|
|
Biochemická analýza DNA interakčních partnerů
Valchová, Michaela ; Coufal,, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce byla zaměřena na analýzu DNA. Nejprve byly hybridizovány fluorescenčně značené oligonukleotidy, které byly následně podrobeny HRM analýze, kdy byly zjišťovány teploty tání oligonukleotidů v závislosti na daném prostředí. Práce popisuje změnu teploty tání oligonukleotidů v prostředí jednomocných a dvojmocných iontů a vliv vazby proteinů na stabilitu těchto struktur DNA. Z teplot tání bylo stanoveno, zda daný iont/protein stabilizuje nebo destabilizuje daný oligonukleotid. Dále byly izolovány vybrané plasmidy. Pomocí AFM byla sledována struktura izolovaných plasmidů.
|
|
|
Uspořádaná a neuspořádaná pole koloidních nanočástic a jejich využití pro detekci biomolekul
Ligmajer, Filip ; Rezek, Bohuslav (oponent) ; Kolíbal, Miroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá depozicí zlatých nanočástic na křemíkové povrchy pomocí řízeného uspořádávání z jejich koloidních roztoků a možným uplatněním nanočástic v detekci biomolekul. Bylo ukázáno, že upravením pH roztoku a modifikací povrchových chemických skupin pomocí expozice vzorku elektronovým svazkem je možné dosáhnout depozice nanočástic do polí s velkou přesností. Spektroskopická elipsometrie byla poté využita k analýze připravených vrstev nanočástic a její kombinace s teorií efektivních prostředí prokázala schopnost určit rozměry nanočástic a jejich koncentraci na povrchu. Za pomocí experimentů s thiolovanými oligonukleotidy bylo ukázáno, že s pomocí elipsometrie lze detekovat i malé změny v okolí nanočástic způsobené přítomností biomolekul, což může umožnit její využití v oblasti biodetekce.
|
|
|
Vývoj HPLC metody pro monitorování přípravy oligodeoxynukleotidových sond
Šemlej, Tomáš ; Kučera, Radim (vedoucí práce) ; Pilařová, Pavla (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Kandidát: Mgr. Tomáš Šemlej Vedoucí rigorózní práce: doc. PharmDr. Radim Kučera, Ph.D. Název rigorózní práce: Vývoj HPLC metody pro monitorování přípravy oligodeoxynukleotidových sond Uměle připravená oligodeoxynukleotidová sekvence s navázanou značkou je označována jako molekulární sonda. Molekulární sondy se uplatňují především ke kvantifikaci multiplikace při RT-PCR a identifikaci mutací při PCR analýzách. Typicky existují dva druhy molekulárních sond - jednoduše značené molekulární sondy a dvojitě značené molekulární sondy. Jednoduše značené molekulární sondy obsahují oligodeoxynukleotidovou sekvenci s navázaným fluoroforem nebo zhášečem. Zatímco dvojitě značené molekulární sondy se skládají z oligodeoxynukleotidové sekvence s navázaným fluoroforem na jednom konci a se zhášečem navázaným na druhém konci řetězce. V této práci jsme nejprve věnovali pozornost separaci dvojitě značených oligodeoxynukleotidů od jednoduše značených oligodeoxynukleotidů. Byly testovány různé typy stacionárních fází a pro separaci směsi značených oligodeoxynukleotidů byla vybrána kolona Clarity® Oligo-RP™, která byla selektivní ke všem testovaným standardům. V další části jsme se zaměřili na monitorování...
|
|
|
Synthesis, Biological Profiling and Photophysical Properties of Polycyclic Hetero-Fused 7-Deazapurine Nucleosides
Yang, Chao ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Soural, Miroslav (oponent) ; Nencka, Radim (oponent)
Tato práce popisuje syntézu, fotofyzikálnívlastnosti a biologické testování několika sérií polycyklických hetero-fúzovaných 7-deazapurinových nukleosidů. Modifikované7-deazapurinové ribonukleosidy vykazují různé biologické účinky. Např. nukleosidy nesoucí 7-deazapurin anelovaný s malými (hetero)aromatickými kruhy vykázaly submikromolární cytostatické účinky nebo antivirové aktivity. Proto byly navrženy a připraveny dvě izomerní řady nových benzothieno-fúzovaných deazapurinových nukleosidů jako objemnější analogy cytotoxických thieno-fúzovaných nukleosidů a heteroanalogy antivirových nafto-fúzovaných nukleosidů. Cílem první části mé práce bylo syntetizovat tyto cílové sloučeniny. Klíčové kroky zahrnují Negishiho kapling pyrimidinylzinku s jodobenzothiofenem, tepelnou nebo fotochemickou cyklizaci, glykosylaci a konečnou derivatizaci. Furylové a benzofurylové deriváty vykazovaly mírné protirakovinné a anti-HCV aktivity. Většina volných nukleosidů vykazovala střední až silnou fluorescenci a odpovídající2'-deoxyribonukleosidtrifosfát byl inkorporován do modifikovanéDNA a byly studovány jejífluorescenční vlastnosti. Tri- a tetracyklické kondenzovanénukleobáze mohou být syntetizovány buď vícestupňovým heterocyklizačním přístupem nebo cross-couplingem pyrimidinylzinku s hetarylhalogenidy, ale pro některé...
|
|
|
Study of biomolecular interactions by the method of surface plasmon resonance
Bocková, Markéta ; Homola, Jiří (vedoucí práce)
Název práce: Biomolekularní interakce a jejich studium metodou rezonance povrchových plasmonů Autor: Markéta Bocková Katedra / Ústav: Katedra Biochemie, PřF UK Vedoucí diplomové práce: Prof. Ing. Jiří Homola, CSc., DSc., Ústav fotoniky a elektroniky Akademie věd České Republiky Abstrakt: Diplomová práce se zabývá využitím metody rezonance povrchových plazmonů (SPR) pro studium dvou typů biomolekulárních interakcí: hybridizace částečně komplementárních oligonukleotidů (ON) a interakcí enzymů a peptidů, které hraji roli v patogenezi Alzheimerovy nemoci (AD). Studium interakcí ON se konkrétně zaměřuje na určení kinetických parametrů procesu hybridizace. Z výsledků vyplývá, že rovnovážná asociační konstanta klesá se zvyšující se hustotou ON na povrchu senzoru. V rámci studia interakcí molekul souvisejících s patogenezí AD je navržena a vyvinuta metoda pro rychlou a citlivou detekci enzymu 17-HSD10 a jeho komplexu s peptidy amyloidu β (Aβ). Zároveň je ukázáno, že navržená metoda umožňuje detekci komplexu 17-HSD10/Aβ v klinických vzorcích mozkomíšního moku (MM) a že vzorky MM pacientů trpících AD obsahují vetší množství komplexu 17-HSD10/Aβ než kontrolní vzorky. Výsledky prezentované v této diplomové práci byly publikovány ve dvou mezinárodních vědeckých časopisech. Klíčová slova: rezonance povrchových...
|
|
|
Study on the Electrophoretic Behaviour of Short Oligodeoxyribonucleotides in Fused Silica Capillaries. A Preliminary Communication
Vítová, Lada ; Fojta, Miroslav ; Vespalec, Radim
Effects of background electrolyte pH, composition and concentration on the electrophoretic transport of short oligodeoxyribonucleotides (ODNs) in fused silica capillaries have been investigated in the presented study. Mobilities and separation efficiencies of ODNs peaks varied with all three background electrolyte characteristics. Just changes in the background electrolyte characteristics and acid-base properties of ODNs are not sufficient for a systematic explanation of the observed variations. Despite the indicated complexity of ODNs electrophoretic behaviour, we show that very high separation efficiencies of ODNs peaks can be achieved in background electrolytes of physiological pH.
|
|
|
Electrochemical Reduction and Oxidation of Nucleic Acids Bases and their Analogues: a Brief Overview
Fojta, Miroslav ; Špaček, Jan ; Dudová, Zdenka ; Pivoňková, Hana ; Daňhel, Aleš ; Fojt, Lukáš ; Havran, Luděk
Nucleic acids are known as electroactive biomacromolecules containing electrochemically reducible or oxidizable constituents. Nucleobases cytosine, 5-methylcytosine, adenine and guanine can be reduced in aqueous media on mercury or silver amalgam electrodes. Oxidation of all natural nucleic acids bases (in addition to the above mentioned ones, also uracil and thymine) was demonstrated using various types of carbon electrodes. Some of synthetic nucleobases or nucleotide analogues (e g., 7-deazapurines, cytidine analogues used as epigenetic modulators, etc.) exhibit specific electrochemical properties that differ from those of the parent bases and can be utilized to determine the given substance in the presence of natural nucleic acids or their components.
|
|
| |
|
|
Biochemická analýza DNA interakčních partnerů
Valchová, Michaela ; Coufal,, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce byla zaměřena na analýzu DNA. Nejprve byly hybridizovány fluorescenčně značené oligonukleotidy, které byly následně podrobeny HRM analýze, kdy byly zjišťovány teploty tání oligonukleotidů v závislosti na daném prostředí. Práce popisuje změnu teploty tání oligonukleotidů v prostředí jednomocných a dvojmocných iontů a vliv vazby proteinů na stabilitu těchto struktur DNA. Z teplot tání bylo stanoveno, zda daný iont/protein stabilizuje nebo destabilizuje daný oligonukleotid. Dále byly izolovány vybrané plasmidy. Pomocí AFM byla sledována struktura izolovaných plasmidů.
|
|
|
Study of biomolecular interactions by the method of surface plasmon resonance
Bocková, Markéta ; Homola, Jiří (vedoucí práce)
Název práce: Biomolekularní interakce a jejich studium metodou rezonance povrchových plasmonů Autor: Markéta Bocková Katedra / Ústav: Katedra Biochemie, PřF UK Vedoucí diplomové práce: Prof. Ing. Jiří Homola, CSc., DSc., Ústav fotoniky a elektroniky Akademie věd České Republiky Abstrakt: Diplomová práce se zabývá využitím metody rezonance povrchových plazmonů (SPR) pro studium dvou typů biomolekulárních interakcí: hybridizace částečně komplementárních oligonukleotidů (ON) a interakcí enzymů a peptidů, které hraji roli v patogenezi Alzheimerovy nemoci (AD). Studium interakcí ON se konkrétně zaměřuje na určení kinetických parametrů procesu hybridizace. Z výsledků vyplývá, že rovnovážná asociační konstanta klesá se zvyšující se hustotou ON na povrchu senzoru. V rámci studia interakcí molekul souvisejících s patogenezí AD je navržena a vyvinuta metoda pro rychlou a citlivou detekci enzymu 17-HSD10 a jeho komplexu s peptidy amyloidu β (Aβ). Zároveň je ukázáno, že navržená metoda umožňuje detekci komplexu 17-HSD10/Aβ v klinických vzorcích mozkomíšního moku (MM) a že vzorky MM pacientů trpících AD obsahují vetší množství komplexu 17-HSD10/Aβ než kontrolní vzorky. Výsledky prezentované v této diplomové práci byly publikovány ve dvou mezinárodních vědeckých časopisech. Klíčová slova: rezonance povrchových...
|
host ::
RSS.