|
|
Contribution to the tectonic interpretation of the seismicity pattern of Banda Arc, SE Asia
Matějková, Radka ; Špičák, Aleš (vedoucí práce) ; Zahradník, Jiří (oponent)
ii Abstrakt Příspěvek k tektonické interpretaci rozložení seismické aktivity v ostrovním oblouku Banda, jihovýchodní Asie Tektonická stavba ostrovního oblouku Banda v jihovýchodní Asii je považována za mimořádně komplikovanou, protože oblouk se nachází v oblasti styku čtyř litosférických desek: Eurasijské, Indo-Australské, Pacifické a Filipínské. Současný tektonický režim oblasti je kolize ostrovního oblouku s kontinentem. Rozložení seismické aktivity v ostrovním oblouku Banda bylo studováno pomocí globálních seismologických dat. Byla použita relokovaná EHB hypocentrální určení za období 1964 - 2004 a ohniskové parametry harvardských CMT určení za období 1976 - 2004. Analýza prostorového rozložení zemětřesných ohnisek a ohniskových mechanismů umožnila oddělit ohniska náležející do Wadati-Benioffovy zóny subdukující desky od ohnisek náležejících do desky nadložní. Analýza vymezila dvě protiklonné subdukční zóny - jižní subdukci Banda a severní subdukci Seram. Ve Wadati-Benioffově zóně subdukující desky byla učiněna následující specifická pozorování: (i) neobvykle podélně zakřivená Wadati-Benioffova zóna jižní subdukce Banda, (ii) středně hluboká (100 - 220 km), svisle orientovaná doména s mimořádně vysokou seismickou aktivitou ve Wadati-Benioffově zóně jižní subdukce Banda, (iii) svisle orientovaný mělký...
|
|
|
Seismic Site Effects (Data Analysis and Modelling)
Caserta, Arrigo ; Zahradník, Jiří (vedoucí práce) ; Růžek, Bohuslav (oponent) ; Burjánek, Jan (oponent)
Práce podává komplexní rozbor pohybu půdy buzeného seismickým vlnovým polem, zahrnující aspekty teoretické, geologické a geotechnické, jakož i analý- zu dat a numerické simulace. Cílem je kvantifikovat hlavní parametry, umožňující odhadkmitavých pohybů v městských oblastech a případné sni- žování následků budoucích zemětřesení . Studie je zaměřena na Řím vzh- ledem k vysoké hustotěobyvatelstva a koncentraci historických památek s vysokou seismickou zranitelností. Práce zlepšuje údaje o podrobné povr- chové geolo gii studované části Říma, vyplňuje mezeru ve znalostech geotech- nických parametrů a poskytuje dosud chybějící záznamy zemětřesení na území města. Mimo jiné též umožňuje lépe pochopit prostorové rozložení škod, pozorované v Římě při dřívějších zemětřeseních. Hlavními inovacemi jsou: zřízení a dlouhodobý provoz seismické ereje, analýza seismického šumu a záznamy zemětřesné sekvence L'Aquila 2009. Trojrozměrná erej (zahrnující senzor v 70-m hlubokém vrtu) je první svého druhu v Itálii, která zazna- menala významné zemětřesení v městské oblasti. Pořízená instrumentální data jsou také porovnána s hybridní simulací pohybů půdy v údolí Tibery; jsou použity nové...
|
|
| |
|
|
Bakteriální REP elementy
Staněk, Tadeáš ; Nunvář, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zahradník, Jiří (oponent)
Inserční sekvence jsou nejmenším typem mobilních genetických elementů. Jsou tvořeny specifickými terminálními sekvencemi, mezi kterými je umístěn gen pro transpozázu, enzym, s jehož pomocí jsou schopny se propagovat genomem. REP elementy jsou krátké repetitivní sekvence hojně zastoupené v řadě bakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech genomu. Mají strukturu palindromu, díky tomu ve formě ssRNA či ssDNA vytváří vlásenku. V hostitelském genomu lze nalézt stovky těchto elementů. Ty jsou často ve shlucích vytvářejících vyšší strukturní jednotky: REPIN, mající strukturu REP-mezera-REP, nebo BIME se strukturou iREP-mezera-iREP. Tyto struktury jsou asociované s RAYT, tyrozinovou nukleázou příbuznou rodině IS200/IS605 transpozáz. Jedná se o domestikovaný enzym propagující REP elementy skrze genom. Sama přítomnost REP elementů má vliv na jak na translaci, tak transkripci přilehlých genů. Krom toho REP interagují s proteiny důležitými pro fyziologii buňky. Práce se zabývá rozšířením REP elementů, jejich vlastnostmi, funkcí v buňce a jejich asociací s RAYT nukleázou. Dále práce shrnuje poznatky o RAYT a jejich podobnostech a rozdílech v porovnání s ostatními rodinami transpozáz. Klíčová slova: REP elementy, BIME, REPIN, RAYT, IS200/IS605, Y1 transpozázy, mobilní genetické elementy
|
|
|
Targeted modifications of the protein-protein interactions: Ternary complex of interferon-γ as a model system
Zahradník, Jiří
Klíčovým požadavkem pro detailní porozumění biologických procesů, až na molekulární úroveň, je znalost struktury interagujících molekul a jejich komplexů. Jako modelový systém, pro naši studii, jsme si zvolili IFN-γ. Ačkoliv je tato molekula jedním ze zásadních modulátorů imunitní odpovědi, a je studována již více než 60 let, tak struktura přídavného receptoru (IFN-γR2) a porozumění celému komplexu je nedostačující. V této práci jsme se nejprve zabývali binárním systémem IFN-γ s jeho receptorem, který vykazuje vysokou afinitu k IFN-γ a prostorová struktura obou dvou molekul je známa. Zaměřili jsme se tedy na modulaci afinity mezi IFN-γ a tímto receptorem. Náš přístup spočíval v inovativní metodě založené na modulaci stability protein-proteinových interakcí pomocí mutagenizace aminokyselinových zbytků umístěných uvnitř struktury proteinu. Podařilo se nám zvýšit afinitu testované interakce sedmkrát. Druhá část projektu byla zaměřena na krystalizaci, vyřešení a popis struktury druhého - přídavného receptoru pro IFN-γ. Naše analýza variabilních aminokyselinových zbytků na povrchu tohoto proteinu a strukturně příbuzných receptorů z rodiny typu II odhalila možné vazebné místo pro IFN-γ. Ve třetí části naší práce jsme se zaměřili na krystalizaci IFN-γ z platýze druhu Paralichthys olivaceus a tuto...
|
|
|
Testování zranitelností v průmyslových sítích
Zahradník, Jiří ; Fujdiak, Radek (oponent) ; Blažek, Petr (vedoucí práce)
Práce simuluje vybrané zranitelnosti standardu IEC 61850 a následně řeší mitigační opatření pro zvolené zranitelnosti. Autor simuloval zranitelnosti protokolu GOOSE, útok na NTP a útok na MMS klienta. Konkrétně se jedná o GOOSE stNum, GOOSE semantic, GOOSE test bit, GOOSE replay, GOOSE flood, NTP spoofing a MMS password capture. Útoky na protokoly GOOSE a MMS byly úspěšné, útok na NTP byl pouze částečně úspěšný, kdy došlo k potvrzení přijatého času, ale ne k jeho převzetí. Autor následně navrhnul možná mitigační opatření. Byl také vytvořen automatizační nástroj pro testování daných zranitelností, parser pro protokol GOOSE a přenositelný parser konfiguračních souborů.Výsledky práce umožňují implementovat rozsáhlejší nástroj pro penetrační testování prů-myslových sítí, stejně jako umožňují implementovat daná mitigační opatření.
|
|
|
Development of effective code for earthquake dynamic source simulations
Premus, Jan ; Gallovič, František (vedoucí práce) ; Zahradník, Jiří (oponent)
Název: Vývoj efektivního kódu pro dynamické simulace zemětřesení Autor: Bc. Jan Premus Katedra: Katedra geofyziky Vedoucí práce: doc. RNDr. František Gallovič, Ph.D, Katedra geofyziky Abstrakt: Dynamické modelování trhliny ve spojení s s vystižením silných pohybů umožňuje získat vhled do fyzikálních mechanismů kontrolujících zdroj zemětřesení [Gallovič a kol., 2019]. Nelinearita inverzního problému vyžaduje spouštění velkého množství simulací. Cílem této diplomové práce je vývoj efek- tivního kódu pro řešení inverzní úlohy. Původní kód FD3D od autorů Madariagy a Olsena [1998], používající konečné difference s posunutými sítěmi, nabízel dostatečnou rychlost, ale ne přesnost. Byl použit jako základ pro další vývoj. Implementace okrajové podmínky na zlomu metodou trakce v půleném uzlu (traction at split node) a absorbční podmínky pomocí metody perfektně sladěných vrstev (per- fectly matched layers) bylo třeba k získání požadované přesnosti. Jako mod- erní alternativa ke skluzem slábnoucímu (slip weakening) zákonu tření byl im- plementován s rychlostí rychle slábnoucí (fast velocity weakening) zákon, což dále rozšířilo škálu jevů, které je možné modelovat. Nový kód FD3D TSN byl otestován pomocí...
|
|
|
Targeted modifications of the protein-protein interactions: Ternary complex of interferon-γ as a model system
Zahradník, Jiří
Klíčovým požadavkem pro detailní porozumění biologických procesů, až na molekulární úroveň, je znalost struktury interagujících molekul a jejich komplexů. Jako modelový systém, pro naši studii, jsme si zvolili IFN-γ. Ačkoliv je tato molekula jedním ze zásadních modulátorů imunitní odpovědi, a je studována již více než 60 let, tak struktura přídavného receptoru (IFN-γR2) a porozumění celému komplexu je nedostačující. V této práci jsme se nejprve zabývali binárním systémem IFN-γ s jeho receptorem, který vykazuje vysokou afinitu k IFN-γ a prostorová struktura obou dvou molekul je známa. Zaměřili jsme se tedy na modulaci afinity mezi IFN-γ a tímto receptorem. Náš přístup spočíval v inovativní metodě založené na modulaci stability protein-proteinových interakcí pomocí mutagenizace aminokyselinových zbytků umístěných uvnitř struktury proteinu. Podařilo se nám zvýšit afinitu testované interakce sedmkrát. Druhá část projektu byla zaměřena na krystalizaci, vyřešení a popis struktury druhého - přídavného receptoru pro IFN-γ. Naše analýza variabilních aminokyselinových zbytků na povrchu tohoto proteinu a strukturně příbuzných receptorů z rodiny typu II odhalila možné vazebné místo pro IFN-γ. Ve třetí části naší práce jsme se zaměřili na krystalizaci IFN-γ z platýze druhu Paralichthys olivaceus a tuto...
|
|
|
Targeted modifications of the protein-protein interactions: Ternary complex of interferon-γ as a model system
Zahradník, Jiří ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Obšilová, Veronika (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Klíčovým požadavkem pro detailní porozumění biologických procesů, až na molekulární úroveň, je znalost struktury interagujících molekul a jejich komplexů. Jako modelový systém, pro naši studii, jsme si zvolili IFN-γ. Ačkoliv je tato molekula jedním ze zásadních modulátorů imunitní odpovědi, a je studována již více než 60 let, tak struktura přídavného receptoru (IFN-γR2) a porozumění celému komplexu je nedostačující. V této práci jsme se nejprve zabývali binárním systémem IFN-γ s jeho receptorem, který vykazuje vysokou afinitu k IFN-γ a prostorová struktura obou dvou molekul je známa. Zaměřili jsme se tedy na modulaci afinity mezi IFN-γ a tímto receptorem. Náš přístup spočíval v inovativní metodě založené na modulaci stability protein-proteinových interakcí pomocí mutagenizace aminokyselinových zbytků umístěných uvnitř struktury proteinu. Podařilo se nám zvýšit afinitu testované interakce sedmkrát. Druhá část projektu byla zaměřena na krystalizaci, vyřešení a popis struktury druhého - přídavného receptoru pro IFN-γ. Naše analýza variabilních aminokyselinových zbytků na povrchu tohoto proteinu a strukturně příbuzných receptorů z rodiny typu II odhalila možné vazebné místo pro IFN-γ. Ve třetí části naší práce jsme se zaměřili na krystalizaci IFN-γ z platýze druhu Paralichthys olivaceus a tuto...
|
|
|
Automated determination of earthquake source parameters
Vackář, Jiří ; Zahradník, Jiří (vedoucí práce) ; Evangelidis, Christos (oponent) ; Fischer, Tomáš (oponent)
Název práce: Automatizace určování zdrojových parametrů zemětřesení Autor: Jiří Vackář Katedra: Katedra geofyziky Vedoucí disertační práce: prof. RNDr. Jiří Zahradník, DrSc., Katedra geofyziky Abstrakt: Tato práce se zabývá metodami pro automatické určení parametrů seis- mického zdroje. Studovali jsme vliv použitého rychlostního modelu a ukazujeme příklad, jak tento model může být vylepšen pomocí naměřených dat. Vyvinuli jsme nový, zcela automatický nástroj pro určení momentového tenzoru v baye- sovské formulaci. Tento nástroj zahrnuje automatické stahování dat z ArcLink serveru nebo načtení lokálně uložených dat. Jsou detekovány instrumentální po- ruchy a zasažené komponenty jsou automaticky vyloučeny z dalšího zpracování. Principem této detekce je modelování poruchy dle instrumentální odezvy pří- stroje a porovnání této modelované poruchy s naměřeným záznamem. Frekvenční rozsahy pro filtraci záznamů a časová okna pro inverzi jsou určována automa- ticky dle epicentrální vzdálenosti. Jádrem metody je inverze celých vlnových obrazů v prostoro-časové síti okolo zadaného hypocentra. V inverzi používáme kovarianční matici dat určenou z analýzy seismického šumu zaznamenaného před zemětřesením. Tato matice funguje jako vážení stanic dle úrovně jejich šumu a také jako automatický frekvenční filtr potlačující...
|
host ::
RSS.