Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 40 záznamů.  začátekpředchozí16 - 25dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
The role of elF3 a Rps3 in stop codon readthrough
Poncová, Kristýna ; Valášek, Leoš (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Translace představuje složitě regulovaný a vysoce provázaný proces výroby proteinů v buňce. Má několik základních fází-iniciaci, elongaci, terminaci a recyklaci ribosomů. Naše laboratoř se zabývá studiem multifaktoriálního komplexu eukaryotického iniciačního faktoru 3 (eIF3). Zajímá nás nejen odhalování jeho molekulárních rolí v průběhu translačního cyklu, ale také jeho úloha při specifických mechanismech, které se podílí na regulování translace v závislosti na buněčných potřebách. eIF3 se skládá v kvasinkách z pěti esenciálních podjednotek (a/Tif32, b/Prt1, c/Nip1, g/Tif35 a i/Tif34). V savcích je jeho složení komplexnější s 12 podjednotkami (a-i, k-m). eIF3 je klíčový hráč nejen v iniciaci translace, ale také ve fázi recyklace ribosomů a překvapivě i v translační terminaci a pročítání stop kodonu. Posledně zmiňovaný proces má velký klinický potenciál, jelikož téměř 1/3 geneticky podmíněných onemocnění je způsobena přítomností předčasného terminačního kodonu v protein kódující oblasti. Porozumění molekulárním detailům pročítání stop kodonu a translačně terminační mašinérie je důležité pro další vývoj selektivních a méně toxických léčiv vhodných k terapii. V této disertační práci jsem popsala jak protein malé ribosomální podjednotky Rps3 řídí efektivitu rozpoznávání stop kodonu. Identifikovala jsem...
Role of small ribosomal proteins forming the decoding site in translation.
Hovorková, Zuzana ; Valášek, Leoš (vedoucí práce) ; Hálová, Martina (oponent)
Translace je jeden z klíčových mechanismů probíhajících v buňce každou sekundu po dobu celé její existence. Jde o velice složitý proces, který je zajišťován třemi hlavními aktéry: tRNA, mRNA a ribosomy. I přesto, že už studován po několik desetiletí, znalosti týkající se několika funkčních aspektů jsou stále mizivé. Tato bakalářská práce se zaměřuje na čtyři malé ribozomální proteiny vyjmenované níže, které dosahují k dekódovacímu centru malé ribozomální podjednotky. Zvyšuje povědomí o struktuře a funkci uS12, uS19, eS25 a eS30, jejich evoluci, roli v ribozomu a jejich vlivu na různé fáze translace. Konkrétně tato práce specificky zkoumá důležitost těchto čtyř ribosomálních proteinů na pročtění stop kodonu. K tomuto fenoménu dochází, když blízce příbuzná aminacylová- tRNA nebo přirozeně supresorová tRNA vyhraje s eRF1 nad příslušným stop kodonem, a tak syntéza protein pokračuje vedoucí k existence delšího protein. Shrnuje aktuální poznání jeho původu, mechanismu, existence v různých živočišných druzích, přinos i nevýhody, které buňce či dokonce organismu poskytuje, a na závěr shrnuje dostupné znalosti o potenciálním využití pročtení stop kodonu v lékařství. Klíčová slova: translace, pročtění stop kodonu, ribozom, ribozomální proteiny, uS12, uS19, eS25, eS30
Funkce ABCF proteinů u bakterií
Mičke, Bianka ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Translace je jedním z nejzákladnějších procesů odehrávajících se v živých buňkách. Jedná se přepis nukleotidové sekvence mRNA do proteinu, který probíhá na ribozomech. Během evoluce si organismy vyvinuly nepřeberné množství mechanizmů, kterými dokáží flexibilně reagovat na své potřeby. Jedním z těchto mechanizmů jsou i ABCF proteiny, které náleží do superrodiny ABC transportérů, ale na rozdíl od nich jim chybí transmembránová doména a neúčastní se transportních procesů. V buňkách se ABCF proteiny nacházejí volně v cytosolu nebo interagují s ribozomy. Dnes rozlišujeme dvě skupiny ABCF proteinů: antibioticko-rezistenční a proteiny, které regulují translaci. Ovšem tato funkce byla s jistotou potvrzena pouze u proteinu Etta. Antibioticko-rezistenční ABCF proteiny (ARE) se vážou na ribozom a ochraňují ho před působením antibiotik navazujících se na 50S ribozomální podjednotku. Regulační ABCF proteiny reagují na vnitřní a vnější buněčné podmínky. V případě neobvyklých podmínek se navazují na ribozomy a jsou stěžejní pro jejich správnou funkci. Dnes je známo 45 podrodin ABCF proteinů, ale struktura a přesný mechanizmus působení těchto proteinů je stále zahalen tajemstvím. Ve své práci shrnuji dostupné informace o bakteriálních ABCF proteinech. Klíčová slova: ABCF proteiny, antibiotická rezistence, ARE,...
Regulation of translation in mammalian oocytes and early embryos
Jindrová, Anna ; Šušor, Andrej (vedoucí práce) ; Flemr, Matyáš (oponent) ; Fulková, Helena (oponent)
Oocyty, které dorostou do své plné velikosti, procházejí dalším vývojem jako transkripčně inaktivní. Dokončení meiózy a raná embryogeneze závisí na maternálních mRNA syntetizovaných a uložených během období růstu, tedy genová exprese je v oocytech během této doby řízena téměř výhradně na úrovni stabilizace a translace mRNA. Z tohoto důvodu jakýkoliv metabolismus mRNA může mít v této fázi vývoje rozhodující roli. Umístění RNA v rámci buňky a její následná lokalizovaná translace jsou mechanismy zodpovědné za časově a místně ohraničenou genovou expresi. Zaměřili jsme se na vizualizaci mRNA a jejich in situ translaci během vývoje savčích oocytů a raných embryí. Charakterizovali jsme lokalizaci populace celkové RNA společně s proteiny vázajícími RNA v jádře oocytu a raného embrya. Vizualizovali jsme specifické ribozomální proteiny, které se podílí na translaci. Ukázali jsme, že klíčový regulátor cap- dependentní translace, kináza mTOR, je aktivován po rozpadu jaderného obalu (nuclear envelope breakdown, NEBD) a díky tomu je následně jeho substrát, translační represor 4E-BP1, inaktivován. Přítomnost inaktivovaného 4E-BP1 na nově vznikajícím meiotickém vřeténku indikuje probíhající translaci v této oblasti oocytu. Na základě naší RNA sekvenační databáze jsme vybrali specifický kandidátní transkript,...
Charakterizace ABC-F proteinu Sco0636 u Streptomyces coelicolor
Pinďáková, Nikola ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Mikušová, Gabriela (oponent)
Hlavním tématem této diplomové práce jsou ARE (rezistenční) proteiny z ABC-F rodiny druhé třídy ABC proteinů. ARE proteiny udílí rezistenci k antibiotikům, které se váží na velkou ribozomální podjednotku a inhibují tak proteosyntézu. Jedním z ARE proteinů je protein Lmr(C), který je součástí klastru pro biosyntézu linkomycinu u Streptomyces lincolnensis a dle nových výsledků se zdá, že Lmr(C) nemusí být striktně rezistenčním proteinem, ale může mít regulační funkci. Rozhodli jsme se pro studium Sco0636 nejbližšího homologu Lmr(C) u Streptomyces coelicolor, která je modelovým organismem při studiu sekundárního metabolismu. Díky produkci barevných pigmentů, lze sledovat vliv ARE proteinů na sekundární metabolismus přímo na plotnách. Připravila jsem deleční mutantu a kmen s konstitutivní expresí sco0636 a sledovala jsem vliv na fenotyp. Sledovala jsem produkce modrého aktinorodinu a stanovila jsem minimální inhibiční koncentrace k vybraným antibiotikům, které působí na úrovni ribozomu. Zjistila jsem, že Sco0636 udílí vysokou rezistenci k tiamulinu, a byl tak pojmenován jako TiaA. Delece genu zrychlila produkci aktinorodinu a konstitutivní exprese genu naopak produkci zpomalila. Klíčová slova: ABC proteiny, ABC-F proteiny, Lmr(C), translace, rezistence k antibiotikům, Streptomyces coelicolor, aktinorodin
3D scene reconstruction using Clifford algebras
Hrubý, Jan ; Návrat, Aleš (oponent) ; Hrdina, Jaroslav (vedoucí práce)
This master thesis has as its goal to introduce to reader still quite new and unknown part of mathematics, the geometric algebra. First the basic definitions are presented and then the properties of general geometric algebra are studied. Large part of the text is dedicated to the Conformal geometric algebra which is currently one of the most frequently studied and applied geometric algebra. Its algebraic and geometric properties are described, particularly its ability do represent certain geometric object as vectors. We are also allowed to compute their intersections and conformal transformations. Next part of the text is devoted to applications of Conformal geometric algebra. First in description of a kinematics of a robotic arm and then in binocular vision.
Inhibitory eukaryotního translačního iniciačního faktoru eIF4E1
Pospíšilová, Klára ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Roithová, Adriana (oponent)
Syntéza proteinů je jedním z nejdůležitějších procesů, které v buňce probíhají. Proto v buňce existují nejrůznější mechanismy, které ji regulují. Pokud tato regulace selže, může dojít k rozvoji závažných patologií. Příkladem je abnormální nárůst produkce eukaryotního translačního iniciačního faktoru 4E1, ke kterému dochází v některých typech nádorů, mezi něž patří například spinocelulární karcinom hlavy a krku, kolorektální karcinom, cervikální karcinom nebo karcinom plic. Zvýšená dostupnost faktoru 4E1 umožňuje, aby v transformovaných buňkách probíhala intenzivnější translace. Exprese jednotlivých proteinů ovšem není navýšena stejnou měrou. Mnohem významnější vliv má nárůst hladiny faktoru 4E1 na proteiny onkogenní. Nádorové transformaci způsobené chybnou regulací faktoru 4E1 lze zabránit aplikací látek, které aktivitu faktoru 4E1 utlumují. Předmětem této práce je shrnutí poznatků o inhibitorech faktoru 4E1.
Vizualizace RNA a její translace v savčím oocytu
Bašus, Kryštof ; Tětková, Anna (vedoucí práce) ; Macůrková, Marie (oponent)
Translace je jeden ze základních biologických procesů. Předpokládá se, že lokalizace mRNA a její translace v určitý čas a na konkrétních místech hraje roli při mnoha buněčných pro- cesech. Savčí oocyt se po dosažení své plné velikosti stává transkripčně inaktivním a využívá pouze RNA nasyntetizované a uložené v raných fázích vývoje. Regulace syntézy proteinů na úrovni translace je tedy klíčová pro správné dokončení meiotického zrání oocytů a při časném vývoji embryí. Pro monitorování buněčné fyziologie je nutné umět vizualizovat a sledovat konkrétní molekuly a procesy na úrovni jednotlivých buněk. To je umožněno vývojem světelné mikrosko- pie a fluorescenčních sond, které se specificky váží na určité organely, buněčné struktury, pro- teiny nebo jiné molekuly. V této práci popisuji vybrané metody vizualizace RNA, globální trans- lace i translace specifických transkriptů a hotových proteinů. Metody, kterými se tato práce zabýva jsou RNA FISH, vizualizace translace pomocí analogů methioninu, FUNCAT, SUnSET, FlAsH, ReAsH, TRICK, SINAPS, FUNCAT-PLA, PURO-PLA. Klíčová slova: Translace, RNA, Protein, Vizualizace, Oocyt
Eukaryotic translation initiation factor 3 and its role in plant translation regulation
Raabe, Karel ; Michailidis, Christos (vedoucí práce) ; Retzer, Katarzyna (oponent)
Translace mRNA je po transkripci další vysoce regulovanou etapou genové exprese. U rostlin nabývá regulace translace značného významu během progamické fáze, oplození a vývoje semen, kdy jsou s různou mírou selektivity translatovány již skladované molekuly mRNA. Dále se regulace translace uplatňuje díky své rychlosti a flexibilitě i v reakci na stresové situace, což má velký význam pro schopnost přežití rostlin jakožto přisedlých organismů. Přesná modulace genové exprese je výsledkem globální translační regulace stejně jako specifické regulace určitých transkriptů. Většina těchto regulačních mechanismů je soustředěna do iniciační fáze translace, které se účastní celá řada pomocných translačních iniciačních faktorů. Eukaryotický translační iniciační faktor 3 (eIF3) je největším a nejsložitějším translačním iniciačním faktorem, skládajícím se z 12 konzervovaných podjednotek. Jeho role strukturního lešení v iniciační fázi translace je klíčová pro vytvoření translačního iniciačního komplexu a pro přesnost skenovacího mechanismu. V posledních letech byly objeveny další funkce, které rozšířily působnost eIF3 do celého translačního cyklu, a to včetně jeho významu v globální i specifické translační regulaci. Cílem předkládané bakalářské práce je popsat funkce eIF3 a diskutovat poznatky o jeho roli v...
Characterization of eukaryotic translation initiation factor 3 subunits (eIF3) in A. thaliana male gametophyte
Linhart, Filip ; Hafidh, Said (vedoucí práce) ; Retzer, Katarzyna (oponent)
Od RNA k proteinu je iniciace translace a proteosyntéza zprostředkovávaná trans-vazebnými faktory, jež rozeznávají charakteristiky mRNA, společná téměř všem eukaryotům. Komplex tvořící eukaryotický translační iniciační faktor 3 (eIF3) je vysoce konzervovaným proteinovým komplexem, který rozpoznává složky 5' čepičky mRNA za cílem iniciace translace. eIF3 se skládá z devíti podjednotek, z nich tři mají dvě izoformy: eIF3A, eIF2B1, eIF3B2, eIF3C1, eIF3C2, eIF3D, eIF3E, eIF3F, eIF3G1, eIF3G2, eIF3H a eIF3K. Tato práce se zabývá funkční charakterizací, expresí a subcelulární lokalizací eIF3B1, eIF3B2 a eIF3E v samčím gametofytu Arabidopsis thaliana a interakcí eIF3E s komplexem Constitutive photomorphogenesis 9 (COP9) ve funkci regulačního komplexu posttranslační kontroly eIF3E. Ukazujeme, že ztráta funkce eif3b1 či eif3b2 se neprojevuje gametofytickou letalitou a že tyto dva proteiny se zřejmě funkčně doplňují, zatímco mutace eif3e má za důsledek letalitu samčího gametofytu. Pouze eif3b1 projevuje defekty následně po oplodnění, během vývoje semene. Studie genové exprese, užívající veřejně dostupná data o expresi a promotorové aktivitě prokazují vysokou úroveň exprese podjednotek eIF3 v zónách s intenzivním buněčným dělením, tedy listového primodia, kořenového meristému a elongační zóny, taktéž jako ve...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 40 záznamů.   začátekpředchozí16 - 25dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.