|
|
Hledání interakčních partnerů asociovaných s transkripčním aparátem kvasinkových lineárních plazmidů
Ľalíková, Kristýna ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
pGKL plazmidy vyskytující se v cytoplazmě kvasinky Kluyveromyces lactis patří mezi kvasinkové lineární dsDNA plazmidy. Transkripce genů těchto plazmidů probíhá za účasti plazmidového transkripčního aparátu, který vykazuje značnou podobnost transkripčnímu aparátu poxvirů. Poxviry jsou původci mnoha závažných onemocnění a pGKL plazmidy proto představují neinfekční model pro bezpečný výzkum některých poxvirových mechanismů. Mezi hlavní komponenty plazmidového transkripčního aparátu patří nekanonická RNA polymeráza, helikáza a capping enzym. Zejména RNA polymeráza byla v nedávné době podrobně charakterizována a popsána, jen malá pozornost však byla věnována proteinovým interakcím v rámci transkripčního aparátu. Jedná se o klíčový aspekt genové exprese pGKL plazmidů, který se proto stal tématem této práce. Hlavním cílem diplomové práce bylo připravit systém, který by umožňoval hledání interakčních partnerů pGKL transkripčního aparátu a také spolehlivé potvrzení interakcí mezi vybranými proteiny v kvasinkových buňkách. Podstata systému je založena na použití optimalizovaných genů a metodě kvasinkového dvouhybridového systému. Vývoj této experimentální metody byl úspěšně započat a přes nutnost dalších optimalizací se dá očekávat jeho brzké dokončení. Dalším cílem práce byla příprava fluorescenčně značené...
|
|
|
Posttranskripční úpravy mRNA molekul u virů čeledi Poxviridae
Jakešová, Kristýna ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Šmahel, Michal (oponent)
Posttranskripční modifikace mRNA molekul u virů čeledi Poxviridae, do které patří také virus vakcinie, mají klíčovou roli v regulaci genové exprese viru a ovlivňují také interakce viru s hostitelskou buňkou. Mezi tyto modifikace patří syntéza 7-methylguanosinové čepičky, 2'-O-methylace, polyadenylace 3' konce vlákna mRNA, hydrolýza 7-methylguanosinové čepičky a polyadenylace 5' konce mRNA vlákna. Studium posttranskripčních či kotranskripčních modifikací mRNA u virů čeledi Poxviridae může přispět k lepšímu porozumění virové patogenezi a vývoji nových strategií v léčbě infekcí způsobených viry z této čeledi. Cílem této bakalářské práce je shrnutí poznatků o kotranskripčních či posttranskripčních modifikacích mRNA molekul u virů čeledi Poxviridae se zvláštním zřetelem na virus vakcinie.
|
|
|
Komparativní analýza RNA vazebných schopností proteinů Rpl22
Gredová, Alexandra ; Abrhámová, Kateřina (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Po události celogenomové duplikace (WGD) ztratila Saccharomyces cerevisiae 90 % paralogů. 59 genů pro ribozomální proteiny (RPG) si zachovalo duplikovanou kopii. Buňka je schopna v rámci adaptace na měnící se podmínky balancovat expresi RPG, a zajišťovat tak produkci ribozomálních proteinů (RP) ve správném poměru. RPG navíc obsahují 1/3 veškerých intronů vyskytujících se v genomu S. cerevisiae. Rpl22A/B jsou součástí velké ribozomální podjednotky, kde kontaktují 25S rRNA. Delece těchto RPG vede k 2X pomalejšímu růstu v porovnání s buňkami WT. Rpl22A/B jsou v rámci své extraribozomální funkce schopny intragenově a intergenově regulovat svoji expresi. Výsledkem vazby Rpl22A/B na intron pre-mRNA RPL22A nebo RPL22B je inhibice sestřihu, která je silnější v případě intronu RPL22B (RPL22Bi). Přesný mechanismus ovšem není známý. Víme, že Rpl22 z různých organismů vážou strukturu vlásenky, která se vyskytuje mimo jiné i v 25S rRNA. Jelikož predikovaná struktura RPL22Bi vlásenku neobsahuje, vyvolává to otázku, zda je RNA vazebný povrch Rpl22A/B odlišný nebo rozsáhlejší než ten, kterým kontaktuje 25S rRNA. Porovnali jsme schopnost Rpl22 z různých organismů zastoupit funkce Rpl22A/B. Tyto Rpl22 mají substituci v několika pozicích aminokyselin (AK). Tato práce rozebírá vliv odlišného složení AK Rpl22 na funkce...
|
|
|
Non-template activities of DNA/RNA polymerases and their significance
Pokorná, Kristýna ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Pospíšil, Jiří (oponent)
Netemplátové přidávání adenosinu na 3' konec produktu u některých DNA polymeráz často využívaných v molekulární biologii je dosud neobjasněný fenomén, se kterým se potýkáme již několik desetiletí. Existuje jen málo jiných příležitostí, při kterých dochází k netemplátovému přidávání adenosinu na 3' konec informační molekuly v buňce, a jednou z nich je právě polyadenylace. Zároveň je známo, že určité RNA viry vykazují podobné aktivity v rámci polyadenylace či ko-transkripční modifikace svých mRNA. Tato práce se zaměřuje na detaily těchto tří procesů, na vztahy mezi nimi a dochází k závěru, že jsou všechny odvozeny ze stejné konzervované vlastnosti ancestrální polymerázy. Klíčová slova: DNA polymeráza, RNA polymeráza, netemplátová syntéza, Taq polymeráza, polyadenylace
|
|
|
Vliv enzymu ADAR1 na životní cyklus viru hepatitidy typu C
Kubů, Martin ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Virus hepatitidy typu C (dále jen HCV) je virus z čeledi Flaviviridae, jehož genom tvoří ,,+ RNA". Způsobuje onemocnění hepatitida typu C, kterým celosvětově trpí desítky milionů lidí. Ačkoli existuje léčba tohoto typu hepatitidy, nebyla dosud vyvinuta preventivní vakcína proti viru HCV. V minulosti byly publikovány nejednoznačné práce zabývající se vztahem HCV a enzymu deaminasy adenosinu účinkující na dvouvláknové RNA 1 (dále ADAR1). Tento dimerický, dvouvláknovou RNA vážící enzym je součástí vrozené imunity a svou enzymatickou aktivitou konvertuje adenosin na inosin, který je buněčnými mechanismy rozpoznáván jako guanin, což vede ve výsledku k mutacím v zasažené dsRNA molekule. Dosud publikované práce připisují enzymu ADAR1 v kontextu infekce virem HCV antivirální funkci. V těchto pracích ovšem nebyly použity vektory obsahující celý genom HCV a dosud také nebyla nikdy použita buněčná linie s delecí genu pro enzym ADAR1. Skutečný vztah enzymu ADAR1 a viru HCV tedy nebyl zatím spolehlivě ověřen. A právě pokus o hlubší porozumění vztahu viru HCV a enzymu ADAR1 byl cílem této diplomové práce. Pro tento úkol byly připraveny HCV permisivní buněčné linie Huh7.5 s delecí genu pro ADAR1. In vitro transkripcí plasmidu JFH1 obsahujícího kompletní genom HCV a následnou transfekcí této virové RNA byly...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis
Dvořáček, Lukáš ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Podjednotka delta bakteriální RNA polymerázy a její role v regulaci genové exprese u Bacillus subtilis. V této práci se zabývám regulací genové exprese u eubakterií. V první cásti shrnuji soucasné poznatky o klícové fázi genové exprese - transkripci, blíže se pak zameruji na regulaci iniciace transkripce pomocí malých efektorových molekul (guanosin tetrafosfát, iniciacní nukleosid trifosfát) u genu pro ribozomální RNA. Ve druhé, experimentální cásti této práce se zabývám rolí relativne málo studované podjednotky RNA polymerázy z gram pozitivních bakterií - proteinu _ - pri iniciaci transkripce a jejího vlivu na regulaci RNA polymerázy pomocí koncentrace iniciacního nukleosid trifosfátu.
|
|
| |
host ::
RSS.