|
|
Sequence variants in metastatic colorectal cancer and their evolution during the disease course and treatment
Jandová, Eliška ; Boublíková, Ludmila (vedoucí práce) ; Vymetálková, Veronika (oponent)
Lepší pochopení molekulárně-genetických charakteristik kolorektálního karcinomu (CRC) může pomoci vysvětlit rozvoj onemocnění i rezistence k léčbě, předpovědět progresi nádoru a predikovat odpověď na léčbu. V současné době jsou součástí klinické praxe minimální molekulární testy, které pomáhají určit, zda pacient bude profitovat z konkrétní terapie, nicméně studie ukazují stále více a více nových mutací zodpovídajících za rezistenci k léčbě. Zlatým standardem pro molekulární testování jsou tkáňové biopsie, konstantně ale roste poptávka po méně invazivní metodě, jako je například tekutá biopsie (liquid biopsy). S využitím sekvenování nové generace jsme analyzovali sekvenční varianty přítomné v tkáni primárního nádoru, metastáz a volné cirkulující DNA nádoru - ctDNA u pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem. Cílem práce bylo analyzovat sekvenční varianty přítomné v primárním tumoru a identifikovat varianty patogenní, porovnat sekvenční varianty primárního tumor a metastáz a zjistit, zda se nějakým způsobem liší, zhodnotit, jestli ctDNA může být použita v diagnostice a zda se v ní mohou nacházet tumor specifické markery, které by se dali použít k monitorování progrese. Výsledky naší práce indikují možné využití ctDNA pro podrobnou molekulární analýzu nádorového onemocnění i pro monitorování...
|
|
|
Cirkulující biomarkery u kolorektálního karcinomu a jejich využití v diagnostice a stanovení prognózy
Červená, Klára ; Vymetálková, Veronika (vedoucí práce) ; Boublíková, Ludmila (oponent) ; Václavíková, Radka (oponent)
Souhrn I přes veškerý pokrok na poli klinické i molekulární onkologie, čísla související s incidencí a mortalitou kolorektálního karcinomu (KRK) zůstávají stále na nepříliš přijatelné úrovni. V posledních letech se do popředí dostává tekutá biopsie, cirkulující biomarkery, která oproti klasické biopsii, přináší spoustu výhod, poskytuje včasné informace o heterogenitě nádoru a možnost opakovaného odběru materiálu. Cílem této disertační práce bylo identifikovat nové kandidátní cirkulující biomarkery z řad mikroRNA, dlouhých nekódujících RNA a volné DNA, které by mohly sloužit k časnější diagnostice, lepší prognóze či k predikci léčebné odpovědi KRK pacientů a tím k dalšímu posunu personalizované medicíny. Hlavními výsledky této práce jsou: 1) Cirkulující mikroRNA v plazmě (miR-122-5p a miR-142-5p) mohou od sebe rozlišit pacienty s rektálním karcinomem a jedince bez nádorového onemocnění, zároveň by mohly být prediktivními ukazateli odpovědi pacientů (jak s primárním, tak i metastatickým KRK) na léčbu. 2) Genová amplifikace dlouhé nekódující RNA MALAT1 by mohla být důležitým krokem přechodu zdravé tkáně v adenomovou. MALAT1 v plazmě je nadměrně exprimovaný u pacientů s KRK a kolorektálními adenomy oproti jedincům bez nádorového onemocnění a pro KRK pacienty má potenciál prediktivního biomarkeru. 3) Volná DNA...
|
|
|
Potenciál cirkulujících mikroRNA u pacientů s kolorektálním karcinomem ve vztahu k predikci odpovědi na léčbu
Landecká, Aneta ; Vymetálková, Veronika (vedoucí práce) ; Hlaváč, Viktor (oponent)
Kolorektální karcinom (KRK) patří mezi nejčastější nádorová onemocnění jak ve světě, tak i v České republice. Predispozice pro vznik KRK zahrnují faktory genetické i epigenetické změny, dáe také faktory zevního prostředí a mikroprostředí. Tyto nádory často velmi dobře reagují na léčbu, především v raných stádiích, nicméně u části pacientů dochází k brzkému návratu onemocnění. Vzhledem k tomu, že incidence KRK v posledních letech stále neklesá, jedná se o aktuální problém vyžadující nový přístup, jehož cílem je zlepšení diagnostiky, přežívání i kvality života pacientů s KRK. Z tohoto důvodu se stále více do popředí zájmu dostává takzvaná tekutá biopsie, která představuje minimálně invazivní přístup k pacientovi a umožňuje sledovat změny v organismu v reálném čase. Jedny z biomarkerů, které mohou být detekovány pomocí tekuté biopsie, jsou malé nekódující molekuly RNA - mikroRNA (miRNA). V této diplomové práci byla analyzována genová exprese dvou miRNA, konkrétně miR-122-5p a miR-142-5p v plazmě a tkáních pacientů s KRK a v plazmě kontrolní skupiny zdravých dárců krve. V rámci naší studie jsme identifikovali významné změny v expresních hladinách obou miRNA u pacientů s KRK v porovnání se zdravými jedinci bez nádorového onemocnění. Konkrétně byly pozorovány vyšší expresní hladiny obou miRNA u KRK...
|
|
|
Molekulární aberace u testikulárních germinálních nádorů a jejich význam v nádorové patogenezi a klinické praxi
Matoušková, Laura ; Boublíková, Ludmila (vedoucí práce) ; Vymetálková, Veronika (oponent)
Testikulární germinální nádory (TGCT) jsou celkově vzácné, ale současně také nejčastěji se vyskytující zhoubné nádory u dospívajících a mladých mužů. Predispozice pro vznik TGCT zahrnují faktory genetické - několik desítek objevených rizikových lokusů v DNA, epigenetické změny DNA, alterace různých signálních drah, i zevní rizikové faktory environmentálního charakteru. Tyto nádory často velmi dobře reagují na léčbu cisplatinou, nicméně u části pacientů dochází k rezistenci na toto cytostatikum. Vznik cisplatinové rezistence, stejně tak jako molekulárně-biologické vlastnosti TGCT a jejich role v patogenezi, jsou doposud relativně málo probádané jevy. S tím souvisí i malý pokrok v léčbě TGCT a nedostupnost cílené biologické léčby, která by byla efektivní u pacientů s cisplatinovou rezistencí a/nebo celkově špatnou prognózou onemocnění. Vzhledem k tomu, že incidence TGCT v posledních desetiletích stoupá, jedná se o aktuální problém vyžadující urgentní řešení, jehož cílem je zlepšení přežití i kvality života pacientů s pokročilým TGCT. V teoretické části se práce věnuje hlavním v současnosti známým molekulárním charakteristikám TGCT a cisplatinové rezistence, mechanismům jejich vzniku, vlivu vnějších faktorů a mezipopulačním rozdílům ve výskytu TGCT. Cílem praktické části práce je identifikace a...
|
|
|
Genetic and epigenetic mechanisms (and their cooperation) in the leukemogenesis of acute myeloid leukemia in adults.
Šestáková, Šárka ; Šálek, Cyril (vedoucí práce) ; Vymetálková, Veronika (oponent) ; Kubričanová Žaliová, Markéta (oponent)
Akutní myeloidní leukémie (AML) je maligní hematopoetické onemocnění, které je vysoce heterogenní zejména díky své klonální podstatě. Rozvoj sekvenování nové generace umožnil důkladně prozkoumat mutační pozadí AML. Bylo zjištěno, že asi 44 % pacientů má mutaci v některém z genů ovlivňujících metylaci DNA. Od té doby již mnoho autorů publikovalo prognostický význam určitých změn v metylaci DNA u AML. Žádný z těchto poznatků však nebyl převeden do klinické praxe, především kvůli značné rozdílnosti jednotlivých studií. Cílem této práce bylo jednak hlouběji prozkoumat změny v metylaci DNA u pacientů se specifickým genetickým pozadím a pokusit se nalézt jejich prognostický význam. Dále jsme chtěli vyvinout nový způsob pro komplexní zhodnocení změn v metylaci DNA, u kterých byl již význam pro prognózu AML pacientů prokázán. V našem prvním projektu jsme zkoumali celkové DNA metylační, hydroxymetylační a expresní profily AML pacientů s mutacemi v DNMT3A nebo IDH1/2 nebo v obou těchto genech. Zjistili jsme, že každá mutace je spojena s charakteristickými změnami v hydroxy-/metylaci DNA, které ovšem nejsou zcela reflektovány změnami v genové expresi. Pacienti s mutacemi v obou genech se vyznačovali směsným DNA hydroxy-/metylačním profilem, který byl nejpodobnější vzorkům zdravých dárců. Dále jsme nalezli...
|
|
|
Small noncoding RNAs and their prognostic value in myelodysplastic syndromes
Hruštincová, Andrea ; Dostálová Merkerová, Michaela (vedoucí práce) ; Stopka, Tomáš (oponent) ; Vymetálková, Veronika (oponent)
Myelodysplastický syndrom (MDS) je heterogenní onemocnění vyznačující se nedostatečnou krvetvorbou, dysplazií kostní dřeně a cytopenií jedné nebo více krevních řad v periferní krvi. Současný pokrok v porozumění patogenezi MDS na molekulární úrovni přináší nové možnosti v oblasti stanovení diagnózy, prognózy a léčby tohoto onemocnění. Malé nekódující RNA (sncRNA), obzvláště mikroRNA (miRNA), jsou středem zájmu v oblasti výzkumu jejich funkce, exprese, úlohy při vzniku a vývoji onemocnění a také jejich možného využití coby biomarkerů onemocnění. V poslední době je pozornost věnována také extracelulárním sncRNA a to obzvláště těm, které jsou přítomny v krevním oběhu, tzv. "cirkulujícím" sncRNA. Cirkulující sncRNA jsou považovány za snadno dostupné potenciální biomarkery stavu onemocnění a rizika progrese. Základem této disertační práce je několik studií zabývajících se profily sncRNA u MDS pacientů. V rámci těchto studií jsme vyšetřovali jak profily intracelulárních sncRNA z CD34+ buňek kostní dřeně, tak profily extracelulárních sncRNA z celkové krevní plasmy a z extracelulárních vesikulů vyizolovaných z plasmy. K analýze jsme využili tzv. "high-throughput" technologie, konkrétně microarrays a sekvenování nové generace (NGS). Cílem bylo určit profily sncRNA charakterizující MDS a nalézt konkrétní...
|
|
|
From adenoma to colorectal cancer: The study of DNA methylation profiles
Fabianová, Ivana ; Vymetálková, Veronika (vedoucí práce) ; Šmahel, Michal (oponent)
Rakovina hrubého čreva (KRK) je hlavným problémom verejného zdravia na celom svete a je jedným z najčastejších typov rakoviny v rozvinutých krajinách. Najnovšie štatistiky stále naznačujú, že Česká republika má na celom svete vysoký podiel výskytu KRK, a to najmä u mužov. KRK je ochorenie, na ktorom sa okrem genetických a chromozomálnych abnormalít podieľajú aj epigenetické zmeny, z ktorých najznámejším je práve DNA metylácia. Zmeny v DNA metylácii sú najvýraznejšími mechanizmami, ktoré menia expresiu génov. Strata génovej funkcie epigenetickým umlčaním kritických génov môže hrať kľúčovú úlohu pri vývoji a progresii sporadických ľudských nádorov, vrátane KRK. KRK sa zvyčajne vyvíja z prekanceróznych lézii, známych ako adenóm. Málo je však známe o presnom načasovaní DNA metylačných zmien pri prechode zo zdravého hrubého čreva, cez adenóm až do zhubného stavu. Cieľom tejto bakalárskej práce je podrobne zhrnúť aberantné zmeny v DNA metylácií u ľudí s adenómom a u pacientov s KRK a zároveň zhrnúť aktuálne používané metódy detekcie DNA metylácie. Kľúčové slová: rakovina hrubého čreva, DNA metylácia, adenóm, metylačný fenotyp CpG ostrovčekov, hypermetylácia, hypometylácia
|
|
|
Genetic and epigenetic mechanisms (and their cooperation) in the leukemogenesis of acute myeloid leukemia in adults.
Šestáková, Šárka ; Šálek, Cyril (vedoucí práce) ; Vymetálková, Veronika (oponent) ; Kubričanová Žaliová, Markéta (oponent)
Akutní myeloidní leukémie (AML) je maligní hematopoetické onemocnění, které je vysoce heterogenní zejména díky své klonální podstatě. Rozvoj sekvenování nové generace umožnil důkladně prozkoumat mutační pozadí AML. Bylo zjištěno, že asi 44 % pacientů má mutaci v některém z genů ovlivňujících metylaci DNA. Od té doby již mnoho autorů publikovalo prognostický význam určitých změn v metylaci DNA u AML. Žádný z těchto poznatků však nebyl převeden do klinické praxe, především kvůli značné rozdílnosti jednotlivých studií. Cílem této práce bylo jednak hlouběji prozkoumat změny v metylaci DNA u pacientů se specifickým genetickým pozadím a pokusit se nalézt jejich prognostický význam. Dále jsme chtěli vyvinout nový způsob pro komplexní zhodnocení změn v metylaci DNA, u kterých byl již význam pro prognózu AML pacientů prokázán. V našem prvním projektu jsme zkoumali celkové DNA metylační, hydroxymetylační a expresní profily AML pacientů s mutacemi v DNMT3A nebo IDH1/2 nebo v obou těchto genech. Zjistili jsme, že každá mutace je spojena s charakteristickými změnami v hydroxy-/metylaci DNA, které ovšem nejsou zcela reflektovány změnami v genové expresi. Pacienti s mutacemi v obou genech se vyznačovali směsným DNA hydroxy-/metylačním profilem, který byl nejpodobnější vzorkům zdravých dárců. Dále jsme nalezli...
|
|
|
Molekulární biomarkery solidních nádorů a jejich využití v prognóze a prevenci nádorových onemocnění
Elsnerová, Kateřina ; Václavíková, Radka (vedoucí práce) ; Fiala, Ondřej (oponent) ; Vymetálková, Veronika (oponent)
Molekulární biomarkery solidních nádorů a jejich využití v prognóze a prevenci nádorových onemocnění Molecular biomarkers of solid tumors and their use in prognosis and prevention of cancer Mgr. Kateřina Elsnerová Souhrn dizertační práce Zhoubné nádory vaječníků a prsu patří mezi nejrozšířenější nádorová onemocnění v ženské populaci. I přes pokroky v diagnostice a terapii je úmrtnost stále vysoká; výzamný nástroj nejen pro časnou detekci nádorového onemocnění, ale také pro sledování prognózy a prevenci progrese představují molekulární biomarkery, jejichž studium bylo náplní předkládané práce. Cílem práce bylo zjistit, (i) zda mezi nádorovou a nenádorovou tkání, respektive mezi kontrolami, primárními nádory a intraperitoneálními metastázami existují rozdíly v genové expresi; (ii) zda genová exprese, respektive výskyt genetických variant (jednonukleotidové polymorfismy, metylace DNA, zárodečná variabilita) asociují s klinickými daty pacientek a mají tak potenciální prognostistický význam. V případě ovariálního karcinomu (EOC, z angl. epithelial ovarian cancer) bylo ukázáno, že 50 z 94 studovaných genů je v nádorech oproti kontrolám (K) deregulováno, stejně jako 15 z 66 genů v intraperitoneálních metastázách (iM) v porovnání s primárními nádory (pT). Exprese genů ABCA7, ABCB2, ABCC3, ESR2, NH1H4 a NR1I1 byla...
|
|
|
IL 57 - Sporadic colorectal cancer: From genetic make-up to complex phenotypic measurement, from risk determination to prognostic markers
Vodička, Pavel ; Slyšková, Jana ; Pardini, B. ; Naccarati, A. ; Souček, P. ; Vodičková, Ludmila ; Vymetálková, Veronika ; Svoboda, Miroslav ; Foersti, A. ; Hemminki, K.
Colorectal carcinogenesis (CRC), is a complex process, resulting in both genomic and chromosomal instabilities. The valid theories of carcinogenesis accent either the role of somatic mutation or the surrounding microenvironment, however neither of them explains all features of cancer. Uncontrolled proliferation and genomic instability point to the DNA damage response and repair as to the key players. In the present study, we will overview several biomarkers in mapping heterogeneous complex CRC disease and providing prognostic information.\nVariants in genes involved in important pathways, such as DNA repair, cell cycle control, folate metabolism and methylation, insulin resistance and obesity, ABC transporters, selenoprotein genes, genes involved in inflammatory/immune response have shown various degree of association with CRC risk. We present also the data on mutations in high risk genes involved in colorectal carcinogenesis. Gene expression levels were determined in relevant pathways and complemented with other important parameters (epigenetic regulators of transcription by methylation). Additionally, the role of post-transcriptional regulation via miRNA or lncRNA was investigated in relation to the risk of CRC and the efficacy of chemotherapy. We have discovered several genetic and epigenetic markers affecting independently the prognosis of CRC. Functional DNA repair tests (complex phenotype) have been implemented as markers of individual susceptibility to sporadic CRC and its prognosis.\nAn application of the whole set of various biomarkers is inevitable to define the phenotypic landscape of the disease and to delineate the individual response to the therapy.\n
|
host ::
RSS.