|
|
Studium interakcí komplexů přechodných kovů s biomolekulami metodami kvantové chemie.
Šebesta, Filip ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sochorová Vokáčová, Zuzana (oponent)
U platinových komplexů byly stejně jako u mnoha sloučenin dalších tranzitních kovů prokázány protirakovinné účinky. Cílem dnešní medicíny je nahradit používané cisplatinové komplexy látkami, které vykazují méně vedlejších účinků. Tato práce se zabývá reakcí 5'-dGMP (2'˗deoxyguanosid˗5'˗monofosfát) s platičitým komplexem PtIV (dach)Cl4 (dach=diaminocyklohexan) za vzniku komplexu PtIV (dach)Cl3(N7-cGMP). Vprůběhu reakce dochází k cyklizaci fosfátu a vytvoření koordinačně-kovalentní vazby mezi platinou a dusíkem N7 guaninu. Zde studujeme geometrie molekul účastnících se jednotlivých fází reakce a sledujeme její průběh z termodynamického hlediska. Optimalizace struktur jsou provedeny na úrovni DFT s funkcionálem B3LYP v bázi 6-31G* v solvatačníim modelu PCM/UA0. Na úrovni B3LYP/6˗311++G(2df,2pd) v solvatačním modelu D˗PCM/sUAKS byly stanoveny energetické parametry reakce a rozložení nábojové hustoty.
|
|
| |
|
|
Tvorba biofilmů u bakterií
Sochorová, Zuzana ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Biofilmy jsou útvary tvořené mikroorganismy žijícími pohromadě v hydratované extracelulární matrix. Formace takových uskupení přináší bakteriím řadu výhod. Tou hlavní je zvýšená rezistence k antibiotikům. Vytváření biofilmu je analogické k vývoji mnohobuněčného organismu. Buňky v biofilmu spolu navzájem komunikují signálními molekulami, což tvoří biofilm kompaktnější strukturou. Extracelulární matrix, ve které bakterie žijí, udržuje strukturu biofilmu, ovlivňuje adhezi buněk a chrání buňky před vlivy prostředí. Prostřednictvím extracelulární matrix bakterie také komunikují s okolím. Matrix je tvořena různými biopolymery a proteiny. Biofilmy jsou častou příčinou infekcí spojených s implantáty. Způsobů, jak se bakterie v biofilmu brání působení antibiotik, je několik. Patří mezi ně zpomalená difúze látek, pomalý růst nebo adaptace na stres. Příčinou jejich přežití je i vytvoření perzistentních buněk, které jsou k antibiotiku tolerantní a ze kterých může vzniknout nová populace. Důležitým prvkem pro vznik biofilmu jsou povrchové proteiny, které napomáhají adhezi a následnému vzniku biofilmu. Prvním proteinem, který byl identifikován, byl protein Bap. Později byly nalezeny i jeho homology, například BapA, Esp, LapA či Bhp. Mezi bakterie, které tvoří biofilmy, patří mykobakterie. Na utváření jejich...
|
|
|
Družicová pozorování vln v magnetosférickém plazmatu nízkých šířek
Sochorová, Zuzana ; Santolík, Ondřej (vedoucí práce) ; Chum, Jaroslav (oponent) ; Tichý, Milan (oponent)
Název práce: Družicová pozorování vln v magnetosférickém plazmatu nízkých šířek Autor: Zuzana Sochorová Katedra: Katedra fyziky povrchů a plazmatu Vedoucí disertační práce: prof. RNDr. Ondřej Santolík , Dr., Katedra fyziky po- vrchů a plazmatu, Ústav fyziky atmosféry AV ČR, v.v.i. Abstrakt: Předkládaná disertační práce je založena na analýze elektromagne- tických emisí rovníkového šumu (RŠ). Tyto vlny se pohybují v blízkosti geomagne- tického rovníku na frekvencích mezi protonovou cyklotronovou a spodní hybridní frekvencí. Použitá data byla naměřena na 4 družicích Cluster v období od ledna 2001 do prosince 2010. Pro celkovou statistickou analýzu emise jsme využili dat z přístroje STAFF-SA, který poskytoval nepřetržité měření. Pro vizuální identifi- kaci RŠ jsme sestavili 3 výběrová kritéria, pomocí kterých jsme vytvořili databázi více jak 2000 emisí. Ukázali jsme, že RŠ se vyskytoval téměř v celém rozsahu zkoumaných vzdáleností (L ∼ 1 až L ∼ 10, kde L značí McIlwainův parame- tr) s maximem mezi L = 3 a L = 5,5. Průběh pravděpodobnosti výskytu RŠ v závislosti na magnetickém lokálním čase vykázal v oblasti mimo plazmosféru významné zvýšení v odpoledním sektoru. V plazmosféře byla naopak zazna-...
|
|
|
Studium termodynamických a kinetických parametrů interakcí oligomerních modelů DNK s organokovovými komplexy aktivními v protirakovinné léčbě stanovených metodami kvantové chemie a kombinovanými QM/MM metodami
Matunová, Petra ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sochorová Vokáčová, Zuzana (oponent)
Bylo prokázáno, že rutheniové a platinové komplexy jsou aktivní v protirakovi- nové léčbě. Dnes běžně používaná chemoterapeutika mají stále hodně negativních vedlejších účinků, proto je výzkum v této oblasti stále aktuální. První část diplo- mové práce se zabývá studiem cis-[Pt(NH3)2Cl2] (cisplatina, DDP) a čtyř plati- nových komplexů, potenciálních léčiv proti rakovině: PtCl2(diaminocyklohexan), PtCl2(NH3)(cyklohexylamin) (JM118), cis-[PtCl2(NH3)(piperidin)] a trans-[PtCl2(NH3)(thiazol)]. Tyto komplexy jsou studovány v semi-hydratované a plně-hydratované formě. Termodynamické a kinetické parametry reakcí těchto komplexů s guaninem, což je klíčový proces pro zahájení protirakovinné aktivity, jsou studovány QM metodami. Analýzy elektronové hustoty byly provedeny na úrovni B3LYP/6-311++G(2df,2pd) v IEF-PCM modelu. V druhé části práce je studována reakce tzv. 'piano stool' komplexu ruthenia, [Ru(II)(η6 -p-cymen(nalidixová kyselina)(Cl)]+ , nejdříve s guaninem pomocí QM metod a poté s modelem ds-DNA pomocí QM/MM metod. Reakční centrum popisované QM metodami tvoří dva guaniny a Ru(II) komplex. Analýzy ter- modynamických a kinetických parametrů a analýzy elektronových hustot byly provedeny na úrovni B97D/6-31G*. Všechny...
|
|
|
Computational Study of the Properties and Reactivity of Bioinroganic Transition Metal Complexes
Baxová, Katarína ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sochorová Vokáčová, Zuzana (oponent)
Táto práca sa zaoberá reakciami diaqua-tetrakis(μ-acetylato)dirhódia(II,II) s guanínom, ktorý vykazuje protirakovinové účinky. Guanín sa na komplex môže viazať buď kyslíkom O6 alebo dusíkom N7. Uvažovali sme tri možné varianty sysému - protonovaný na guaníne, protonovaný na paddle-wheel štruktúre a neutrálny systém. Pre všekých 6 reakcií boli nájdené tranzitné štruktúry. Spočítali sme hodnoty elektrónovej hustoty v kritických bodoch väzieb, parciálne náboje na atómoch a interakčné energie systému, vody a guanínu pre reaktanty, tranzitné stavy a produkty na úrovni b3lyp/aug-cc-pvdz. V prípade rhódií bola použitá pseudobáza a preudopotenciály. Spočítali sme termodynamické parametry všetkých reakcií. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Frekvence útlumu ve výkonových spektrech pozorovaných družicí DEMETER
Záhlava, Jan ; Němec, František (vedoucí práce) ; Sochorová, Zuzana (oponent)
Předmětem bakalářské práce je analýza zvláštních efekt· pozorovaných ve frekvenčně-časových spektrogramech změřených družicí DEMETER v pásmu velmi nízkých frekvencí. Jedná se o periodické utlumení frekvenční závislosti elektrické intenzity, které se spojitě mění v čase. Při detailním zkoumání se ukazuje, že jsou tyto útlumové události tvořeny z hvizd· pocházejících z bleskových emisí. Porovnání závislosti doby trvání útlumových událostí na geomagnetické délce s délkovou závislostí četnosti výskytu blesk· ukazuje, že jsou útlumové události posunuty oproti blesk·m přibližně o 30◦ západním směrem. Podařilo se nám vysvětlit tento posun a vytvořit jednoduchý model možného formování útlumových událostí založený na módové teorii šíření vln ve vlnovodu. 1
|
|
|
Magnetosférické čárové záření pozorované družicí DEMETER
Bezděková, Barbora ; Němec, František (vedoucí práce) ; Sochorová, Zuzana (oponent)
Ve frekvenčně-časových spektrogramech elektromagnetických vln pozorovaných ve vnitřní magnetosféře Země v rozsahu 1-8 kHz se někdy vyskytují téměř horizontální skoro rovnoběžné intenzivní čáry. Takové události byly zaznamenány pozemními observatořemi i družicemi a jsou nazývány magnetosférické čárové záření (Magnetospheric Line Radiation, MLR). Provedli jsme systematickou analýzu celkem 1230 událostí typu MLR nalezených v datech družice DEMETER (2004-2010, výška cca 700 km). Zaměřujeme se na možnou souvislost mezi výskytem událostí a parametry slunečního větru. Dlouhý interval analyzovaných dat umožňuje vyhodnotit případný vliv slunečního cyklu a ročního období. Ukazujeme, že existuje statisticky významná souvislost mezi MLR událostmi a parametry slunečního větru a že události jsou častěji pozorovány během zimních měsíců a spíše v době slunečního maxima. Četnost událostí je výrazně nižší na geomagnetických délkách odpovídajících Jihoatlantické anomálii (South Atlantic Anomaly, SAA). Analyzujeme spektra energetických elektronů vysypávajících se v této oblasti v době pozorování MLR událostí, u nichž se předpokládá, že by mohly souviset s mechanismem vzniku těchto vln. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Sledování tvorby plovoucího biofilmu Mycobacterium smegmatis - morfologická a proteomová analýza
Sochorová, Zuzana ; Weiser, Jaroslav (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Mikroorganismy se mohou vyskytovat v planktonní formě nebo mohou ulpívat na povrchu a vytvářet trojrozměrné útvary zvané biofilmy. Plovoucí biofilmy, tvořené na rozhraní prostředí voda-vzduch, jsou jednou z životních strategií, kterou se mohou bakterie ubírat. Při studiu tohoto typu biofilmu nám jako laboratorní model sloužil nepatogenní druh Mycobacterium smegmatis. Pochopení mechanismů tohoto druhu by mohlo být aplikovatelné i na patogenní zástupce rodu Mycobacterium, jejichž studium obnáší v laboratorních podmínkách řadu nevýhod. Tato diplomová práce se zabývá morfologickou a proteomovou analýzou plovoucího biofilmu M. smegmatis. S využitím binokulární lupy a skenovací elektronové mikroskopie bylo pozorováno, že se bakterie na počátku tvorby biofilmu shlukují a vytváří tzv. "nukleační centra", ze kterých dochází k postupnému rozrůstání biofilmu do okolí. V pozdějších fázích vývoje dochází k jejich postupnému splynutí a vytvoření jednolité vrstvy, která s dalším vývojem sílí a utváří se vícevrstevnatý biofilm. Stěžejní metodou této práce byla dvourozměrná elektroforéza proteinů. S její pomocí byla provedena proteomová analýza plovoucího biofilmu. Před samotným provedením 2D elektroforézy bylo nutné optimalizovat přípravu proteinových vzorků a měření jejich koncentrace. Stejně jako u morfologické...
|
|
|
Studium interakcí komplexů přechodných kovů s biomolekulami metodami kvantové chemie.
Šebesta, Filip ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sochorová Vokáčová, Zuzana (oponent)
U platinových komplexů byly stejně jako u mnoha sloučenin dalších tranzitních kovů prokázány protirakovinné účinky. Cílem dnešní medicíny je nahradit používané cisplatinové komplexy látkami, které vykazují méně vedlejších účinků. Tato práce se zabývá reakcí 5'-dGMP (2'˗deoxyguanosid˗5'˗monofosfát) s platičitým komplexem PtIV (dach)Cl4 (dach=diaminocyklohexan) za vzniku komplexu PtIV (dach)Cl3(N7-cGMP). Vprůběhu reakce dochází k cyklizaci fosfátu a vytvoření koordinačně-kovalentní vazby mezi platinou a dusíkem N7 guaninu. Zde studujeme geometrie molekul účastnících se jednotlivých fází reakce a sledujeme její průběh z termodynamického hlediska. Optimalizace struktur jsou provedeny na úrovni DFT s funkcionálem B3LYP v bázi 6-31G* v solvatačníim modelu PCM/UA0. Na úrovni B3LYP/6˗311++G(2df,2pd) v solvatačním modelu D˗PCM/sUAKS byly stanoveny energetické parametry reakce a rozložení nábojové hustoty.
|
host ::
RSS.