|
|
Analýza miRNA u nádorů asociovaných s lidskými papilomaviry
Pagáčová, Lucie ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Papilomaviry jsou malé DNA viry, které jsou spojovány s indukcí epiteliálních nádorů. HPV je známý jako infekční agens způsobující téměř 100 % nádorů cervixu, ale může být též původcem karcinomů v dalších místech anogenitálního traktu či nádorů hlavy a krku mužů i žen. Aktivní infekce HPV navozuje změny exprese miRNA, které mohou dále přispívat ke vzniku a progresi nádorů. Je již známo, že papilomaviry nekódují své vlastní virové miRNA, ale mohou ovlivňovat expresi buněčných miRNA. V této diplomové práci jsem u vybraných typů epiteliálních nádorů (vulvy, cervixu, anu a tonsil) určila jejich etiologii. Výskyt miRNA v tkáních jsem otestovala pomocí sekvenování nové generace. Ze získaných dat jsem určila expresní profily deregulovaných miRNA ve vztahu ke zdravé tkáni příslušné lokalizace. Ačkoli byl analyzován dostatečný počet vzorků, z důvodu nepřítomnosti statisticky relevantních diferenciálně exprimovaných miRNA ve vulvárních nádorech pozitivních na HPV, nebylo možné prokazatelně určit HPV-core miRNA společné pro všechny testované nádory vyvolané HPV. Mezi nádory ostatních lokalizací jsem nalezla překryv ve třech miRNA. Jedna z těchto miRNA (miR-139-5p) a dále miR-9-5p, které jsem určila na základě studia ostatních publikovaných dat, byly následně vybrané pro funkční testování in vitro. U HPV...
|
|
|
BK virová infekce u pacientů po transplantaci ledviny.
Girmanová, Eva ; Viklický, Ondřej (vedoucí práce) ; Stříž, Ilja (oponent) ; Krejčí, Karel (oponent)
1 ABSTRAKT BK virus je příčinou vzniku nefropatie asociované s polyomavirovou infekcí (BKVN) u 1- 10 % pacientů po transplantaci ledviny. U 30-80% pacientů po transplantaci ledviny dochází k bezpříznakové reaktivaci BK viru, která nevede k rozvoji BK virové nefropatie. Prvním cílem této studie bylo zavést monitoraci replikace BK viru v krvi a moči u pacientů v prvním roce po transplantaci ledviny. Byly zhodnoceny rizikové faktory a stanoveny hraniční hodnoty viremie a virurie pro rozvoj BKVN. Pozitivní BK virurie >107 kopií/ml a pozitivní BK viremie >104 kopií/ml se vyskytla u 25,8 %, resp. 5 % pacientů. U 3 z monitorovací studie došlo k rozvoji BKVN. Pomocí ROC analýzy byly stanoveny hraniční hodnoty pro rozvoj BKVN na 103 kopií/ml séra pro BK viremii a 6,7x107 kopií/ml moči pro BK virurii. Druhým cílem bylo stanovit expresní profil imunitních genů v biopsiích ledvin ve třech skupinách pacientů s různým stupněm reaktivace BK viru (bez reaktivace viru, s bezpříznakovou virurií, s BKVN). Bylo měřeno 90 genů imunitní odpovědi metodou TaqMan® low density array RT-qPCR. Analýza biopsií od pacientů s bezpříznakovou virurií vedla k identifikaci 5 rozdílně exprimovaných genů (CD3E, CD68, CCR2, ICAM-1, SKI; p<0,05), a funkční analýza ukázala významně zvýšenou přítomnost kostimulačních signálů (CD40 / CD40L;...
|
|
|
Jaderné receptory v regulaci genové exprese, vývoje a metabolismu Caenorhabditis elegans.
Yilma, Petr ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
4 Abstrakt Genetické regulační mechanismy genové exprese podmiňují správný vývoj, funkci a odpověď na potřeby organismu ve vztahu k proměnlivým životním podmínkám. Jsou však relativně pomalé. Životní procesy vyžadující rychlou odpověď na změny prostředí a metabolismu jsou z velké části prováděny na úrovni proteinů, především jejich posttranslačních modifikací a protein-proteinových interakcí. Cílem experimetnální práce spojené s touto disertací bylo využití modelového systému Caenorhabditis elegans ke studiu regulace genové exprese transkripčními faktory ze skupiny jaderných receptorů. Modelový systém C. elegans nabízí velmi výkonné experimetnální přístupy především v oblasti genetiky, genomiky a funkční fenotypické analýzy. V práci spojené s touto disertací jsem studoval regulaci genové exprese za experimantálních podmínek z hlediska funkční proteomiky a zaměřil jsem se na využití separačních metod a metod pokročilé proteomiky, především hmotnostní spektrometrie. V první části práce jsem charakterizoval jaderný receptor NHR-60 na úrovni proteinu. Tento jaderný receptor je exprimován ve dvou proteinových formách o velikosti 50 kDa a 64 kDa, které jsou s různou intensitou detekovány v materiálu z kultur C. elegans a to přes to, že na úrovni mRNA je nhr-60 exprimován ve formě jediné mRNA odpovídající proteinu...
|
|
|
The characterisation of organ-specific phytohormone responses to nutrient deficiency and biotic stress
Kramná, Barbara ; Vaňková, Radomíra (vedoucí práce) ; Hronková, Marie (oponent) ; Plíhalová, Lucie (oponent)
Abiotické a biotické stresy snižují výnosy pěstovaných plodin a v konečném důsledku negativně ovlivňují zemědělskou produkci. Objasnění mechanismu rostlinných stresových odpovědí a jejich regulace by pomohlo přispět ke zlepšení jejich odolnosti vůči stresu. Fytohormony regulují rostlinný růst a vývoj a mají také důležitou roli v obranných reakcích. Tato práce shrnuje výsledky dvou publikací, které se soustředily na dynamiku fytohormonů v odpovědi na abiotické a biotické stresy, konkrétně nedostatek fosfátu a infekci pathogenem Plasmodiophora brassicae. Souhrnný článek se detailně zabývá strigolaktony, které jsou hlavními regulátory odpovědí na deficit fosfátu. Důraz je kladen na orgánové-specifické odpovědi vůči stresovým podmínkám a také na dopad exogenních aplikací fytohormornů za účelem podpořit odolnost rostlin vůči stresům. V případě nedostatku fosfátu bylo společnou reakcí pro všechny orgány snížení aktivního cytokininu trans-zeatinu a giberelinu GA4 spolu se zvýšením kyseliny abscisové. Stimulace exprese fosfátových transportérů s vysokou afinitou (PHT1;4 a PHT1;7) představovalo další společnou odpověď v celé rostlině. Nedostatek fosfátu nejsilněji ovlivnil vzrostný vrchol, kde jsme zaznamenali nejvíce změn na úrovni genové exprese. Pouze v kořenech jsme detekovali zvýšenou hladinu...
|
|
|
Characterization of the Caenorhabditis elegans pop-1 gene
Jakšová, Soňa ; Vacík, Tomáš (vedoucí práce) ; Macůrková, Marie (oponent)
Transkripční faktory TCF/LEF regulují cílové geny signální dráhy Wnt - klíčového mechanismu ve vývoji mnohobuněčných organismů. Geny TCF/LEF produkují mnoho různých proteinových izoforem, čímž rozšiřují pole působnosti TCF/LEF proteinů. Diplomová práce využívá modelový organismus Caenorhabditis elegans, u kterého studuje gen pop-1, ortolog TCF/LEF. Žádná alternatívní izoforma proteinu POP-1 nebyla doposud identifikovaná. Hybridizační metodou Northern blot jsme se pokusili ověřit přítomnost alternativní pop-1 mRNA. Pomocí kvantitativního RT-PCR jsme analyzovali hladinu pop-1 mRNA v sedmi vývojových stádiích C. elegans. Kromě toho jsme stanovili expresní profil dvou významných interačních partnerů proteinu POP-1 - genů bar-1 a sys-1, jejichž proteinové produkty mají ve Wnt signalizaci úlohu transkripčních koaktivátorů. Klíčová slova: kanonická Wnt signální dráha, transkripční faktory TCF/LEF, Caenorhabditis elegans, pop-1
|
|
|
Genová exprese v kuřecím embryu: mikromanipulační a vizualizační metody
Bendová, Michaela ; Dvořák, Michal (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Cílem této dizertační práce bylo získat lepší vhled do principů vývoje buněčných struktur a orgánů v kuřecím embryu. K tomuto účelu byly zavedeny a k daným procedurám upraveny různé pokročilé metody manipulace a vizualizace in vitro, ex vivo, ex ovo a in ovo. Tyto specializované metody byly využity zejména ke studiu genové exprese ve vývoji neurální lišty a vývoji oka. Během dlouhodobého výzkumu v naší laboratoři byl pozorován vliv onkoproteinu v-Myb na vývoj neurální lišty a jeho schopnost měnit přirozený buněčný osud. Studovali jsme vliv proteinu v-Myb na změny v diferenciaci buněk neurální lišty, zejména jejich vývoj do melanocytární linie, a jeho vliv na expresi genů v neurální liště. Středem našeho zájmu se stal protein Gremlin 2, označovaný také jako PRDC (protein related to Dan and Cerberus), jehož expresi v-Myb v neurální liště zvyšuje. Zavedené postupy elektroporace neurální lišty in ovo byly upraveny pro transfekci buněk vyvíjejícího se oka a využity ke studiu genové regulace při indukci čočky. Výsledky získané na kuřecím modelu podpořily studii provedenou na myších embryích. Technika elektroporace do embryonálního oka byla také upravena pro mikromanipulace s retinou in ovo, která byla dále zpracována metodami ex vivo a in vitro pro studii zabývající se lokalizací snRNP ve...
|
|
|
Studium regulace genové exprese nukleosidových transportérů v buněčné linii BeWo
Strachoňová, Šárka ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Pávek, Petr (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Šárka Strachoňová Školitel: PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název diplomové práce: Studium regulace genové exprese nukleosidových transportérů v buněčné linii BeWo Nukleosidové transportéry (NTs) lokalizované v syncytiotrofoblastu zprostředkovávají vychytávání nukleosidů a podílí se na placentárním přestupu od nukleosidů odvozených léčiv. Dysregulace NTs může vést k ovlivnění nukleosidové homeostázy s negativním dopadem na vývin placenty a plodu a může vést ke změně placentární farmakokinetiky léčiv. Proto je porozumění exprese a funkce NTs nutná pro účinnou a bezpečnou farmakoterapii v období těhotenství. Cílem bylo studovat regulační dráhy genové exprese koncentračního nukleosidového transportéru 2 (CNT2) aktivované adenylátcyklázou (AC). K tomu byly použity dvě metody, qRT-PCR a in vitro akumulační zkoušky využívající modelový substrát [3 H]-adenosin. Buněčná linie BeWo, odvozená od lidského placentárního choriokarcinomu, byla vystavena působení aktivátoru AC, forskolinu (50 μM) a/nebo inhibitorů signálních drah AC/cAMP/PKA a AC/cAMP/MAPK (MEK1/2 a p38 MAPK), tedy inhibitoru PKA, KT 5720 (5 μM), inhibitoru MEK1/2, U0126 (10 μM) a inhibitoru p38 MAPK, SB202190 (10 μM). Indukce genové...
|
|
|
Molekulární detekce genů potenciálně zapojených do reakce na stres suchem u máku
ŠEFČÍKOVÁ, Miroslava
Sucho patří mezi jeden z hlavních abiotických faktorů, které ovlivňují výnos i kvalitu zemědělských plodin. Rostliny se však těmto negativním vlivům prostředí brání mechanismy vytvořenými v průběhu evoluce. Jedním z těchto mechanismů je odpověď rostlin na molekulární úrovni, čímž je exprese genů. Mezi tyto geny potenciálně reagující na sucho patří také geny MLP43 a SDD1. Pro molekulární detekci těchto genů bylo potřeba izolovat DNA z rostlin máku setého (Papaver somniferum L.) odrůdy Orel a Onyx. Dále byly navrženy sady primerů pro geny MLP43 a SDD1, které byly optimalizovány. Vybrané sady primerů byly použity pro analýzu metodou real-time PCR. Rovněž byla optimalizována metoda PCR.
|
|
|
Bakteriální RNA polymeráza a molekuly ovlivňující její funkci
Jirát Matějčková, Jitka ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent) ; Staněk, David (oponent)
RNA polymeráza (RNAP) přepisuje DNA do RNA a je jediným takovým enzymem provádějící transkripci u bakterií. Tento klíčový enzym rozhoduje o odpovědi buňky na vnější i vnitřní signály, rozhoduje o míře transkripce jednotlivých genů a tím reguluje genovou expresi. RNAP ovlivňují nejen vlastní podjednotky, ale i proteinové faktory, malé molekuly či malé RNA (sRNA). Cílem této disertační práce bylo přispět k poznání regulace RNAP a doplnit tak chybějící střípky do tohoto rozsáhlého tématu. Tato práce se zabývá vlivem vybraných proteinů (δ, YdeB, GreA) na citlivost RNAP vůči koncentraci iniciačního nukleosid trifosfátu ([iNTP]) při iniciaci transkripce u Bacillus subtilis. Ukázali jsme, že δ zvyšuje citlivost RNAP k [iNTP] na [iNTP]-senzitivních promotorech, nikoliv však u [iNTP]-nesenzitivních promotorů in vitro ani in vivo. Podjednotka δ je zásadní při soutěži o přežití, neboť umožňuje buňce okamžitě zareagovat na změnu podmínek. Protein YdeB se neváže na RNAP v B. subtilis a zároveň neprokázal žádný viditelný efekt na transkripci in vitro. Zjistili jsme tedy, že proteiny GreA a YdeB na rozdíl od podjednotky δ nejsou schopny ovlivnit citlivost RNAP k [iNTP] u [iNTP]-senzitivních promotorů in vitro. Charakterizovali jsme nově objevenou sRNA u Mycobacterium smegmatis - Ms1, silně produkovanou ve...
|
|
|
Imunomodulační účinky extraktů z helminta na střevní buněčnou linii potkaního modelu
LEVÁ, Jana
V této studii byl testován imunomodulační účinek exkrečních/ sekrečních produktů, hrubých extraktů z dospělce a hrubých extraktů z larvocyst tasemnice Hymenolepis diminuta na střevní epiteliální buněčnou linii z potkana. Imunomodulační účinek všech extraktů H. diminuta byl určen genovou expresí TNFa, IL-17re and IL-33 metodou real-time PCR. Bylo zjištěno, že nejsilnější protizánětlivý účinek u zánětlivých epiteliálních potkaních buněk mají exkreční/sekreční produkty H. diminuta. Důležitou roli v imunomodulaci hraje také hrubý extrakt z dospělce této tasemnice.
|
host ::
RSS.