky DGT – jedna pro Hg a druhá pro další stopové kovy, což zvyšuje množství vzorků pro analýzu a množství použitého spotřebního materiálu. Technika DGT s CAPS byla použita pro stanovení koncentrací kovů v námořních přístavech v Oostende a Zeebrugge na belgickém pobřeží Severního moře. Přestože byla technika DGT původně představena pro použití v analytické chemii životního prostředí, byla v této práci zkoumáno i použití této techniky v analýze potravin. V prostředí rybí omáčky byla ověřena funkčnost techniky DGT a stanoveny difúzní koeficienty Hg a dalších stopových prvků. Technika DGT byla následně použita pro stanovení koncentrace rtuti a dalších stopových kovů v různých komerčně dostupných vzorcích rybí omáčky. Výsledky nově navrhnutého analytického postupu s použitím techniky DGT byly porovnány s výsledky přímé analýzy atomovou absorpční spektroskopií s termální dekompozicí a amalgamací zlatem (TD-AAS) a po mikrovlnném rozkladu vzorků omáčky také s výsledky sektorové hmotnostní spektrometrie s indukčně vázanou plazmou (SF-ICP-MS). Díky předkoncentrační schopnosti techniky DGT byly dosaženy nižší detekční limity ve srovnání s TD-AAS nebo SF-ICP-MS. Technika DGT díky schopnosti oddělení analytů z komplexní matrice rybí omáčky rovněž snížila opotřebení a koroze kovových částí použitých instrumentálních technik.
|
|
|
Infrared spectroscopy of thin films
Kiss, Andrej ; Čáslavský, Josef (referee) ; Čech, Vladimír (advisor)
Cílem této bakalářské práce je literární rešerše v oblasti tenkých vrstev, plazmochemické depozice z plynné fáze a infračervené spektroskopie Fourierovou transformací, a měření infračervených spekter tenkých vrstev a charakterizace jejich chemické struktury na základě změřených spekter. Pomocí infračervené spektroskopie Fourierovou transformací bylo měřeno pět vzorků tenkých polymerních vrstev z tetravinylsilanu, vytvořených na křemíkovém substrátu pomocí plazmochemické depozice z plynné fázi s efektivním výkonem v rozmezí od 2 W do 150 W. Měření odhalilo chemické vazby přítomné ve vzorcích a jak se struktura měnila s měnící se efektivním výkonem. Snížení absorpčních pásů s přítomností vodíku naznačuje zvýšení zesítění se zvýšeným efektivním výkonem. Také snížení absorpčních pásů s přítomností křemíku poskytuje důkaz pro zvýšení poměru C/Si. Tyto výsledky nám pomáhají porozumět charakteristikám těchto tenkých vrstev a přispívají k pochopení procesu plazmochemické depozice z plynné fáze.
|
|
|
Monitoring of the plasmachemical process using mass spectrometry
Ondra, Zdeněk ; Čáslavský, Josef (referee) ; Čech, Vladimír (advisor)
This bachelor thesis deals with plasma-enhanced chemical vapor deposition (PECVD) and the use of mass spectrometry to monitor the processes in plasma during the deposition of thin film. Tetravinylsilane plasma was used in the process of forming a thin film on the silicon wafer. The background of the spectrometer, the residual gases in the plasma reactor at basic pressure were characterized and the plasma polymerization process was monitored. This process was monitored with increasing effective power (2-150 W). The obtained mass spectra were assigned and described in detail. The plasma species that showed the greatest change were then characterized as a function of time during film deposition.
|
|
|
Monitoring of air quality in the Ostrava industrial agglomeration
Krejčí, Blanka ; Dombek,, Václav (referee) ; Holoubek,, Ivan (referee) ; Čáslavský, Josef (advisor)
Presented thesis deals with the evaluation of air quality in Ostrava industrial area, especially with regard to highly concentrated suspended particles and sorbed on them toxic polyaromatic hydrocarbons. Their above-limit concentrations are the main cause of negative effects on the health of humans and other organisms in one of the most outstanding European "hot- spot"regions, in the industrial agglomeration of Ostrava. The first part of the work is devoted to the evaluation of pollutant concentrations and contributions of identified types of air pollution sources in the wider influence area of a large industrial source in the Ostrava region. It was confirmed the concentrations of all pollutants show very significant inter-seasonal differences between the warm and cold parts of the year. The measured concentrations of PAHs in the cold season were 3 to 5 times higher than in the warm season. Less pronounced differences in concentration levels were seen between day and night samples. The air-pollution load was highest at the Radvanice site, compared to Vratimov and the background area of Poruba. The pollution caused by suspended particles originating from the emissions of the industrial complex in the annual scale contributes significantly to the resulting air quality image on the site, but is not an exclusive source. Other identified sources of the contributions to the PM2.5 concentrations are regional sources and operating seasonally sources (local heating). The second part of the thesis is an assessment of the character and regularities of air mass transmission in the ground-level layer of the troposphere in the Czech-Polish border area, as regional and long-range pollution transport plays a significant role, manifested in the resulting reduced air quality. The contribution of cross-border pollution sources is an important component of often alarming concentrations of atmospheric pollutants, especially during winter smog situations. It was shown within the northeast steady flow is dominated by the shift of higher concentrations of suspended particles from Poland to the Czech Republic. On the other hand, with the opposite prevailing direction of steady flow, particle concentrations on the Polish side of the territory are not increasing dramatically. At least half the year there are situations with variable wind direction, or low flow velocities during which the entire area on both sides of the border there are maximum concentrations of particles, including sorbed polyaromatics with the most serious health effects.
|
|
|
Chemical analysis of organic residues in archaeological ceramic vessels
Bunžová, Aneta ; Mravcová, Ludmila (referee) ; Čáslavský, Josef (advisor)
The presented bachelor thesis deals with the analysis of organic residues in archaeological ceramic vessels. Apart from theoretical characterisation of residues, the thesis focuses on the possibility of the extraction of residues and subsequent analysis, which is executed on real samples from archaeological sites. In the research, two different derivatizational reagents were used for the subsequent determination using the technique of gas chromatography in combination with mass spectrometry (GC/MS). The thesis endeavours to certain extent to sketch the diet of the users of the analyzed ceramic vessels.
|
|
|
Analysis of biochar aqueous extracts by separation methods
Tučková, Dominika ; Čáslavský, Josef (referee) ; Mravcová, Ludmila (advisor)
This master's thesis deals with the analysis of biochar extracts by separation methods. All analyzed biochar was produced from waterworks sludge by microwave pyrolysis. The aim of the thesis is the optimization of the sample preparation method and its analysis in a laboratory environment. With the ever-growing world population, the problem of a sustainable economy in both agriculture and waste management is becoming increasingly urgent. This fact has led most countries to consider promoting the so-called Circular Economy. The use of sewage sludge as a feedstock for biochar production is perfectly in line with this strategy. So far, however, the short term and the long term benefits and risks of using biochar have not been sufficiently described. Potentially hazardous organic substances were extracted from the biochar extracts by three techniques: liquid-liquid extraction, solid-phase extraction, and solid- phase micro-extraction. The obtained samples were analyzed using the GS-MS/TOF method. The individual methods were compared. Several biochar samples from WWTP Brno and WWTP Drahovice were selected and analyzed to verify the suitability of the selected sample analysis method.
|
|
|
Regulation of Epithelial-Mesenchymal transition by the ERK pathway.
Čáslavský, Josef ; Vomastek, Tomáš (advisor) ; Brábek, Jan (referee) ; Gregor, Martin (referee)
Typical epithelium is uniformly polarized solid structure defined by the presence of cell-cell contacts that are connected to well-organized network of actin cytoskeleton. While epithelium is considered to be rather static, during embryogenesis or cancer development epithelial tissues undergo considerable dynamic changes in their integrity that are characterized by loss of epithelial polarity, disruption of cell-cell adhesions and gaining mesenchymal or mesenchymal-like migratory phenotype. These changes, collectively termed as epithelial-mesenchymal transition (EMT), allow cells to effectively invade surrounding tissues and are considered to be a main factor underlying the formation of metastatic cancer. The MAPK/ERK cascade, comprised of protein kinases Raf, MEK and ERK, induces the breakdown of epithelial integrity and cell autonomous migration in various cell lines. In the ERK pathway, ERK is an effector protein kinase which, depending on the cellular context, phosphorylates a number of different substrates. Spatiotemporal phosphorylation of specific constellation of ERK substrates drives specific biologic outcome. The question arises whether, during conversion of multicellular epithelium to autonomously migrating cells, ERK regulates a "master" controller or whether the ERK regulatory function...
|
|
|
Degradation of Heat Transfer Fluids in Thermal Solar Systems and Propane-1,3-diol as a New Option
Mikšík, František ; Professor, Takahiko Miyazaki, (referee) ; Skolil, Jan (referee) ; Tocháček, Jiří (referee) ; Čáslavský, Josef (advisor)
Stárnutí teplonosných kapalin na organické bázi je dlouhodobým problémem, který je znám od počátku jejich používání. První část této disertační práce je tak věnována případové studii funkčního experimentálního systému, který byl jako nový naplněn teplonosnou kapalinou na bázi propan-1,2-diol a pozorován po období 7 let. Pro analýzu stárnutí kapaliny v tomto systému byly sledovány základní provozní vlastnosti kapaliny jako jsou hustota, viskozita, teplota tuhnutí, pH a obsah kovů. Skrze tyto vlastnosti tak bylo sledováno stárnutí kapaliny nepřímo. Přímé sledování stárnutí bylo posléze provedeno analýzou degradačních produktů, jako jsou organické kyseliny a změny ve složení směsi pomocí izotachoforézy a hmotnostní spektrometrie. Pro srovnání byly taktéž analyzovány vybrané vzorky z několik dalších systémů plněných identickou kapalinou s prokazatelně pokročilou formou degradace. V druhé části práce jsou představeny základní fyzikálně-chemické vlastnosti směsí propan-1,3-diolu s vodou a jejich analytické hodnocení a matematické modelování pro universální použití jakožto nového základu pro nemrznoucí teplonosné kapaliny. Na základě dostupných informací je pak hodnocena použitelnost této směsi. Výhoda propan-1,3-diolu je spatřována především ve výrobě z obnovitelných zdrojů a v některých fyzikálních a chemických vlastnostech, které dle dosavadních poznatků předčívají doposud používané glykolové směsi.
|
guest ::
RSS feed.