|
| |
|
|
Shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primární struktury
Jurásek, Petr ; Stryka, Lukáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřena na shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primárních struktur. Seznamuje s daty v podobě aminokyselin, které tvoří primární strukturu proteinů. Představuje základní algoritmy pro porovnávání podobnosti proteinových sekvencí. Popisuje shlukovou analýzu a metody shlukování. Praktickou část práce představuje návrh vzdálenostní funkce pro proteiny a implementace metod shlukování AGNES, k-means, k-medoids v jazyce Python.
|
|
|
Techniky pro porovnávání biologických sekvencí
Sladký, Roman ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
V práci se seznámíme se výstavbou a funkcí základních biologických jednotek DNA, RNA a proteinů. Data, která poskytují, se uchovávají v biologických databázích, které jsou celosvětově propojeny pro lepší komunikaci a dostupnost veškerých informací při vědeckém bádání. Tajemství života je skryto v genech. Geny jsou kódovány sekvencemi nukleotidů a dávají vznik proteinům, které jsou tvořeny sekvencemi aminokyselin. Nejrozšířenějšími technikami pro porovnávání sekvencí jsou algoritmy FASTA a BLAST. V práci je popsán program PSProt, který je založen na bázi zmíněných algoritmů. Slouží k porovnávání sekvencí proteinů. Porovnávaný protein se ale nejdříve pomyslně syntetizuje ze zadaného oligonukleotidu DNA, který kóduje potenciální protein. Nejpodobnější proteiny jsou pak vyhledány heuristikou hitbodů a poté algoritmem semiglobálního zarovnání upraveno jejich výsledné skóre rozhodující pro vyhledávání.
|
|
|
Vyhledávání genů - webová aplikace
Stiborová, Lucie ; Koutný, Jiří (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je vytvořit uživatelské rozhraní a naimplementovat samotnou webovou aplikaci se zaměřením na vyhledávání genů. Jedná se o výukovou aplikaci, kdy každý uživatel má možnost zadání vlastní sekvence nukleotidů, popřípadě vybrání předdefinovaného řetězce. Tato aplikace musí být schopna načíst, zpracovat a rozhodnout o existenci potencionální genu. Na základě jednoduché statistické metody předá výsledek zpět uživateli.
|
|
|
Detekce genů v DNA sekvencích
Bahurek, Tomáš ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato práce se věnuje problematice detekce genů v DNA sekvencích. Vysvětluje spůsob uložení informace v DNA sekvencích, poskytuje přehled některých metod pro detekci genů, konkrétně popisuje vybrané metody a výsledky testů těchto metod na reálnych datech (geném bakterie E. coli K12). Obsahuje porovnání efektivity metod při různých parametrech a efektivity metod mezi sebou.
|
|
|
Databázový systém pro správu biologických dat
Drlík, Radovan ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Práce se zabývá problematikou uchovávání a správy biologických dat, především enzymů halogenalkan dehalogenáz. Dále se zaměřuje na projekt HADES (HAloalkane DEhalogenase databaSe) iniciovaný proteinovými inženýry Loschmidtových laboratoří Masarykovy univerzity v Brně. Jedná se o projekt, jehož hlavním cílem je jednoduše ukládat, uchovávat a zobrazovat různorodá data o proteinech. Výsledkem práce je flexibilní databázový systém umožňující snadnou rozšiřitelnost a udržovatelnost, který je postavený na technologiích Apache, PostgreSQL a PHP s využitím Zend Frameworku.
|
|
|
Molekulární a genomické metody využívané pro studium hybridizace u rodu Aspergillus a dalších hub
Jirkovský, Pavel ; Sklenář, František (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Mezidruhová hybridizace je zájmem studia již od první poloviny 20. století, kdy byla popsána na základě fenotypových projevů pro rostlinný model. Studium tohoto procesu je historicky předmětem botanických studií, zatímco jeho význam v říši hub je popisován až v současné době. Zpětným křížením rodičů s hybridy může dojít k procesu introgrese, horizontálnímu přenosu genetické informace mezi původními druhy. Z několika doposud prozkoumaných případů je prokázáno, že hybridizace sehrála roli například v evoluci MAT genů rodu Neurospora, dále stojí za přenosem adaptivních genů mezi zástupci rodu Ophiostoma (invazní původce onemocnění jilmů). V rámci rodu Aspergillus dochází k hybridizaci na vnitrodruhové i mezidruhové úrovni. Podrobnější studium hybridizace a zdokonalení metod jejího studia může například v klinické aplikaci pomoci odhalit šíření adaptivních genů zodpovědných například za rezistenci vůči antimykotikům, vyšší virulenci a jiné vlastnosti.
|
|
|
Analýza tématu buněčná biologie v českých učebnicích přírodopisu
Zupko, Jakub ; Dvořáková, Radka (vedoucí práce) ; Kuba, Radim (oponent)
Buněčná biologie je dynamicky se rozvíjející, ale také složitý a abstraktní vědní obor. Proto je klíčové, aby učitelé k jeho výuce měli dostatečně kvalitní učební materiál. Cílem této práce je posoudit kvalitu kapitol o buněčné biologii v pěti českých učebnicích přírodopisu pro 6. ročník a určení nejvhodnější učebnice pro výuku buněčné biologie. Konkrétně jsou zkoumaným souborem učebnice nakladatelství Fraus, Nová Škola, Prodos, SPN a Taktik. Obsahová analýza učebnice se zaměřuje na šest hledisek: rozsah učiva, terminologii, obtížnost výkladového textu (měřené metodou podle Hrabí), obsahovou správnost, kognitivní náročnost doprovodných úloh (podle Bloomovy taxonomie) a charakter neverbální složky učebnic. Byly zjištěny rozdíly v didaktickém vybavení i obsahové správnosti jednotlivých učebnic. Ve čtyřech z pěti výkladových textů je možno nalézt neprávné informace (nejméně tři a nejvíce dvanáct nepravdivých tvrzení). Většina doprovodných úloh je zaměřena na nejnižší úrovně Bloomovy taxonomie kognitivních cílů. Neverbální složka průměrně zaobírá téměř jednu třetinu plochy stran, přičemž nejčastějším druhem obrazové složky je nákres. Jako vhodná učebnice, na základě zkoumaných kritérií, vychází učebnice nakladatelství SPN, jako spíše vhodná učebnice nakladatelství Nová škola. Jedna konkrétní učebnice,...
|
|
| |
|
|
Ecology of yeasts in forest soils
Mašínová, Tereza ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Marečková, Markéta (oponent) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Společenstva mikroorganismů ve svrchních horizontech půdy představují významnou složku lesních ekosystémů. Navzdory tomu, že kvasinky jsou nedílnou součást společenstev půdních hub, jejich roli v lesních ekosystémech dosud nebyla věnována dostatečná pozornost. Cílem této dizertační práce bylo popsat složení společenstva kvasinek v půdě a opadu temperátního lesa pomocí sekvenace environmentální DNA, identifikovat dominantní druhy kvasinek a popsat, jak složení jejich společenstva obráží biotické a abiotické podmínky prostředí. Dalším cílem bylo izolovat kvasinky z lesní půdy a opadu a popsat nové druhy, které jsou významně zastoupené v environmentální DNA. Reprezentativní izoláty byly charakterizovány z hlediska jejich schopnosti využívat organické látky a podílet se na rozkladu mrtvé organické hmoty. Výsledky této práce ukázaly, že kvasinky představují podstatnou část společenstev hub v půdě a opadu temperátního lesa s vyšším relativním zastoupením v půdě. V opadu se společenstva kvasinek liší mezi porosty buku, dubu a smrku. Faktory, ovlivňující složení společenstva v půdě, jsou pravděpodobně složitější a zahrnují vliv abiotických podmínek a vegetace. Přestože faktory prostředí ovlivňují společenstva kvasinek a vláknitých hub podobně, existuje mezi nimi rovněž mnoho rozdílů. Navzdory taxonomické...
|
host ::
RSS.