|
|
Collagen structures from cell culture to intact tendon
Hadraba, Daniel ; Jelen, Karel (vedoucí práce) ; Amler, Evžen (oponent) ; Plášek, Jaromír (oponent)
UNIVERZITA KARLOVA a HASSELT UNIVERSITY / tUL Disertační práce Kolagenní struktury od buněčných kultur k šlaše ABSTRAKT Autor: Daniel Hadraba Vedoucí: Assoc. Prof. Karel Jelen | Charles University Prof. Marcel Ameloot | Hasselt University Konzultant: Dr. Frantisek Lopot | Charles University Prof. Virginie Bito | Hasselt University Anotace Autor: Ing. Mgr. Daniel Hadraba Název práce: Kolagenní struktury od buněčných kultur k šlaše Rok: 2010 - 2017 Studijní program: Doktor Biomechanika | Univerzita Karlova Doktor Biomedicínských věd | Hasselt University / transnational University Limburg Ústav: Anatomie a Biomechaniky| Fakulta tělesné výchovy a sportu | Univerzita Karlova Biofyzika| Hasselt University Vedoucí:: Assoc. Prof. Karel Jelen | Anatomie a Biomechaniky| Fakulta tělesné výchovy a sportu | Univerzita Karlova Prof. Marcel Ameloot | Hasselt University / transnational University Limburg Konzultanti: Dr. Frantisek Lopot | Anatomie a Biomechaniky| Fakulta tělesné výchovy a sportu | Univerzita Karlova Prof. Virginie Bito | Hasselt University / transnational University Limburg Bibliografické údaje: Strany 102 Obrázky 30 Tabulky 2 Rovnice 17 Klíčová slova: šlacha, kolagen, vlnky, orientace, stárnutí, label-free mikroskopie, generovaní druhé harmonické, mikroskopie délky života fluoroforu, biomechanika Abstrakt...
|
|
|
Analýza zotavování membránového potenciálu kvasinek za stresových podmínek vyvolaných protonoforem CCCP
Babuka, David ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Sigler, Karel (oponent)
Diplomová práce se zabývá studiem odezvy vnitrobuněčného pH kvasinkových buněk na různá vnější prostředí, především ve vztahu k protonoforu karbonylkyanidu m-chlorophenylhydrazonu, CCCP. K měření vnitrobuněčného pH kvasinkových buněk jsme využívali geneticky kódovanou fluorescenční sondu poměrový pHluorin. S využitím metody synchronně skenovaných fluorescenčních spekter jsme byli schopni měřit vnitrobuněčné pH buněk s vysokou přesností. Jako součást těchto experimentů jsme studovali také jak vliv iontové síly pufrů buněčných suspenzí na povrchový potenciál kvasinek, tak vliv anorganické soli KCl na depolarizaci membrán kvasinek a acidifikaci cytosolu vyvolanou protonoforem CCCP. Zkoumali jsme jednak přímo změny cytosolického pH a jednak jsme toto naměřené pH používali jako indikátor procesů a stavu prostředí mimo buňku. K nejvýznamnějším výsledkům této práce patří vyvinutí nové metody monitorování velikosti povrchového potenciálu kvasinek pomocí titračních křivek acidifikace cytosolu vyvolané protonoforem CCCP.
|
|
|
Nanovlákenné nosiče pro regeneraci incisionální kýly
Plencner, Martin ; Amler, Evžen (vedoucí práce) ; Kochová, Petra (oponent) ; Plášek, Jaromír (oponent)
Incizionální kýla postihuje víc než 20% pacientů, kteří podstoupili operaci břicha. Implantace syntetických materiálů se stala standardem v reparaci kýl břišní stěny. Nicméně implantace kýlních sítěk nezaručuje trvalé zhojení, jen oddaluje riziko recidivy vzniku kýly o 2-3 roky. V současnosti je na trhu dostupná víc jak stovka chirurgických sítěk. Nejčastěji používané síťky pro reparaci ventrální kýly jsou vyrobené z polypropylénu. Ideální síťka dodnes neexistuje a je tudíž zapotřebí ji vyvinout. Cílem této studie bylo vyvinout funkcionalizovaný nosič pro reparaci kýl břišní stěny. Připravili jsme nový kompozitní nosič na bázi polypropylénové chirurgické síťky funkcionalizovaný pomocí poly- -kaprolaktonových nanovláken připravených elektrostatickým zvlákňováním. Na nanovlákna byly adherovány buď trombocyty, jako přirozený zdroj růstových faktorů, nebo syntetické růstové faktory. V rozsáhlých in vitro testech jsme jednoznačně prokázali biokompatibilitu tohoto nového systému. Histologické a biomechanické hodnocení v in vivo testech na modelu králíka a miniprasete odhalilo lepší regenerační schopnost našeho kompozitního funkcionalizovaného nosiče ve srovnání s konvenčně používanou polypropylénovou chirurgickou síti a samotnou suturou. Dále byl testován systém mikročástic vyrobený pomocí kryomletí...
|
|
|
Deconvolution fluorescence microscopy of yeast cells
Štec, Tomáš ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Název práce: Využití dekonvoluce v digitální fluorescenční mikroskopii kvasinek Autor: Tomáš Štec Katedra/ústav: Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: prof. RNDr. Jarmoír Plášek, CSc., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Fluorescenční mikroskopie představuje rychlou a levnou alternativu k po- kročilejším metodám zobrazování jako jsou konfokální a elektronová mikroskopie. Snímaný obraz je však zatížen velkou mírou zkreslení. Pomocí počítačového zpraco- vání obrazu - dekonvoluce, lze do značné míry eliminovat zkreslení obrazu, čím se umožní rekonstrukce třírozměrné podoby snímaných objektů. V této práci je pod- robně prozkoumána dekonvoluční procedura programu NIS Elements AR, která je následně aplikována na rekonstrukci třírozměrné podoby kvasinek Saccharomyces cerevisiae barvených calcofluorem, s cílem charakterizovat změny vzhledu bunkové stěny v průběhu stárnutí. S rostoucím věkem kvasinky se na povrchu objevují ne- rovnosti, ke konci života dochází i k praskání bunkové stěny. Klíčová slova: fluorescence, mikroskopie, dekonvoluce, NIS Elements AR, calcof- luor, kvasinky, bunková stěna, stárnutí
|
|
|
Zesílená emise na kovových nanostrukturách
Alt, Václav ; Heřman, Petr (vedoucí práce) ; Plášek, Jaromír (oponent)
Fluorescence je v dnešní době široce využívaným jevem. Ukazuje se, že v blízkosti kovových nanostruktur může docházet k výraznému zesílení fluorescence, což může mít mnohá praktická využití. V této práci se zabýváme přípravou těchto kovových nanostruktur, konkrétně v podobě tenkého filmu tvořeného mnoha stříbrnými ostrůvky, a následným měřením zesílení. K vyhodnocení zesílení fluorescence zkoušíme různé metody, z nichž dvě vedou k použitelným výsledkům. Součástí práce je popis přípravy nanostruktur, výklad použitých metod a naměřená emisní a excitační spektra použitých fluoroforů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Odezva membránového potenciálu a intracelulárního pH kvasinek na změny extracelulární koncentrace K+
Babuka, David ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Bakalářská práce se zabývá studiem buněk kvasinek a jejich reakcí na různá vnější prostředí. Zkoumány byly především změny vnitrobuněčného pH a membránového potenciálu v závislosti na extracelulární koncentraci K+ iontů a jak jsou kvasinkové buňky schopny tyto změny kompenzovat. Jako doplněk k měření vnitrobuněčného pH, byla zkoumána schopnost kvasinek odolávat změnám pH vnějšího prostředí. Při měření vnitrobuněčného pH byla využita geneticky kódovaná fluorescenční sonda poměrový pHluorin a při měření změn membránového potenciálu byla použita fluorescenční sonda diS-C3(3). Úspěšně jsme také použili metodu synchronně skenované fluorescence, s jejíž pomocí jsme dokázali efektivně potlačit autofluorescenční signál buněk.
|
|
|
Změny vnitrobuněčného pH kvasinek za stresových podmínek
Divín, Radek ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
Název práce: Změny vnitrobuněčného pH kvasinek za stresových podmínek Autor: Radek Divín Katedra / Ústav: Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: prof. RNDr. Jaromír Plášek, CSc. Abstrakt: Specifické hodnoty intracelulárního pH (pHi) mohou ovlivnit veškeré biochemické procesy v buňce, což je důvodem důležitosti studia změn intracelulárního pH za stresových podmínek. V práci bylo využito kvasinek Saccharomyces cerevisiae jakožto modelového organismu eukaryotních buněk. Monitorování intracelulárního pH buněk bylo prováděno metodou sychronního skenování fluorescence geneticky kódované fluorescenční sondy pHluorin, lokallizované v cytosolu buněk. Buňky byly vystaveny stresovým podmínkam vlivem chemických změn prostředí. Studovala se schopnost buněk udržet si stálou hodnotu intracelulárního pH v různě kyselých prostředích. Pozornost se věnovala také vlivu glukózy na optimalizování cytosolického pH. Práce se zabývá i změnami intracelulárního pH pod vlivem přítomnosti KCl v suspenzi. Dále se monitoroval pokles cytosolického pH buněk působením protonoforu CCCP. Vliv stresového prostředí na intracelulární pH byl studován z pohledu variací chemických látek a jejich množství v buněčné suspenzi a dále i z pohledu růstové fáze zkomaných buněk. Klíčová slova: Saccharomyces cerevisce, vnitrobuněčné pH,...
|
|
|
Ramanova mikrospektroskopie a mapování jednotlivých buněk
Gregorová, Šárka ; Mojzeš, Peter (vedoucí práce) ; Plášek, Jaromír (oponent)
Ramanova mikrospektroskopie umožňuje měřit spektra Ramanova rozptylu s prostorovým rozlišením v řádu μm3 a studovat tak neinvazivním způsobem přirozené složení biologických objektů jako jsou tkáně, jednotlivé buňky a buněčné organely. V předkládané práci byly pomocí Ramanovy mikrospektroskopie studovány vakuoly oportunisticky patogenní kvasinky druhu Candida albicans. Byly naměřeny rozsáhlé série Ramanových spekter vakuol při různých způsobech kultivace buněk. K vyhodnocení souborů Ramanových spekter byla využita vícerozměrná statistická metoda rozkladu do singulárních hodnot (singular value decomposition). Spektrální analýza umožnila charakterizaci chemického složení vakuol. Bylo zjištěno, že vakuoly buněk kultivovaných různým způsobem či v různých kultivačních médiích se mezi sebou liší zejména obsahem polyfosfátu, reprezentovaného ve spektru úzkým pásem s maximem okolo 1155 cm-1 . Až o několik cm-1 se může překvapivě lišit též poloha maxima tohoto pásu na vlnočtové škále. Na základě experimentů provedených in vitro s hexametafosfátem sodným coby modelem vakuolárního polyfosfátu bylo navrženo, že poloha maxima tohoto pásu je významně ovlivněna koncentrací dvojmocných kationtů.
|
|
|
Zobrazování fluorescenčně značených mitochondrií metodou Biplane_FPALM
Dostál, Marek ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Valenta, Jan (oponent)
Název práce: Zobrazování fluorescenčně značených mitochondrií metodou Biplane FPALM Autor: Bc. Marek Dostál Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí práce: prof. RNDr. Jaromír Plášek, CSc. Konzultanti: RNDr. Petr Ježek, DrSc. Mgr. Hana Engstová, Ph.D. Abstrakt: V této práci jsme hledali a nalezli vhodné PCFP markery pro vizualizaci vnitřní a vnější membrány mitochondrií na unikátním prototypu biplane FPALM mikroskopu. Podíleli jsme se na odlaďování měřicího softwaru za účelem 3D vizualizace mitochondriálních sítí a určení jejich parametrů. K tomuto účelu jsme vyvinuli dvě metody. Jedna je použitelná při určování parametrů vnějších membrán a druhá při určování parametrů vnitřních membrán. Na menším statistickém souboru dat se nám podařilo potvrdit závislost kvality mitochondriální sítě na podmínkách kultivace buněk. Ve stresových podmínkách, jakými je např. hypoxie, se kvalita mitochondriální sítě mění oproti kultivaci za normálních podmínek. Klíčová slova: mitochondrie, Biplane FPALM, GFP, 3D vizualizace.
|
|
|
The study of model membrane systems, proteins and protein-membrane interactions using various fluorescence techniques
Štefl, Martin ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Teisinger, Jan (oponent) ; Plášek, Jaromír (oponent)
Membránové rafty (také často uváděny jako nanodomény) jsou membránové struktury, které jsou zodpovědné za spoustu buněčných procesů. Jejich charakterizace je velice složitá, protože nanodomény jsou opticky průhledné, jejich velikost je pod rozlišením optických mikroskopů a dynamika je veliká. Navíc vysoká různorodost buněk ještě více komplikuje jejich studium. Pro zjednodušení buněk jsou velice často používány membránové modelové systémy jako obrovské unilamelární vezikuly (GUVs) nebo podporované fosfolipidové dvojvrstvy (SPBs). V mé disertační práci byly vyvinuty, testovány a vylepšovány různé fluorescenční techniky ke studiu těchto membránových domén v modelových systémech. Fázorová analýza, metoda pro analýzu dat dob dohasínání fluorescence, byla teoreticky a experimentálně testována a následně použita k charakterizaci membránových nanodomén v GUVs. Nejdříve jsme využili fázorovou analýzu v lipidových vezikulech ke studiu procesů excitovaných stavů, jako je jev relaxace rozpouštědla a Försterův rezonanční přenos energie (FRET). Dále jsme aplikovali fázorovou analýzu k charakterizaci interakcí mezi proteiny a ligandy, ke studiu sbalování a denaturace proteinů. Nakonec jsme použili fázorovou analýzu dat z FRET v kombinaci s fluorescenční korelační spektroskopií (FCS) k charakterizaci membránových...
|
host ::
RSS.