|
|
Stanovení oxidativního poškození DNA pomocí jednobuněčné gelové elektroforézy (kometový test)
Škubalová, Věra ; Hochmann, Jiří (vedoucí práce) ; Slyšková, Jana (oponent)
Oxidativní poškození buňky představuje jeden z nejčastějších typů poškození, které se týká všech buněčných komponent. Jeho následkem jsou oxidační změny struktury lipidů, proteinů a DNA. Na posledně jmenované jsme se zaměřili v této práci. Oxidační změny DNA ústí v změny v replikačním cyklu buňky, které se projevují např. karcinogenezí, mutagenezí či stárnutím buňky. Buňky jsou vybaveny reparačními mechanismy, díky kterým jsou schopny toto poškození efektivně opravovat a tak si zachovat životaschopnost. Oxidační poškození indukují různé faktory, např. volné kyslíkové radikály nebo UV záření, použité pro vyvolání oxidačních změn DNA v rámci této práce. Stanovit oxidativní poškození je možné různými metodami, nejčastěji se používá kometový test (Comet assay). Jde o významnou metodu používanou pro detekci jednořetězcových a dvojřetězcových zlomů DNA, detekci alkalilabilních míst, zjišťování křížových spojení DNA- protein, oxidačních a alkylačních poškození DNA. Pro vlastní stanovení je potřeba jen velmi málo buněk, což představuje jednu z velkých výhod této metody. Námi používaná modifikace kometového testu spočívá ve využití reparačních enzymů, které umožňují detekovat specifické oxidační poškození DNA. Používali jsme tři enzymy: endonukleázu III pro detekci oxidovaných pyrimidinů,...
|
|
| |
|
|
IL 57 - Sporadic colorectal cancer: From genetic make-up to complex phenotypic measurement, from risk determination to prognostic markers
Vodička, Pavel ; Slyšková, Jana ; Pardini, B. ; Naccarati, A. ; Souček, P. ; Vodičková, Ludmila ; Vymetálková, Veronika ; Svoboda, Miroslav ; Foersti, A. ; Hemminki, K.
Colorectal carcinogenesis (CRC), is a complex process, resulting in both genomic and chromosomal instabilities. The valid theories of carcinogenesis accent either the role of somatic mutation or the surrounding microenvironment, however neither of them explains all features of cancer. Uncontrolled proliferation and genomic instability point to the DNA damage response and repair as to the key players. In the present study, we will overview several biomarkers in mapping heterogeneous complex CRC disease and providing prognostic information.\nVariants in genes involved in important pathways, such as DNA repair, cell cycle control, folate metabolism and methylation, insulin resistance and obesity, ABC transporters, selenoprotein genes, genes involved in inflammatory/immune response have shown various degree of association with CRC risk. We present also the data on mutations in high risk genes involved in colorectal carcinogenesis. Gene expression levels were determined in relevant pathways and complemented with other important parameters (epigenetic regulators of transcription by methylation). Additionally, the role of post-transcriptional regulation via miRNA or lncRNA was investigated in relation to the risk of CRC and the efficacy of chemotherapy. We have discovered several genetic and epigenetic markers affecting independently the prognosis of CRC. Functional DNA repair tests (complex phenotype) have been implemented as markers of individual susceptibility to sporadic CRC and its prognosis.\nAn application of the whole set of various biomarkers is inevitable to define the phenotypic landscape of the disease and to delineate the individual response to the therapy.\n
|
|
|
The application of functional tests to measure DNA repair capacity in molecular epidemiological studies
Slyšková, Jana ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Hampl, Aleš (oponent) ; Kment, Milan (oponent)
DNA opravy sú životne dôležitým procesom živých organizmov. Zárodočné alebo somatické defekty DNA opráv sú pravdepodobným, ak nie nevyhnutným javom podmieňujúcim rozvoj nádorových ochorení. DNA opravy, ako multigénne a multifaktoriálne procesy, je možné fenotypovo charakterizovať pomocou komplexného parametru DNA reparačnej kapacity (DRC). DRC reprezentuje marker s vysokou informačnou hodnotou, pretože v sebe zahŕňa všetky genetické, epigenetické a negenetické faktory, ktoré úroveň DNA opráv modulujú. DRC tak reflektuje aktuálnu kapacitu bunky, tkaniva alebo celého organizmu chrániť integritu svojej DNA. Táto doktorská práca bola zameraná na výskum DRC bázovej a nukleotidovej excíznej dráhy v rôznych typoch ľudských populácií s odlišnými charakteristikami. Cieľom práce bolo reflektovať niektoré podstatné otázky týkajúce sa využitia DRC v ľudských epidemiologických štúdiách a tým zistiť úroveň variability DNA opráv u zdravej populácie, odhaliť genetické a negenetické faktory, ktoré túto variabilitu podmieňujú, zistiť či dochádza k adaptačnej zmene DRC v reakcii na vysokú genotoxickú záťaž a, napokon, odhaliť vzťah medzi individuálnou hladinou DRC a rizikom vzniku nádorových ochorení. Za účelom naplnenia stanovených cieľov, DRC, s ohľadom na individuálnu genetickú a environmentálnu variabilitu...
|
|
|
Stanovení oxidativního poškození DNA pomocí jednobuněčné gelové elektroforézy (kometový test)
Škubalová, Věra ; Hochmann, Jiří (vedoucí práce) ; Slyšková, Jana (oponent)
Oxidativní poškození buňky představuje jeden z nejčastějších typů poškození, které se týká všech buněčných komponent. Jeho následkem jsou oxidační změny struktury lipidů, proteinů a DNA. Na posledně jmenované jsme se zaměřili v této práci. Oxidační změny DNA ústí v změny v replikačním cyklu buňky, které se projevují např. karcinogenezí, mutagenezí či stárnutím buňky. Buňky jsou vybaveny reparačními mechanismy, díky kterým jsou schopny toto poškození efektivně opravovat a tak si zachovat životaschopnost. Oxidační poškození indukují různé faktory, např. volné kyslíkové radikály nebo UV záření, použité pro vyvolání oxidačních změn DNA v rámci této práce. Stanovit oxidativní poškození je možné různými metodami, nejčastěji se používá kometový test (Comet assay). Jde o významnou metodu používanou pro detekci jednořetězcových a dvojřetězcových zlomů DNA, detekci alkalilabilních míst, zjišťování křížových spojení DNA- protein, oxidačních a alkylačních poškození DNA. Pro vlastní stanovení je potřeba jen velmi málo buněk, což představuje jednu z velkých výhod této metody. Námi používaná modifikace kometového testu spočívá ve využití reparačních enzymů, které umožňují detekovat specifické oxidační poškození DNA. Používali jsme tři enzymy: endonukleázu III pro detekci oxidovaných pyrimidinů,...
|
|
| |
host ::
RSS.