|
|
Využití mikrobiálních komunit jako markeru podmínek v podzemních biotopech
Burkartová, Kateřina ; Falteisek, Lukáš (vedoucí práce) ; Drahota, Petr (oponent)
V současné době exponenciálně přibývá množství dat získaných barcodingem 16S rDNA bakterií a archeí v různých přirozených prostředích. Proto nabývá na důležitosti rozvoj metod, umožňujících z těchto dat získat smysluplné informace. V této práci byly pomocí sekvenace 16S rDNA analyzovány mikrobiální komunity ze vzorků vody, kalu a vrtného prachu ze tří geologicky dobře prozkoumaných sedimentárních akviferů v Českém masívu. Cílem bylo zjistit, jak je možné využít různé analýzy při interpretaci procesů v podzemní vodě. Mikrobiální komunity z akviferů s různými podmínkami byly charakterizovány třemi metodami: taxonomickým a metabolickým popisem nejhojnějších mikroorganismů v komunitě, ordinačními metodami zobrazujícími variabilitu metabolických skupin a taxonomických jednotek a metodou UniFrac, která ukazuje míru fylogenetické disimilarity mezi komunitami. Z výsledků těchto analýz vyplývá, že na jednotlivých lokalitách odpovídá posun ve složení mikrobiálních komunit vlivu různých složek v prostředí. Pomocí nepřímé ordinační analýzy zobrazující variabilitu metabolických skupin bylo zjištěno, že vzorky z kalu mají lepší výpovědní hodnotu o tom, jaké donory elektronů jsou mikrobiální komunitou využívány, než vzorky vody. Nepřímá ordinační analýza je pro mikrobiální komunity nepoužitelná, pokud jsou vzorky...
|
|
|
Historie výskytu žábronožky Branchinecta gaini na souostroví Jamese Rosse a její fylogeografie
Pokorný, Matěj ; Sacherová, Veronika (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Žábronožka Branchinecta gaini Daday, 1910 je největším sladkovodním bezobratlým živočichem Antarktidy a zároveň vrcholovým konzumentem zdejších potravních sítí. Ekologické nároky B. gaini doprovázené "ruderální" životní strategií spolu s rozšířením zasahujícím do Patagonie naznačují, že poslední glaciál přežila v Jižní Americe a že se do Antarktidy rozšířila krátce po jeho skončení. Na ostrově Jamese Rosse, který je klimaticky nejdrsnějším územím, které dnes tato žábronožka obývá byla považována až do roku 2008 za vyhynulou, a to na základě paleolimnologické analýzy několika zdejších jezer, podle které se měla na ostrově vyskytovat asi v letech 4200 až cca 1500 let před dneškem, kdy zde díky změnám v povodí jezer způsobených neoglaciálními podmínkami vymřela. Paleolimnolgický rozbor Monolith Lake předkládané práce ukázal, že byla tato hypotéza chybná a že B. gaini obývala ostrov Jamese Rosse po celou dobu neoglaciálu až do současnosti. Fylogeografická analýza 16S rDNA jedinců B. gaini z Patagonie, Jižních Orknejí, Jižních Shetland a ostrova Jamese Rosse odhalil, že vysoká morfologická variabilita této žábronožky není na úrovni tohoto genu podpořena a že všechny zkoumané populace B. gaini tvoří jeden druh navíc s velmi malým počtem geograficky sdílených haplotypů. Jedinou výjimkou poukazující na delší...
|
|
|
Genetic and Morphological Variability of the European Genus Cochlodina (Mollusca: Gastropoda: Clausiliidae) with Focus on Species C. laminata (Montagu, 1803)
Szalontayová, Veronika ; Juřičková, Lucie (vedoucí práce) ; Drozd, Anna (oponent)
Tato práce se zaměřuje na genetickou a morfologickou diverzitu vřetenovky hladké (Cochlodina laminata). Zatímco většina druhů patřících do rodu Cochlodina je typická svými malými areály rozšíření, areál C. laminata pokrývá většinu Evropy, vyjma jejích nejteplejších a nejchladnějších částí. Již drive zazněly názory, že tento taxon není pouze jedním druhem, ale že by mohlo jít o komplex několika druhů. Předchozí studie také upozornily na velkou, avšak zatím nepopsanou, diverzitu jak na genetické úrovni, tak i v morfologii. Pro studium diversity byly použity dva mitochondriální geny (16S rDNA, COI) a bylo hodnoceno třináct morfologických znaků. Zjistila jsem, že druh C. laminata v současném pojetí jediného druhu neodpovídá zjištěné genetické ani morfologické variabilitě. Původní druhy C. laminata/C. dubiosa vytvářejí společný druhový complex a rovněž klasické pojetí druhu C. fimbriata bude třeba podrobněji zhodnotit.Ostatní středoevropské druhy rodu Cochlodina jsou validními druhy.
|
|
|
Molekulární identifikace a fylogeneze produkčních kmenů \kur{Chlorella} spp. používaných v řasových biotechnologiích
VODIČKA, Tomáš
Zelené řasy patří mezi významné sladkovodní primární producenty. Rod Chlorella reprezentuje jednu z řas, která je nejčastěji používána v řasových biotechnologiích k produkci biomasy užitím jak autotrofních, tak heterotrofních kultivačních systémů. Poté se používá jako potravinové doplňky pro lidi i pro zvířata. Avšak obzvláště druhy uvnitř rodu Chlorella jsou nerozeznatelné na základě morfologie, proto by k jejich spolehlivé charakterizaci měly být použity molekulární markery. Tato práce se zaměřuje na molekulární charakterizaci tří produkčních kmenů Chlorelly za účelem patentové ochrany a specifikuje jejich fylogenetickou a taxonomickou pozici.
|
|
|
Molecular characterisation of stolbur phytoplasma infecting red clover in the Czech Republic
KOLOUŠKOVÁ, Pavla
Testované vzorky jetele lučního (Trifolium pratense) se symptomy zakrslosti byly získány v průběhu podzimu 2004 ze šlechtitelské stanice v Hladkých Životicích. Po izolaci a amplifikaci 16S rDNA a následném restrikčním štěpení byla identifikována fytoplazma skupiny stolburu (16S rDNA XII-A). Pro bližší fylogenetické zařazení byly amplifikovány další dva geny. Analýza Tuf genu potvrdila předchozí závěr a pomocí štěpení enzymem HpaII byl idetifikován Tuf type II. Následná analýza genu pro DNA helikázu byla orientační (restrikční profily doposud nebyly publikovány). Srovnání sekvencí genu 16S rDNA, Tuf genu a genu pro DNA helikázu s daty v GenBank potvrdilo zařazení diagnostikované fytoplazmy do skupiny stolburu resp. do taxonu Candidatus Phytoplasma solani, což potvrdilo předešlou PCR/RFLP analýzu.
|
|
| |
host ::
RSS.