|
| |
|
| |
|
|
Patologické nálezy u dětských pacientů detekované metodou array-CGH
Šlégrová, Sandra ; Krkavcová, Miroslava (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Diplomová práce se z velké části zaměřuje na zjišťování dosud neobjasněných příčin patologických fenotypových projevů pacientů, u kterých klasickou cytogenetickou metodou nebyly prokázány žádné změny v genetickém materiálu. U všech vzorků byla použita čipová metoda array-CGH (komparativní genomová hybridizace na čipech), která detekuje aberantní místa bez předešlé znalosti jejich umístění v genomu. V některých případech byla metoda použita k ověření nebo upřesnění nálezu, který byl detekován již během předchozího genetického laboratorního vyšetření. Vyšetření pacientů touto metodou bylo provedeno v akreditované genetické laboratoři GENvia, s.r.o., v roce 2013 a částečně i v roce 2014. Teoretická část práce probírá úlohu klasického cytogenetického vyšetření a jeho diagnostické možnosti. Dále je zde popsán základní princip metody array-CGH a její využití v prenatální a postnatální diagnostice. Praktická část práce uvádí výsledky všech skupin vyšetřených pacientů. Převážně se však soustředí na pacienty v dětském věku, u kterých byl detekován nález související s jejich klinickými projevy. Veškeré patologické výsledky byly ověřeny další metodou pro konkrétní nález. Některé nálezy byly ověřeny metodou FISH (fluorescenční in situ hybridizace), jiný způsob ověření nálezů je vysvětlen. Celkem bylo nalezeno 8...
|
|
|
Varianty chromozomu 9 u člověka - od normy k patologii Epidemiologie a význam v klinické genetické praxi.
Šípek, Antonín ; Panczak, Aleš (vedoucí práce) ; Šubrt, Ivan (oponent) ; Vallová, Vladimíra (oponent)
Souhrn Heterochromatinové varianty lidského chromozomu 9 představují jedny z nejčastějších variant lidského karyotypu. Variabilita zasahuje oblast velkého bloku konstitutivního pericentrického heterochromatinu chromozomu 9, tvořenou různými typy repetitivních DNA sekvencí. Tyto varianty je možné studovat z pohledu populačně epidemiologického, molekulárně cytogenetického i klinicko genetického. V rámci celého našeho projektu byla provedena epidemiologická studie výskytu pericentrické inverze chromozomu 9 (inv(9)) a dalších variant chromozomu 9 na šesti různých souborech laboratorních dat, zahrnujících vyhodnocení více než 26 000 záznamů -naše publikovaná studie je svým rozsahem stále největší na světě. Celkovou četnost inv(9) jsme vyčíslili na 1,6 %, celkovou četnost všech heterochromatinových variant chromozomu 9 pak na 3,3-3,9 %. Případy inv(9) byly obecně častější u žen, rozdíl pohlaví ale nebyl statisticky významný. Molekulárně cytogenetická část projektu vycházela z vlastní metodiky využívající kombinaci tří komerčně dostupných FISH sond, ředěných ve specifickém poměru. Kombinace těchto sond umožňuje bližší diagnostiku jednotlivých subvariant chromozomu 9, které není možné rozlišit pomocí G-/C-pruhování v optickém mikroskopu. Touto metodou jsme vyšetřili celkem 49 případů heterochromatinových variant...
|
|
|
Aspekty identifikace pacientů s primární ciliární dyskinezí
Djakow, Jana ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Vízek, Martin (oponent) ; Panczak, Aleš (oponent)
Primární ciliární dyskineze (PCD) je vzácné, avšak poddiagnostikované onemocnění. Jeho příčinou je genetická porucha struktury nebo funkce pohyblivých řasinek. Výsledná nefunkční mukociliární clearance způsobuje opakované záněty horních i dolních dýchacích cest, u některých pacientů může být také příčinou poruch plodnosti či abnormální polohy orgánů. Diagnostika tohoto onemocnění je mimořádně komplikovaná a složitá. Vyžaduje kombinaci několika různých diagnostických postupů a dostatek zkušeností i specifické personální a technické vybavení. I přes významné pokroky v poznání etiopatogeneze PCD a prudký rozvoj diagnostiky zůstávají možnosti terapie omezené a účinnost jednotlivých léčebných postupů dosud není podložena většími klinickými studiemi. Dizertační práce je tvořena komentovaným souborem vydaných publikací. Zabývám se v ní několika různými aspekty identifikace pacientů s PCD. Nejrozsáhleji jsme se věnovali genetickým základům PCD. V začátcích práce jsme se zabývali možnostmi diagnostiky pomocí sekvenování vybraných úseků v té době známých nejčastěji mutovaných genů DNAH5 a DNAI1 a prokázali jsme, že touto metodou je možné odhalit většinu pacientů s mutacemi v těchto genech. Recentní část práce se týkala využití postupů sekvenování nové generace (NGS) v kombinaci s klasickým Sangerovým...
|
|
|
Patologické nálezy u dětských pacientů detekované metodou array-CGH
Šlégrová, Sandra ; Krkavcová, Miroslava (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Diplomová práce se z velké části zaměřuje na zjišťování dosud neobjasněných příčin patologických fenotypových projevů pacientů, u kterých klasickou cytogenetickou metodou nebyly prokázány žádné změny v genetickém materiálu. U všech vzorků byla použita čipová metoda array-CGH (komparativní genomová hybridizace na čipech), která detekuje aberantní místa bez předešlé znalosti jejich umístění v genomu. V některých případech byla metoda použita k ověření nebo upřesnění nálezu, který byl detekován již během předchozího genetického laboratorního vyšetření. Vyšetření pacientů touto metodou bylo provedeno v akreditované genetické laboratoři GENvia, s.r.o., v roce 2013 a částečně i v roce 2014. Teoretická část práce probírá úlohu klasického cytogenetického vyšetření a jeho diagnostické možnosti. Dále je zde popsán základní princip metody array-CGH a její využití v prenatální a postnatální diagnostice. Praktická část práce uvádí výsledky všech skupin vyšetřených pacientů. Převážně se však soustředí na pacienty v dětském věku, u kterých byl detekován nález související s jejich klinickými projevy. Veškeré patologické výsledky byly ověřeny další metodou pro konkrétní nález. Některé nálezy byly ověřeny metodou FISH (fluorescenční in situ hybridizace), jiný způsob ověření nálezů je vysvětlen. Celkem bylo nalezeno 8...
|
|
|
Analýza klinických parametrů pacientů s autismem a mentální retardací indikovaných na vyšetření metodou SNP array
Petříková, Nikola ; Vlčková, Markéta (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Práce se zabývá analýzou klinických parametrů pacientů trpících poruchou autistického spektra vyšetřených pomocí DNA mikročipů. Teoretická část je zaměřena na definování autismu a jeho jednotlivých podtypů, dále na dosud známé genetické příčiny této pervazivní vývojové poruchy a nakonec na možnosti laboratorní diagnostiky jejích genetických příčin. Mezi příčiny autismu se řadí varianty počtu kopií různých částí genomu, které leze efektivně diagnostikovat vyšetřením pomocí DNA čipů. Náš soubor čítal celkem 98 pacientů s diagnostikovaným autismem či s autistickými rysy. U všech pacientů byla provedena analýza pomocí mikročipů HumanCytoSNP-12 od firmy Illumina. U všech pacientů ze souboru byla následně provedena retrospektivní analýza několika sledovaných klinických parametrů dostupných ve zdravotnické dokumentaci. Všechna získaná data byla statisticky zpracována s cílem zjistit případné závislosti. K další podrobnější analýze pak byly vybrány dvojice parametrů, u kterých již byla určitá korelace v minulosti popsána v literatuře, nebo jsme u nich závislost očekávali. V některých případech se naše výsledky shodovaly s údaji udávanými v literatuře, v některých nikoliv. Dále bylo zkoumáno, zda existuje významný rozdíl mezi skupinou pacientů, u kterých byla zjištěna aberace, která s vysokou pravděpodobností...
|
|
|
Možnosti hodnocení a relevance výsledků analýzy FISH u chromozomových aberací v mozaikách
Neužilová, Linda ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou mozaicismu a jeho stanovením. Mozaicismus je definován jako přítomnost dvou nebo více buněčných linií s odlišným karyotypem v těle pacienta. Pro výsledný fenotyp je důležitý především celkový poměr, v jakém jsou jednotlivé buněčné linie zastoupeny. Často ho nacházíme u Turnerova a Klinefelterova syndromu. Turnerův syndrom je způsoben ztrátou části nebo celého chromozomu X u žen a patří mezi nejčastější chromozomální konstituce nalézané u spontánních potratů. Odhaduje se, že ale asi jen polovina žen s Turnerovým syndromem má karyotyp 45,X, ostatní jsou mozaiky či mají jiné abnormality chromozomu X. Hlavním cílem praktické části této bakalářské práce bylo vyhodnotit možnosti stanovení mozaicismu pomocí metody fluorescenční in situ hybridizace (FISH) a posoudit možné faktory ovlivňující správnost vyšetření. Posuzovali jsme individuální variabilitu mezi jednotlivými hodnotiteli a také rozdíly při použití dvou různě značných sond. Práce tak potvrdila, že metoda FISH zpřesňuje výsledky klasického cytogenetického vyšetření a je vzhledem k možnosti analýzy vysokého počtu buněk vhodná k analýze mozaicismu.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.