|
|
Yeasts as a tool for study of cation homeostasis in eukaryotic cells
Farbulová, Michaela ; Zimmermannová, Olga (vedoucí práce) ; Zahumenský, Jakub (oponent)
Jednou z kľúčových schopností buniek je udržiavanie rovnováhy vo vnútornom prostredí pri zmenách vo vonkajšom prostredí. Medzi katióny, ktoré majú nenahraditeľnú úlohu v živých organizmoch, patria K+ , Na+ a H+ . Pri kvasinkách bola identifikovaná väčšina proteínov, ktoré sú zodpovedné za transport monovalentných katiónov cez bunkové membrány, čo z nich robí ideálny modelový organizmus na štúdium fyziologických procesov v eukaryotických bunkách vrátane princípov zachovania homeostázy monovalentných katiónov. Pomocou jednobunkového organizmu, ako sú kvasinky, sme takisto schopní charakterizovať proteíny z fylogeneticky nižších organizmov aj človeka a odhaľovať tak poruchy funkcie transportných systémov súvisiacich s patologickými ochoreniami. Cieľom tejto bakalárskej práce je poukázať na dôležitosť kvasiniek vo výskume štruktúry a funkcie transportérov katiónov z eukaryotických buniek a zároveň zhrnúť poznatky o ochoreniach spojených s narušením funkcie jednotlivých transportérov katiónov.
|
|
|
Dynamika mikrodomén plasmatické membrány kvasinek
Oláhová, Dominika ; Zahumenský, Jakub (vedoucí práce) ; Vopálenská, Irena (oponent)
Plazmatická membrána buněk se skládá ze specializovaných domén, které se liší svým tvarem, funkcí a velikostí. Toto rozdělení umožňuje buňkám koordinovat a oddělit velké množství různorodých procesů. Poruchy organizace buňky na úrovni membránových domén je stále více spojováno se vznikem patologických poruch. Svou roli mají mikrodomény též ve virulenci patogenních organismů, např. některých druhů kvasinek. Jednou z nejlépe popsaných mikrodomén plazmatické membrány kvasinek je MCC (membránový kompartment argininové permeázy Can1), jenž je stabilizován proteinovým komplexem zvaným eisosome. Složení této mikrodomény je detailně popsáno, dynamika jednotlivých komponent v bazálním stavu (tj. bez stresu) dosud popsána nebyla. Cílem této práce je podrobným přehledem dostupné literatury shrnout současné poznatky o dynamice proteinů této mikrodomény a jejím vztahu s ostatními doménami buněčných membrán. Práce zároveň prostřednictvím pokročilé fluorescenční metody FRAP (česky obnova fluorescence po fotovybělení) na vlastním experimentu ukazuje, že v bazálním stavu dochází k výměně jednotlivých molekul Nce102 v mikrodoméně MCC/eisosom. Klíčová slova: kvasinky, plazmatická membrána, membránové domény, mikroskopie, FRAP, MCC, eisosom, Sur7, Nce102
|
|
| |
|
|
Characterization of native and heterologously expressed membrane transporters in yeast using fluorescent probes
Zahumenský, Jakub ; Gášková, Dana (vedoucí práce) ; Cebecauer, Marek (oponent) ; Krůšek, Jan (oponent)
Transportéry plasmatické membrány kvasinekhrají důležitou úlohu v mnoha buněčných dějích. Mezi tyto děje patří například detoxikace a budování a udržování membránového potenciálu (ΔΨ). Metoda využívající fluorescenční sondu diS-C3(3) vyvinuta na Oddělení biofyziky Fyzikálního ústavu Univerzity Karlovy nám umožnila pohodlně studovat obojí a je zároveň vhodným nástrojem pro sledování změn těchto důležitých parametrů. Mnohé studie jak na živočišných buňkách, tak i na kvasinkách, ukázali, že etanol a jiné alkoholy inhibují funkci různých membránových kanálů, receptorů a specifických transportérů. Jako mechanismus účinku byla uvažována přímá interakce alkoholů s těmito membránovými proteiny. V naší studii jsme pro identifikaci inhibitorů pump mnohočetné lékové rezistence použili metodu s fluorescenční sondou diS-C3(3) a sadu kvasinkových kmenů s delecí genů PDR5 a SNQ2. Zjistili jsme, že pumpy kódované těmito dvěma geny jsou inhibovány n-alkoholy (od etanolu po hexanol). Ukázali jsme, že inhibiční účinek roste s délkou uhlovodíkového řetězce alkoholů, nesouvisí s poškozením plasmatické membrány a je plně revezibilní. Tyto zjištění napovídají, že studovaný inhibiční účinek nemusí nutně zahrnovat jenom změny lipidové matrice plasmatické membrány, ale může být způsoben také přímou interakcí alkoholů s pumpami....
|
|
|
Finding the answer in the answers
Záhumenský, Jakub ; Vidová Hladká, Barbora (vedoucí práce) ; Bojar, Ondřej (oponent)
Názov práce : Hľadanie odpovedí v odpovediach Autor : Jakub Záhumenský Kontakt : zahumensky.jakub@gmail.com Katedra : Ústav formalní a aplikované lingvistiky Vedúca práce : Mgr. Barbora Vidová Hladká, Ph.D. Kontakt : hladka@ufal.mff.cuni.cz Abstrakt : Témou tejto práce je navrhnúť a implementovať dialógový systém, ktorý bude simulovať rozhovor uživateľa s reálnou osobnosťou. Využívať budeme korpus reálnych rozhovorov zozbieraných z webových stránok. V implementácii budeme používať prístup vyhľadávania najpodobnejšej otázky v korpuse s otázkou uživateľa. Odpoveďou na uživateľovu otázku bude následne odpoveď na nájdenú najpodobnejšiu otázku z korpusu. V práci budeme využívať morfologickú a syntaktickú rovinu jazyka, rovnako ako frekvenčnú analýzu pomocou tf-idf váh, na určenie najpodobnejšej otázky. Otázky budú zozbierané v korpuse, ktorého vytvorenie je súčasťou tejto práce. Konkrétne v tejto práci budeme zbierať rozhovory s významnou českou osobnosťou, Václavom Havlom. Aplikácia bude pracovať s textami v českom jazyku.
|
|
|
Studium exprese MDR pump u kvasinek Saccharomyces cerevisiae za různých růstových podmínek: metoda s fluorescenční sondou diS-C3(3)
Zahumenský, Jakub ; Gášková, Dana (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
V tejto práci sme študovali dva kvasinkové transportéry z rodiny ABC, Pdr10p a Pdr15p. V čase zadania diplomovej práce sa verilo, že tieto proteíny prispievajú ku kvasinkovému MDR fenotypu (PDR) na základe ich vysokej homológie s iným kvasinkovým MDR proteínom, Pdr5p. Aby sme tieto pumpy mohli študovať, boli pripravené dve izogénne skupiny mutantných kmeňov s deletovanými génmi kódujúcimi tieto proteíny, vo všetkých možných kombináciách delécií. Ukázalo sa, že oba tieto proteíny sú veľmi dôležité pri udržiavaní normálneho mikrookolia plazmatickej membrány pre najhojnejší, a esenciálny, kvasinkový membránový proteín, H+ -ATPázu, a tak ovplyvňujú membránový potenciál. Proteíny Pdr10p a Pdr15p tak hrajú doposiaľ neznámu úlohu pri regulácii tohoto enzýmu. Ďalej sa ukázalo, že delécia génov kódujúcich tieto proteíny výrazne znižuje možnosť aktivácie H+ -ATPázy protonofórom CCCP, ktorý je slabou kyselinou. Štúdie s imunosupresantom FK506 ďalej ukazujú, že táto látka znižuje životaschopnosť mutantného kmeňa S. cerevisiae PLY643, ktorý má deletované gény kódujúce Pdr5p, Snq2p a Yor1p. Ďalšie delécie Pdr10p a Pdr15p nezvyšujú letalitu tejto látky. Ani FK506 ani CCCP nie sú substrátmi študovaných púmp. 1
|
|
| |
host ::
RSS.