|
|
Využití bioindikátorů pro posouzení znečištění životního prostředí platinovými kovy
Nedvědická, Lucie ; Řezáčová, Veronika (oponent) ; Komendová, Renata (vedoucí práce)
Teoretická část diplomové práce se zabývá charakteristikou jednotlivých platinových kovů, jejich toxicitou, antropogenními zdroji a výskytem platinových kovů v životním prostředí v České republice. Dále jsou uvedeny typy bioindikátorů se zaměřením hlavně na lišejníky, mechy a jehličí, jsou popsány jednotlivé bioindikační techniky a předúprava vzorků pro stanovení platinových kovů v bioindikátorech. Předmětem experimentální části je ověření účinnosti sorpce platiny a palladia metodou SPE a stanovení aktuálního znečištění platinovými kovy na vybraných lokalitách ve městě Brně. Dále bylo předmětem ověření schopnosti sorpce vybraných bioindikátorů a stanovení znečištění životního prostředí platinovými kovy bag technikou. Pro experimentální část byly použity bioindikátory mech travník Schreberův, lišejník terčovník zední, lišejník terčovka svraštělá a jehličí z borovice černé.
|
|
|
Importance of biosensors and biomarkers for environment contamination assessment
Mišo, Milan ; Čáslavský, Josef (oponent) ; Zlámalová Gargošová, Helena (vedoucí práce)
This bachelor thesis is purely theoretical. It aims to explain the principle and nature of operation of biosensors and biomarkers, their properties, distribution and use in the assessment of environmental contamination. It describes their practical use. In the first part of the thesis are described biosensors. Biosensors combine biorecognition molecules and a suitable converter, this combination allows you to convert (bio)chemical information into electrical signals that can be easily measured and therefore are becoming more used for determination of different substances. The second section describes the early warning signs called biomarkers. Biomarkers provide information on changes in the ecosystem before it is irreversible damaged, and we can intervene early.
|
|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Estrogen and progesterone receptors, as well as HER2 protein, are currently the most clinically useful metabolic markers in breast cancer. These markers allow for the determination of the type of tumor and its best treatment options. However, one of the most aggressive types of this disease, triple-negative breast cancer (TNBC), lacks these clinically established biomarkers. This means that hormone therapy or targeted drugs are not an option, leaving fewer treatment options to choose from. In order for new tailored drugs to be developed, the understanding of the molecular basis of the disease is crucial. Recently, many studies aim their search for biomarkers at the protein level using proteomics. Proteins, notably their post-translational modifications (PTM), are at the core of many cellular events and their uncovering may help in the understanding of breast cancer mechanisms.In order to discover the molecular features of TNBC, this study aims to compare proteomic data of untreated cancer cell lines with cells that underwent retinoid therapy. The focus will be on the PTMs, notably glycosylation and phosphorylation, of Vimentin and CD44, which were proposed as potential TNBC biomarkers in previous studies. Protein separation will be carried out using 1D and 2D gel electrophoresis or by SEC-HPLC. The samples will also be subdued to enzymatic cleavage before being identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry. In the case of phosphoprotein selective capture, enrichment will be performed by affinity chromatography using TiO2 phosphopeptide enrichment tips (TopTip). Glycosylated proteins will be enriched using WGA lectin affinity based chromatography. Proteins with significant differences in PTMs between the treated and untreated cells will be evaluated using protein databases (MASCOT, STRING, and more). The data acquired from the study will eventually be used to propose potential biomarkers for TNBC.
|
|
|
Proteomic approach for the study of cancer cell line profiles.
Predná, Nikola ; Langová, Denisa (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Triple-negative breast cancer (TNBC), known to be an aggressive subtype of breast cancer, has a dismal prognosis and limited treatment options. As of now, chemotherapy is considered the main treatment option. In order for new effective drugs to be developed, it is crucial to understand the molecular basis of triple-negative breast cancer. As a result, a lot of research on potentially active agents for this particular type of breast cancer have been conducted. Recently, many studies on the matter are carried out using proteomics; a means of studying the proteomes of cancer cells. Cancer cells contain key differences in proteins that regulate the mechanisms of the cell. Eventually, mapping these mechanisms can allow to define the state of an organism. This thesis focuses on the proteomic study of TNBC cells and compares untreated cells with cells that have underwent retinoid therapy. Protein and peptide separation was successfully performed using 1D and 2D gel electrophoresis. In addition, the samples were subjected to enzymatic cleavage of selected proteins which were then identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry (MS). Proteins playing a role in the process of epithelial–mesenchymal transition (EMT) were then quantified and compared between the samples.
|
|
|
The diagnostic and prognostic ability of selected serum and urinary markers of prostate cancer
Do Carmo Silva, Joana Isabel ; Veselý, Štěpán (vedoucí práce) ; Čapoun, Otakar (oponent) ; Fedorko, Michal (oponent)
Diagnostická a prognostická schopnost vybraných markerů karcinomu prostaty v séru a moči Abstrakt Sérový prostatický specifický antigen (PSA) je jediným široce schváleným markerem v diagnostice a sledování rakoviny prostaty (PC) po léčbě. Jeho role zůstala kontroverzní kvůli nedostatečné specifitě a riziku nadměrné diagnózy nevýznamného PC. Cílem této práce bylo prozkoumat slibné markery PC a zlepšit současnou stratifikaci pacientů k adjuvantní léčbě. Byly provedeny tři hlavní studie s použitím různých médií (moč a sérum). První studie zahrnovala hodnocení Engrailed-2 (EN2) - sledovaného močového markeru - u 90 pacientů s lokalizovaným PC, 30 zdravých kontrol a 40 pacientů indikovaných k biopsii prostaty. Druhá studie hodnotila 205 mužů s vysoce rizikovými rysy PC, kteří podstoupili radikální prostatektomii (RP) a byli podrobeni přísnému protokolu sledování ultrasenzitivního PSA (UPSA) v krátkých časových intervalech. Schopnost jednotlivých měření predikovat biochemickou recidivu (BCR) a tím nutnost adjuvantní terapie byla hodnocena pomocí plochy pod křivkou (AUC) a byl vytvořen stratifikační model. Třetí studie zahrnovala 128 pacientů, kteří podstoupili RP. PSA a jeho sérové izoformy běžně používané v diagnostickém kontextu byly hodnoceny předoperačně i pooperačně, aby se určila jejich schopnost predikovat...
|
|
|
Vliv autismu na morfologii obličeje
Cenková, Klára ; Velemínská, Jana (vedoucí práce) ; Harnádková, Katarína (oponent)
Autismus (PAS) je závažné pervazivní neurovývojové onemocnění s dosud ne zcela jasnou etiologií, avšak rostoucí incidencí. Na úspěšnost jeho léčby a zvýšení kvality života jedinců s PAS má zásadní vliv raná diagnostika a včasné zahájení terapie. K usnadnění diagnostiky může výraznou měrou přispět identifikace biomarkerů v podobě specifických rysů obličeje jedinců s autismem. Tyto dysmorfologie v obličeji mají základ v prenatálním období jako důsledek společné a vzájemně se ovlivňující embryogeneze obličeje a mozku a odráží neurovývojovou podstatu autismu. Pomocí speciálních antropometrických metod lze stanovit specifické fenotypy obličeje, s jejichž pomocí je možné řadit jedince s PAS též do skupin podle závažnosti onemocnění. Klíčová slova: Autismus, dysmorfologie obličeje, PAS, biomarkery, antropometrie
|
|
|
Stenóza karotidy
Svoboda, Norbert ; Beneš, Vladimír (vedoucí práce) ; Peisker, Tomáš (oponent) ; Herzig, Roman (oponent)
Podkladem disertační práce jsou tři studie, které se zaměřují na diagnostiku stenózy karotidy. První studie se zabývá histologickou strukturou karotických plátů a jejich vztahem ke klinickým projevům. Do studie bylo zařazeno 269 pacientů s 280 analyzovanými pláty. Mnohonásobnou logistickou regresí byl prokázán významný vztah mezi symptomatickou stenózou a pěnovými buňkami (OR=1.9, p = 0.03) a trombózou v plátu (OR=3.5, p = 0.02). Byla prokázána i významná korelace mezi symptomatickým plátem a nestabilním plátem dle komplexní klasifikace plátu AHA klasifikací (OR=1.8, p = 0.03). Druhá studie se věnuje otázce přesnosti diagnostiky stenózy karotidy pomocí digitální substrakční angiografie (DSA). Všem 644 pacientům byla změřena stenóza karotidy na DSA a na histologicky zpracovaném plátu odstraněného z karotidy během endarterektomie. Ve studii nebyl prokázán vztah mezi nálezem na histologickém plátu a na DSA (korelační koeficient pro ECST 0.22 a 0.20 pro NASCET). Poslední studie se zabývá analýzou biomarkerku oxidativního stresu (malonyldialdehydu, MDA) jako prediktoru nestabilních karotických plátů. Studie se zúčastnilo 35 pacientů. Pacienti s asymptomatickou stenózou karotidy spolu s pacienty, kteří prodělali amaurosis fugax, měli významně nižší hladinu MDA než pacienti po ischemické mozkové příhodě...
|
|
|
Biomarkery mitofagie v kontinuu Alzheimorovy nemoci
Katonová, Alžbeta ; Veverová, Kateřina (vedoucí práce) ; Bohačiaková, Dáša (oponent)
Objavy posledných rokov ukazujú, že porucha mitofágie sa podieľa na patofyziológii Alzheimerovej choroby (ACH) a ostatných neurodegeneratívnych ochorení. Štúdie na mozgových biopsiách pacientov s ACH, bunkových aj zvieracích modeloch ACH ukazujú, že na veku závislý pokles kapacity mitofágie významne prispieva k patológií ACH, a že hladiny proteínov súvisiacich s mitofágiou sú zmenené. Či sa však tieto zmeny odrážajú v biofluidoch jedincov s ACH, a či by proteíny účastniace sa mitofágie mohli byť potencionálnymi biomarkermi ACH, nie je známe. Cieľom diplomovej práce bolo porovnať hladinu markerov mitofágie v krvnom sére a mozgovomiechovom moku (CSF) pacientov v rôznych štádiách ACH s kognitívne zdravými kontrolami (CU) a určiť ich vzťah k miere postihnutia kognície a štandardným biomarkerom ACH (amyloid beta 42 (Ab42), celkového tau (T-tau) a tau fosforylovaného na threoníne 181 (P-tau181)). Preukázali sme, že u jedincov s ACH je narušená mitofágia, ktorá sa prejavuje zvýšenými hladinami PINK1 a BNIP3L (aktivátory mitofágie) a zníženými hladinami TFEB (hlavný regulátor lyzozomálnej biogenézy) v porovnní s CU. Tieto zmeny boli navyše spojené s pokročilejšou patológiou ACH, ktorá sa prejavila zvýšenou pozitivitou biomarkerov ACH a postihnutím kognície. Tieto výsledky naznačujú, že pri ACH dochádza k...
|
|
|
Evaluation of perfusate solution after ex vivo lung perfusion
Dobrovolná, Terezie ; Enghuber, Florian (oponent) ; Paštěka, Richard (vedoucí práce)
The aim of this master’s thesis is to introduce lung perfusion procedures and determine the parameters that are connected to the state of the lungs after perfusion and during preservation. In the perfusion process and for storing the lung, the phosphate-buffered saline (PBS) solution is used. The work focuses mainly on the parameters that can be measured and evaluated in the perfusate solution during the perfusion and preservation of the lungs such as pH, total dissolved solids, and proteins. These factors can be measured according to several procedures that are based on different principles. The mentioned process has been selected and implemented with regard to availability, feasibility, and appropriateness given. The pH and TDS parameters have been acquired by electrodes. Therefore, sensor calibration is an integral part of the measure ment. The concentration of the proteins was measured with the Bradford assay where it is important to follow the established protocol. Materials for that were present and provided in the Tissue engineering laboratory. Another intention is to assess the state of the lung tissue, meaning how the lungs gradually change their appearance, weight, and mechanical properties over time. The weight is obtained with the calibrated load cell sensor. For this sensor, a platform had to be assembled in order to function correctly and with great accuracy. From the field of mechanical properties of the lungs, the compliance and PV loops have been selected and presented. Five lungs were used for measurement. The appearance of the lungs changed over time and the necrosis was progressing. The lung viability was preserved with the PBS solution with balanced pH. The value of pH was maintained around pH 7. The concentration of the total dis solved solids (TDS) was determined and similar values were obtained in all lungs because the same solution was used. The TDS fluctuated slowly same as pH because they are correlated. The weight of the lungs decreased with passage of the time as expected. Protein concentration increased over time. That can indicate the inflammatory processes in the lung tissue or lung injury. The surface temperature was also obtained with a laser thermometer and decreasing values were noted with increasing storage time. Static compliance had unexpected charac teristics in some of the lungs. This was probably influenced by leakage due to an unsecured trachea. The last parameter was PV loops. The shape of the PV loops looked good until 48h in the majority of the loops. Then, the shape flatted and the shortage of curves appeared due to shortness of breath.
|
|
|
Účast neuroimunitního systému v Alzheimerově onemocnění
Chaloupková, Barbora ; Hejnová, Lucie (vedoucí práce) ; Vašek, Daniel (oponent)
Alzheimerovo onemocnění trápí s rostoucím věkem dožití čím dál více lidí. Příčiny tohoto onemocnění stále nejsou zcela pochopeny a vysvětleny. Účinná léčba stále chybí. Důvodem je i to, že neexistují markery onemocnění v jeho raných stadiích ještě před propuknutím kognitivních deficitů. V současné době se výzkum zaměřuje na neuroimunitní systém. Ukazuje se, že změny v jeho funkci hrají v Alzheimerově onemocnění podstatnou roli. V této bakalářské práci je popsána interakce složek neuroimunitního systému v preklinických stádiích a progresi Alzheimerova onemocnění (AD). Jejich využití jako biomarkery v diagnóze preklinického a klinického stádia AD a následně jejich potencionální využití v terapeutické léčbě AD. Klíčová slova: Alzheimerovo onemocnění, neuroimunitní systém, neuroinflamace, terapeutická léčba, biomarkery
|
host ::
RSS.