|
|
Rezistence k metronidazolu u klinických případů giardiózy.
Perglerová, Aneta ; Tůmová, Pavla (vedoucí práce) ; Uzlíková, Magdalena (oponent)
Metronidazole (MTZ) cílí na řadu anaerobních bakteriálních a eukaryotických patogenů, včetně prvoka Giardia intestinalis (Metamonada). Přestože je MTZ hojně a dlouho využíván k léčbě giardiózy, příčiny selhání léčby giardiózy (G-TF) nejsou známé. Většina dosavadních poznatků byla získána pomocí linií s laboratorně navozenou rezistencí nebo z klinických vzorů, ke kterým nejsou dostupná klinická data. Ve spolupráci s Fakultní nemocnicí Bulovka v Praze byla v letech 2020-2023 sledována kohorta 70 pacientů, ve které 25,7 % pacientů vykázalo selhání léčby. Pomocí genotypizace bylo zjištěno, že giardie pacientů s G-TF patřily do stejné genetické skupiny (asambláž B, především BIII) a jednalo se pouze o importované nákazy převážně z Indie. Pro ověření hypotézy, zda může být rezistence spojena s určitým mezi liniemi přenosným genotypem, byly sledovány sdílené polymorfismy v genech zapojených v metabolismu MTZ a detoxifikacích (NR1, NR2, prx1, hmp). U G-TF izolátů v NR2 byly nalezeny aminokyselinové záměny (K42E, K139R), které mohou vést ke změnám ve struktuře proteinu. Zároveň byla testována variabilita počtu kopií genů jako spoluvarianta/příčina lékové rezistence v důsledku duplikací nebo delecí genu hmp. Výsledky z dPCR ukázaly rozdíl v počtu kopií hmp mezi sub- asamblážemi BIII a BIV a menší změnu počtu kopií...
|
|
|
Double expression systems with respect to parasitic protozoa
Gromyko, Anastasiia ; Verner, Zdeněk (vedoucí práce) ; Kraeva, Natalia (oponent)
Infekce parazitickými prvoky nadále představují významní zdravotní riziko v rozvojových zemích a vedou ke stovkám tisíc úmrtí každý rok. Tito parazité vykazují složitý vícehostitelský životní cyklus a mají jedinečné buněčné struktury. Mnohé z jejich biologických procesů však zůstávají nedostatečně prozkoumány. Multigenová exprese je slibným přístupem k řešení této mezery ve znalostech, protože umožňuje expresi funkčních proteinových komplexů in vivo, přidání fluorescenčních proteinových značek pro vizualizaci lokalizace proteinu v buňce a studiu interakcí protein-protein. Tato bakalářská práce shrnuje současné poznatky o dostupných systémech a přístupech ke studiu klíčových modelových parazitických druhů prvoků. Klíčová slova: expresní systémy, Trypanosoma brucei, Leishmania tarentolae, Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis, Trichomonas vaginalis, Toxoplasma gondii, Plasmodium falciparum, pET-Duet, CRISPR-Cas9
|
|
|
Diverzita endoparazitů lišek polárních
PAVLOVIČOVÁ, Markéta
Lišky představují rezervoár zoonotických infekcí, proto je důležité mít přehled o výskytu případných onemocnění. Od roku 2003 do roku 2019 byly sbírány vzorky trusu lišky polární (Vulpes lagopus) z různých stanovišť na Bylotově ostrově v Kanadě, které byly následně vyšetřeny mikroskopickými a molekulárními metodami na přítomnost mikrosporidií, kryptosporidií a giardií. Byla prokázána přítomnost specifické DNA kryptosporidií ve dvou, specifická DNA mikrosporidíí rodu Encephalitozoon ve 34 a specifická DNA mikrosporidií rodu Enterocytozoon v pěti vzorcích trusu. Následné analýzy prokázaly přítomnost Cryptosporidium canis fox genotyp, Encephalitozoon cuniculi genotyp II a III a Encephalitozoon hellem genotyp 1A. Žádný z vyšetřovaných vzorků trusu nebyl pozitivní na přítomnost specifické DNA Giardia intestinalis. Žádné zvíře nejevilo známky průjmového onemocnění. Výsledky práce ukazují, že lišky polární jsou často parazitovány mikrosporidiemi rodu Encephalitozoon, zatímco výskyt ostatních sledovaných parazitů byl ojedinělý.
|
|
|
Průzkum výskytu oportunního prvoka, \kur{Giardia intestinalis}, u zdravých lidí a jejich zvířat v ČR s použitím qPCR
BROŽOVÁ, Kristýna
Hlavním cílem této studie bylo optimalizovat diagnostický qPCR protokol pro detekci prevalence střevního prvoka Giardia intestinalis ve skupině dobrovolníků napříč Českou republikou. Celkem bylo odebráno 428 vzorků od zdravých lidí (296) a od zvířat (132), se kterými byli tito lidé v úzkém kontaktu. Celková prevalence G. intestinalis byla 7 % u lidí a 19 % u zvířat. Kromě toho jsme porovnávali citlivost dvou molekulárních metod pro detekci přítomnosti giardie, konkrétně qPCR a konvenční PCR. Na základě našich výsledků jsme zjistili, že qPCR je citlivější metodou než PCR.
|
|
|
Nové molekulární nástroje pro manipulaci s genovou expresí Giardia intestinalis.
Horáčková, Vendula ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Horváthová, Lenka (oponent)
Giardia intestinalis je celosvětově rozšířeným parazitickým organismem a původcem průjmového onemocnění člověka a dalších obratlovců. Ačkoliv je známa kompletní sekvence genomu tohoto organismu, o mechanismech regulace exprese jeho genů se ví velmi málo. Spolu s tetraploidním genomem komplikuje tato skutečnost použití řady běžných metod reverzní genetiky. Cílem této práce bylo vyvinout nové nástroje pro manipulaci genové exprese u G. intestinalis. Byly vytvořeny konstrukty pro inducibilní expresi genů regulovanou tetracyklinovým represorem za využití T7 promotoru a endogenního oct promotoru. Dále byl vytvořen knock-out genu cwp1 pomocí technologie CRISPR-Cas9. Za účelem modifikace mechanismů oprav dvouřetězcových zlomů vyvolaných Cas9 endonukleázou u G. intestinalis, byla v buňkách tohoto organismu vyvolána exprese dvou komponent bakteriální NHEJ dráhy, LigD a Ku.
|
|
|
Proteomická analýza organel parazitických protist
Jedelský, Petr ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Kolářová, Libuše (oponent) ; Půta, František (oponent)
Rozvoj technologií pro sekvencování DNA přinesl technologický zlom, díky němuž bylo možné provést analýzu kompletních genomů, včetně parazitických protist Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis , které jsou tradičně studovány nejen z důvodu jejich klinického významu, ale rovněž z evolučního úhlu pohledu pro jejich adaptaci na anaerobní způsob metabolismu. Samotné dokončení sekvencování genomu a anotace predikovaných proteinových sekvencí nepřineslo detailní vhled do fungování organel odvozených od mitochondrie, jimiž jsou v případě G. intestinalis mitosomy, které se nepodílejí na energetickém metabolismu, a v případě T. vaginalis hydrogenosomy, které produkují molekulární vodík a produkují ATP substrátovou fosforylací. Tradiční metody výzkumu těchto organel založené na frakcionaci pomocí ultracentrifugace v hustotním gradientu a následné biochemické a enzymologické analýzy byly doplněny o metody jedno a dvoudimenzionální elektroforézy s následnou identifikací proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie. V této práci byly použity metody...
|
|
|
Translokáza proteinů do mitosomů Giardia intestinalis.
Fixová, Ivana ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Během transformace bakteriálního endosymbiota do podoby dnešní mitochondrie se musel de novo vytvořit membránový aparát pro import proteinů do nové organely. Redukované mitochondrie parazitického prvoka Giardia intestinalis zvané mitosomy představují výjimečný buněčný model pro studium těchto základních transportních procesů. V rámci této práce se proto pokusím charakterizovat motorový komplex, který pohání proteinový transport, a také vlastní translokační kanál ve vnitřní mitosomální mebráně. K tomuto cíli využiji přítomnost námi objevených membránových komponent Pam16 a Pam18, které tvoří jádro motorového komplexu, a které by podle analogie z kvasinkové a savčí mitochondrie měly fyzicky spolupracovat s dosud neznámým translokačním kanálem. Ten je u všech známých eukaryotických organismů tvořen Tim23 proteinem a okolo vytvořeným komplexem (TIM23 komplex). Absence tohoto proteinu v genomu G. intestinalis i v našich proteomických analýzách ukazuje na přítomnost zcela nového, nebo naopak naprosto původního-bakteriálního proteinu. Z molekulárního hlediska tak máme v rukách zjednodušený mitochondriální model.
|
|
|
Úloha SNARE proteinu v biogenezi mitosomů Giardia intestinalis.
Voleman, Luboš ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Nohýnková, Eva (oponent)
Většina membránových fúzi probíhajících v eukaryotické buňce je zajišťována SNARE proteiny. Pomocí nich probíhá fúze napříč veškerými endocytickými a sekretorickými drahami, což souvisí s jejich specifickou lokalizací v příslušných buněčných kompartmentech. Stranou tohoto mechanismu stojí pouze mitochondrie a plastidy, jejichž fúze je zajišťována specifickými proteinovými mašineriemi. V této práci jsou shrnuty dosavadní poznatky týkající se membránové fúze zajišťované SNARE proteiny a fúze vnější i vnitřní mitochondriální membrány. Důraz je zde kladen na situaci u bičíkatého parazitického prvoka Giardia intestinalis, kde byla navrhnuta unikátní lokalizace typického SNARE proteinu GiSec20 do redukovaných mitochondrií - mitosomů. Tento protein je navíc esenciální pro přežívání trofozoitů G. intestinalis. V této práci jsme ukázali, že mitosomální lokalizace GiSec20 je dosaženo pouze při episomální expresi protenu, zatímco za fyziologických podmínek je protein lokalizován do endoplazmatického retikula, jako je tomu u ostatních eukaryot. Pomocí GFP tagu se nám podařilo lépe charakterizovat targetovací signál, který se ukázal být přítomen v transmembránové doméně proteinu a který byl dostatečný pro targetování proteinu do mitosomů G. intestinalis, respektive mitochondrie S. cerevisiae. Mitosomální...
|
|
|
Buněčný transport proteinů a jeho úloha v patogenních procesech.
Najdrová, Vladimíra ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Uzlíková, Magdalena (oponent)
Předmětem této práce jsou procesy sekrece vybraných proteinů u několika významných parazitů člověka - Toxoplasma gongii, Plasmodium falciparum, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp. a Giardia intestinalis. Uvedeny jsou zde proteiny, jak parazitární, tak i hostitelské a to především v souvislosti s hlavními infekčními procesy a ve spojitosti se sekreční dráhou. Sekrece proteinů do prostředí hostitele patří zejména pro intracelulární parazity mezi klíčové nástroje pro přežití a manipulaci s hostitelským organismem. Z uvedených informací vyplývá, že různí parazité k tomu využívají funkčně i evolučně odlišné strategie. Klíčová slova sekreční dráha, translokon, signální sekvence, Toxoplasma gongii, Plasmodium falciparum, Trypanosoma cruzi, Leishmania spp., Giardia intestinalis
|
|
|
Biogenesis of Giardia intestinalis mitosomes
Voleman, Luboš ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Faso, Carmen (oponent) ; Dawson, Scott C. (oponent)
8 ABSTRAKT Mitochondrie opisthokont neustále fúzují a dělí se v průběhu celého buněčného cyklu. Udržení těchto dvou procesů v rovnováze je pro buňku zásadní. Mitochondriální fúze i dělení jsou řízeny dynaminovými GTPázami, které jsou konzervovány napříč všemi organismy. Jak mitochondriální fúze a dělení probíhá mimo zmíněnou skupinu organismů téměř není známo. V naší práci jsme se zabývali zavedením fluorescenčního značení pro live imaging do organismů G. intestinalis a T. vaginalis, jednobuněčných parazitů ze skupiny Excavata. Pomocí této metody jsme poté zkoumali dynamiku mitosomů, nejjednodušších forem mitochondrií, u G. intestinalis. Zjistili jsme, že dělení mitosomů probíhá během mitozy, se kterou je absolutně synchronizováno, a že ke stejné synchronizaci dochází také během encystace parazita. Dále jsme objevili, že během buněčného cyklu jsou mitosomy spojené s endoplasmatickým retikulem, nicméně charakter tohoto spojení není znám, jelikož genom Giardie nekóduje žádný ze známých proteinů zodpovědných za zprostředkování tohoto kontaktu. Prozatím jediným proteinem nalezeným v místech kontaktu mitosomů a endoplasmatického retikula je acyl-CoA syntetáza 4, enzym biosyntézy lipidů. Také jsme se zabývali hledáním dalších potenciálních mitosomálních ...
|
host ::
RSS.