|
|
Assessment of PHB effects at organismal and sub-organismal levels through E. fetida.
Demová, Kristína ; Řezáčová, Veronika (oponent) ; Zlámalová Gargošová, Helena (vedoucí práce)
The use of biodegradable plastics, which are competitive with synthetic plastics and have the ability to be completely degraded by micro-organisms, is gaining ground. In real life conditions, biodegradation does not always proceed as expected, and these plastic particles may persist in the environment for long periods of time. Therefore, the verification of the safety of these plastics is the subject of many studies. This was also the aim of the present thesis, which deals with the impact of poly-3-hydroxybutyrate microparticles (representative of biodegradable plastics) on the organism Eisenia fetida (representative of soil organisms). Its effects were assessed using classical ecotoxicological tests. Methods to observe effects at the sub-organism level - using selected biomarkers - were also introduced and implemented. From the obtained results, no significant effect of the investigated biodegradable plastic on the test organism E. fetida was demonstrated, but the introduced methods can be used in the future to obtain more results to assess the effect at the sub-organismal level of the organism in a relevant way.
|
|
|
Detecting biomarkers of extremophiles in Martian analogues
Němečková, Kateřina ; Jehlička, Jan (vedoucí práce) ; Hauer, Tomáš (oponent) ; Vandenabeele, Peter (oponent)
Shrnutí Hlavním cílem této disertační práce je studium endolitických kolonizacích v sádrovcích na Sicílii. Tato oblast byla vybrána z důvodu velkého rozšíření sádrovcových výchozů a jejich relativní dostupností. Tyto výchozy jsou zároveň často kolonizovány organismy, a oproti většině předešlých studií se tato oblast nenachází v extrémním podmínkách. Mezi konkrétní cíle této práce patří: detekce endolitických biomarkerů, analýza jejich distribuce v horninové prostředí a přiřazení těchto biomakerů k jejich biologickému zdroji a následné studium jejich biodiverzity. Hlavní metodou, která byla použita je Ramanova spektroskopie. Pomocí přenosného Ramanova spektrometru byly detekovány karotenoidy in situ tj. přímo na sádrovcových výchozech. Dále pak (v laboratorních podmínkách) byly detekovány další pigmenty např. scytonemin a gloeocapsin. Tyto dva pigmenty mohou sloužit jako biomarkery pro taxonomické účely, jelikož jsou syntetizovány pouze některými sinicemi. Celková molekulární analýza ukázala, že diverzita endolitických kolonizací v oblasti Sicílie je (na úrovni kmene) velmi podobná jako např. kolonizace v poušti Atacama či v Arktických oblastí. Tato podobnost mezi endolitickými kolonizacemi byla dříve popsána jako "hypotéza globální komunity ".
|
|
|
Prognostické markery vývoje onemocnění u pacientů v časné fázi roztroušené sklerózy
Petržalka, Marko ; Marusič, Petr (vedoucí práce) ; Taláb, Radomír (oponent) ; Lízrová, Jana (oponent)
Prognostické markery vývoje onemocnění u pacientů v časné fázi roztroušené sklerózy ABSTRAKT Práce se zabývá možnostmi stanovení prognózy na počátku onemocnění roztroušenou sklerózou. Oblasti využití jednotlivých biomarkerů se často prolínají, proto teoretická část poskytuje přehled biomarkerů užívaných nejenom při stanovování prognózy, ale i při diagnostice a monitoraci terapie.Empirická část pojednává ovlastním výzkumu prognostického významu intrathekální syntézy imunoglobulinů třídy M, sérových a likvorových hodnot interleukinu 2, interleukinu 6, interleukinu 10, chitinase 3-like 2 proteinu a těžkých řetězců neurofilament stanovených ze vzorků získaných při diagnostice onemocnění. Do studie bylo zahrnuto 58 pacientů diagnostikovaných časně po prvním relapsu. Všichni pacienti zahájili terapii glatiramer acetátem, teriflunomidem nebo interferonem beta. Pacienti byli prospektivně sledováni po dobu dvou let klinicky a pomocí magnetické rezonance. Poměr interleukinu 2 k interleukinu 6 v likvoru ˂0,48 (p=0,0028), koncentrace interleukinu 2 v likvoru ≥1,23 (p=0,0260), koncentrace chitinase 3-like 2 proteinu v likvoru ≥7900 (p=0,0330), věk v době prvního relapsu ˂22 let (p=0,0312) a stupeň funkčního postižení (Expanded Disability Status Scale) v době zahájení terapie ≥1,5 (p=0,0481), byly shledány nezávislými...
|
|
|
Biologický význam změn cévní stěny a aterosklerotického plátu pro rozvoj aterosklerotického postižení věnčitých tepen
Horváth, Martin ; Hájek, Petr (vedoucí práce) ; Poledne, Rudolf (oponent) ; Kovárník, Tomáš (oponent)
Akutní komplikace aterosklerózy jsou typicky způsobené tepenným uzávěrem na podkladě akutní trombózy formující se v místě ruptury tzv. vulnerabilního aterosklerotického plátu (VP). Včasná identifikace VP by mohla napomoci těmto příhodám předcházet. Současné metody pro zhodnocení kardiovaskulárního rizika jsou zaměřeny na opatření na populační úrovni a pro zhodnocení rizika individuálního jedince nejsou dostatečně citlivé a specifické. Disertační práce se proto zabývala možnostmi in vivo detekce VP pomocí biomarkerů a zobrazovacích metod. V první části práce jsme se soustředili na detekci mikroRNA (miR), které jsou v posledních letech zkoumány jako slibné biomarkery celé řady onemocnění včetně aterosklerózy. Hladiny miR jsme určovali pomocí kvantitativní polymerázové řetězové reakce ve vzorcích periferní žilní krve pacientů ve velmi časné fázi infarktu myokardu s elevací ST segmentů (STEMI), kteří sloužili jako nejbližší klinický model akutní ruptury VP. Výsledky vedly k identifikaci dvou miR (miR-331 a miR-151-3p), které byly deregulovány u STEMI a mohly by být biomarkery VP. V další části výzkumu jsme se zabývali možnostmi invazivního zobrazení VP pomocí intravaskulárního ultrazvuku a blízké infračervené spektroskopie (IVUS a NIRS). Potvrdili jsme možnost bezpečné detekce NIRS dat v karotických...
|
|
|
Study of Genotoxicity of Organic Compounds Using DNA Biosensors
Augustín, Michal ; Vyskočil, Vlastimil (vedoucí práce) ; Trnková, Libuše (oponent) ; Labuda, Ján (oponent)
Navržená disertační práce představuje nové hybridní elektrochemické DNA biosenzory založené na odlišných formách pyrolytického grafitu ("edge-plane" a "basal-plane") a jejich potenciál z hlediska použitelnosti v oblasti elektrochemie DNA. Testování použitelnosti prezentovaných bioanalytických nástrojů předcházel důkladný optimalizační proces zahrnující výběr optimálních hodnot pro nejdůležitější provozní parametry elektrochemických DNA biosenzorů připravených pomocí elektrostatické adsorpce - depoziční potenciál (Edep), doba depozice (tdep), optimální koncentrace DNA pro elektrostatickou adsorpci (cg(DNA)) a možné zapojení konvekce během adsorpčního procesu. Nejprve byla zkoumána použitelnost prezentovaných bioanalytických nástrojů ve vztahu ke sledování poškození DNA s využitím tripletu externích zdrojů poškozujících DNA - UV záření, jednoelektronových oxidantů nebo hydroxylových radikálů. Výsledky poškozujících procesů byly sledovány přímo (prostřednictvím sledování změn redoxních signálů DNA) nebo nepřímo (prostřednictvím sledování změn redoxních signálů redoxního indikátoru) a to za pomoci voltametrických metod - square-wave voltametrie (SWV), cyklická voltametrie (CV), lineární voltametrie (LSV) a elektrochemické impedanční spektroskopie (EIS). Dále byla hodnocena použitelnost navrženého...
|
|
|
Funkční poruchy hybnosti: klinický obraz, neurobiologické markery, patofyziologické mechanismy
Forejtová, Zuzana ; Serranová, Tereza (vedoucí práce) ; Kališová, Lucie (oponent) ; Bočková, Martina (oponent)
Funkční poruchy hybnosti (FPH) známé také pod pojmy konverzní, psychogenní nebo disociativní motorické poruchy jsou komplexní a klinicky heterogenní jednotkou zahrnující řadu motorických fenotypů a přidružených non-motorických symptomů. I přes potenciální reverzibilitu mají často chronický průběh a nepříznivou prognózu. FPH byly odbornou společností léta opomíjeny a řazeny do jakési šedé zóny na neuropsychiatrickém pomezí. Navzdory významným pokrokům v posledních dvou desetiletích, zůstává tato problematika v mnoha ohledech nedostatečně objasněna a pochopena. Cílem zde prezentovaných studií bylo vyplnit některé mezery v poznání neurofyziologických a klinických korelátů u FPH. První studie se zaměřila na vyšetření robustního neurofyziologického fenoménu prepulzní inhibice (PPI). Nalezení alterací v PPI u pacientů s FPH současně s předchozími nálezy snížené PPI u jiných funkčních syndromů podpořilo současný neurobiologický model, který navrhuje, že se vzniku všech typů funkčních symptomů účastní jednotné neurální mechanismy. Narušená PPI dále zdůrazňuje odlišení funkčních poruch od faktitivní poruchy nebo simulace. Druhá studie měla dva hlavní cíle: ozřejmit vztahy mezi motorickými, non-motorickými symptomy a kvalitou života a také prokázat existenci eventuálních klinických subtypů uvnitř této...
|
|
|
Vyhodnocení detekce a stability karotenoidových biomarkerů v Marsovských analozích pomocí přenosného Ramanovského spektrometru
Novotný, Radek ; Culka, Adam (vedoucí práce) ; Němec, Ivan (oponent)
Recentní mise vesmírných agentur NASA, ESA a Roskosmos se mimo jiné zaměřují i na pátrání po stopách živých organismů. Využívají k tomu řadu analytických přístrojů jako například Ramanovou spektroskopii, infračervenou spektroskopii nebo GS-MS chromatografii. Pátrají po biologických ukazatelích (biomarkerech), které by mohly znamenat minulé ale i současné působení živých organismů. V této diplomové práci bylo navrženo, pozorovat změny koncentrací biomarkeru (pigmentu betakarotenu) v substrátu tvořeném směsí síranových minerálů. Podmínky by byly co nejvíce přiblíženy podmínkám na Marsu. Na povrchu této planety se vlivem řidší atmosféry a chybějící ozonové vrstvy mnohem silněji uplatňuje složka UV záření UVC, která má zvýšené degradační účinky na organický materiál. V připraveném substrátu byl dále přítomen chloristan hořečnatý, což je silné oxidační činidlo vyskytující se i v marsovské půdě (regolitu). Na základě těchto parametrů byly připraveny vzorky, které měly uspořádání do tří vrstev, přičemž dvě obsahovaly biomarker betakaroten a chloristan. Z důvodu lepšího porovnání změn během experimentu, byly zvoleny dvě koncentrace pigmentu 10 ppm a 100 ppm (hmotnostní). Takto připravené vzorky byly ozařovány ve čtyřdenních a osmidenních etapách zdrojem světla s maximem výkonu při cca 250 nm. Vzorky byly...
|
|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Estrogen and progesterone receptors, as well as HER2 protein, are currently the most clinically useful metabolic markers in breast cancer. These markers allow for the determination of the type of tumor and its best treatment options. However, one of the most aggressive types of this disease, triple-negative breast cancer (TNBC), lacks these clinically established biomarkers. This means that hormone therapy or targeted drugs are not an option, leaving fewer treatment options to choose from. In order for new tailored drugs to be developed, the understanding of the molecular basis of the disease is crucial. Recently, many studies aim their search for biomarkers at the protein level using proteomics. Proteins, notably their post-translational modifications (PTM), are at the core of many cellular events and their uncovering may help in the understanding of breast cancer mechanisms.In order to discover the molecular features of TNBC, this study aims to compare proteomic data of untreated cancer cell lines with cells that underwent retinoid therapy. The focus will be on the PTMs, notably glycosylation and phosphorylation, of Vimentin and CD44, which were proposed as potential TNBC biomarkers in previous studies. Protein separation will be carried out using 1D and 2D gel electrophoresis or by SEC-HPLC. The samples will also be subdued to enzymatic cleavage before being identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry. In the case of phosphoprotein selective capture, enrichment will be performed by affinity chromatography using TiO2 phosphopeptide enrichment tips (TopTip). Glycosylated proteins will be enriched using WGA lectin affinity based chromatography. Proteins with significant differences in PTMs between the treated and untreated cells will be evaluated using protein databases (MASCOT, STRING, and more). The data acquired from the study will eventually be used to propose potential biomarkers for TNBC.
|
|
|
Zhodnocení výskytu a významu vybraných organických a funkčních změn centrálního nervového systému u pacientů s neurofibromatózou typ 1
Glombová, Marie ; Komárek, Vladimír (vedoucí práce) ; Nevšímalová, Soňa (oponent) ; Starý, Jan (oponent)
Cíle práce: 1) Zhodnotit klinický význam nálezů na MR zobrazeních mozku, především gliomů a hydrocefalu, a dle výsledků upravit indikační kritéria MR tak, aby tyto život ohrožující komplikace byly včas zachyceny. 2) V rámci zpracování všech dat v celém souboru odhalit možné příčiny vysokého počtu sporadických případů. 3) Vyhodnotit diagnostický význam využití biomarkerů - neuron specifické enolázy (NSE) a proteinu S100B u pacientů s mozkovými gliomy. Metodika: Samostatně jsem zpracovala soubor 285 dětí s NF1, které byly sledovány na Klinice dětské neurologie UK 2. LF a FN Motol v letech 1990 - 2010. Všechny děti měly MR zobrazení mozku. Hodnotila jsem incidenci nálezů na MRI mozku, klinický vývoj, věk v době manifestace gliomů a nutnost léčby. Dále jsem u pacientů sledovala obecná data, mimo jiné i vliv věku rodičů na sporadický výskyt NF1 a z neurologických komplikací výskyt epilepsie. Statisticky jsem nálezy u skupiny NF1 pacientů s gliomy porovnala se skupinou pacientů bez gliomů mozku. Výsledky: Gliom mozku mělo celkem 87/285 (30.5 %) pacientů s NF1 - 77/285 (27 %) gliom zrakové dráhy (OPG) a 29/285 (10.2 %) gliom mimo zrakovou dráhu (GOOP), z toho 19 zároveň OPG i GOOP. Celkem bylo pro gliom léčeno 43/87 (49.4 %), resp. 43/285 (15.1 %) dětí. Obstrukční hydrocefalus byl zjištěn u 22/285 (7.7 %)...
|
|
|
Stratification risk of disease progression in patients with abnormal cervical cytologic finding by means of molecular genetic analysis of selected biological factors
Gomolčáková, Barbora ; Kašpírková, Jana (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Predmetom diplomovej práce bolo pomocou molekulárne - genetických techník sledovať vplyv vybraných herpesvírusov, polyomavírusov, Chlamydie trachomatis a metylácie promótorov tumor supresorových génov na vznik a progresiu ťažkých lézií u HPV pozitívnych pacientok. Potvrdenie prítomnosti týchto markerov u žien s ťažkými léziami na krčku maternice (KM) by pomohlo zvýšiť potrebnú špecificitu molekulárne genetického HPV testovania a tým ho odporučiť ako primárny screeningový test pre prevenciu karcinómu KM. HPV testovanie by tak mohlo nahradiť dnes prevládajúce cytologické vyšetrenie, ktoré vykazuje relatívne nízku citlivosť a tým aj množstvo falošne negatívnych výsledkov. Analyzované vzorky tvorili cytologické stery KM odobraté do tekutého média od 51 HPV pozitívnych žien s histologicky potvrdenou prítomnosťou ťažkej lézie. Ako kontrola boli použité odbery od 51 žien bez infekcie. Možný vplyv na progresiu ochorenia bol potvrdený iba pri metyláciách génových promótorov, ktorých prítomnosť bola detegovaná až u 26 pacientok. Je však veľmi nepravdepodobné, aby sa u všetkých týchto žien vyvinul karcinóm. Tento marker by teda mohol pomôcť stratifikovať pacientky v riziku, ale iba do istej miery. Napriek tomu, že samostatné pôsobenie zvyšných markerov v karcinogenéze karcinómu KM nebolo preukázané, nie je vylúčené...
|
host ::
RSS.