Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 61 záznamů.  začátekpředchozí21 - 30dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Vliv bottlenecku a selekce na variabilitu MHC genů v reliktních a nově vzniklých populacích bobra evropského
Náhlovský, Jan ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
MHC glykoproteiny jsou zásadní součástí adaptivní imunity, navíc mohou hrát roli i při volbě partnerů. MHC geny jsou pak ze všech známých genů nejvariabilnější. Z těchto důvodů jsou již několik desítek let objektem intenzivního zájmu molekulárních ekologů. Výzkum ale kromě extrémní variability komplikují také časté duplikace. Zajímavým modelem se zdá být bobr evropský. Na konci předminulého století prošel dramatickým bottleneckem, kdy po celém světě přežilo pouze zhruba 1200 jedinců v několika izolovaných reliktních populacích. Díky četným reintrodukcím se dnes bobři s rozličným původem potkávají v nově ustavených admixovaných populacích. Znalosti o MHC bobrů však byly značně omezené, byly známy sekvence pouze z jednoho lokusu a některé reliktní populace nebyly vůbec prosekvenovány. Díky doplnění o vzorky ze zbývajících reliktních populací a přidání dalšího lokusu jsem potvrdil výraznou redukci variability bobřích MHC genů a zároveň nalezl známky působení selekce v minulosti. Dále jsem vyšetřil situaci ve dvou nově ustavených populacích. Potvrdil jsem zde probíhající selekci, konkrétně porušení cytonukleární rovnováhy a výhodu divergentních alel (DAA). Máme zde tedy unikátní možnost nahlédnout do různých oken historie bobřích populací: V minulosti byla diverzita MHC formována kombinací pozitivní a...
Adaptive population shifts in response to climate change
Horníková, Michaela ; Kotlík, Petr (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent) ; Bryja, Josef (oponent)
Adaptive population shifts in response to climate change Ing. Michaela Horníková, Doctoral thesis Abstrakt Porozumění tomu, jak druhy reagovaly na změny klimatu a prostředí v minulosti, je žhavým tématem v mnoha oborech biologie, jelikož je relevantní i pro řešení otázky budoucnosti druhů pod vlivem současných klimatických změn. S využitím modelového druhu norníka rudého propojuji genomická fylogeografická data s informacemi o známé vnitrodruhové funkční variabilitě a environmentálním modelováním nik a zaměřuji se na objasnění konkrétní úlohy vnitrodruhové variability a selekce v utváření odpovědi tohoto druhu na klimatické a environmentální změny po skončení posledního zalednění. Norník rudý vykazuje podle mtDNA markerů komplexní fylogeografický pattern, naznačující nahrazení populací během postglaciální kolonizace Evropy a tedy možný vliv selekce v tomto procesu. K pátrání po známkách nahrazení populací v genomické DNA norníka rudého a k prozkoumání postglaciální rekolonizační historie v rámci jeho evropského areálu rozšíření jsme použili rozsáhlý datový soubor s více než 6000 SNP. Genomická data odhalila ještě složitější populační historii, než byla dříve detekována pomocí mtDNA, zahrnující nejen nahrazení populací, ale také příměs mezi vnitrodruhovými liniemi pocházejícími z různých glaciálních refugií....
Detekce pozitivní selekce na molekulární úrovni
Cakl, Lukáš ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Nárůst výpočetního výkonu a množství dostupných genomických dat nám v dnešní době umožňuje zkoumat stopy selekce na sekvencích nukleových kyselin. Abychom získali co nejrelevantnější výsledky, je třeba se zamyslet nad tím, jak tyto stopy vznikají, jaké vlastností mají, jak je detekovat a ve kterých případech používat které metody. V této bakalářské práci se budeme věnovat nejen samotným metodám detekce selekce a jejich principům, ale i teoretickým modelům umožňujícím jejich vznik, neutrálním teoriím, vůči kterým můžeme stopy selekce srovnávat, ale také oněm stopám samotným. Vzhledem k dynamice genomu jsou totiž pro volbu metody, krom dostupných dat, rozhodující právě vlastnosti těchto stop. Zejména, když vezmeme v potaz, že některé stopy vznikají v evolučním měřítku za poměrně krátkou dobu a brzy po selekci opět mizí, zatímco vznik jiných trvá velmi dlouhou dobu. Klíčová slova: darwinovská selekce, pozitivní selekce, statistické metody, detekce selekce, dna, molekulární data
Haemoproteus u pěvců: prevalence a dynamika infekce
Chalupová, Barbora ; Svobodová, Milena (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Rody Haemoproteus a Plasmodium jsou kosmopolitně rozšířené rody krevních parazitů z kmene Apicomplexa. Oba tyto rody mají dvouhostitelský životní cyklus a jejich definitivním hostitelem jsou zástupci řádu Diptera. Oba se vyskytují u ptáků, ve kterých probíhá asexuální množení. Infekce rody Haemoproteus a Plasmodium jsou většinou asymptomatické, v ptácích dlouhodobě přetrvává latentní fáze, během které může docházet k relapsům infekce. Během sezon 2017-2019 bylo v Milovickém lese získáno 1 092 krevních vzorků ze 29 odchycených druhů pěvců. Parazité byli detekováni u 48 % jedinců. Prevalence rodu Plasmodium byla 16 %, prevalence rodu Haemoproteus 22 % a u 10 % pozitivních vzorků nebylo možné určit linii parazita. Bylo nalezeno šest nových linií rodu Haemoproteus, pracovně pojmenovaných Haemoproteus sp. linie coccoc_1, coccoc_2, coccoc_3, coccoc_4, embcit, fricoe jejichž celková prevalence byla 14 %. Nejčastější linie Haemoproteus sp. coccoc_1 dosáhla prevalence 12 %. Druhým nejčastějším zaznamenaným druhem bylo Plasmodium relictum klon Peng14-121Br2AF a izolát Cc_P1, které dosáhlo prevalence 13 %. Dynamika infekce rodů Haemoproteus a Plasmodium byla studována u vzorků získaných v letech 2014-2019. Mezisezónně bylo vyšetřeno 40 jedinců, v rámci sezóny bylo vyšetřeno 27 jedinců. Tři jedinci byli...
Meiotic homologous recombination and hybrid sterility
Gergelits, Václav ; Forejt, Jiří (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Munclinger, Pavel (oponent)
(česky) Meiotická homologní rekombinace, synapse homologních chromosomů a hybridní sterilita F1 kříženců jsou vzájemně provázané fenomény závisející jeden na druhém. V předložené dizertační práci jsme tyto fenomény zkoumali na genetické i mechanistické úrovni za využití modelu myších poddruhů. Identifikovali a charakterizovali jsme noncrossovery (NCO, též genové konverze), které zprostředkovávají 90% všech oprav meiotických dvouřetězcových zlomů (DSB), determinovaných genem Prdm9, a to na celochromosomální úrovni. Na základě 94 detekovaných NCO jsme spočítali střední délku doprovodných úseků genové konverze jako 32 bp. Na lokální úrovni se NCO překrývaly s již známými hotspoty trimethylovaných histonů a utváření DSB. Lokalizace hotspotů v genomu je určená proteinem PRDM9. Z toho vyplývá, že NCO skutečně mají původ ve standardní dráze opravy meiotických DSB. Na celochromosomální úrovni jsme pozorovali rozdílné distribuce NCO a crossoverů (CO), projevující se zejména relativní preferencí CO před NCO v subtelomerických oblastech. Pozorovali jsme deficit specifické třídy tzv. nonparentálních, či asymetrických NCO a CO. Navrhujeme, že tyto NCO a CO jsou obtížně orpavitelné a hypoteticky by mohly být opraveny sesterskou chromatidou. Takováto oprava by nepřispěla k nezbytné homologní synapsi....
Kandidátní geny pro behaviorální adaptace u tropických a temperátních ptáků
Křístková, Barbora ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
Využití kandidátních genů se stalo velmi rozšířeným přístupem při studiu behaviorálních adaptací. Funkce genu bývá často zachována i u velmi vzdálených evolučních linií. Díky tomu nám tento přístup umožňuje rozšíření znalostí i o druzích, které nejsou využívány jako modelové a tedy u nich není zmapován celý genom. Ve své práci jsem se zabývala vlivem selekce na kandidátní geny behaviorálních adaptací spojených především s biorytmy. Zajímalo mě porovnání genetické variability mezi blízce příbuznými druhy pěvců z tropické a temperátní zóny. Tato prostředí se liší především ve stabilitě podmínek. Tropické druhy žijí ve velmi stabilních podmínkách s celkově nízkou sezónností, na rozdíl od druhů temperátních. Právě kvůli střídání krátkých období s příznivými podmínkami a obdobími nepříznivými, dochází u temperátních druhů k migraci a její načasování je pro tyto druhy životně důležité. Předpokládala jsem tedy snížení genetické variability u migrujících druhů temperátní zóny, oproti druhům tropickým, v důsledku stabilizující selekce. Studie je založena na analýzách mikrosatelitových lokusů v oblasti exonů. Z důvodu možného snížení genetické variability z jiných příčin je do studie zapojena i kontrolní analýza neutrálních mikrosatelitů, u kterých nepředpokládáme vliv selekce. U tropických druhů jsem...
Populační genetika včel
Beranová, Tereza ; Straka, Jakub (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Včely jsou jednou z hospodářsky nejdůležitějších skupin hmyzu, která se podílí na opylování zemědělských plodin. Tato bakalářská práce je rešerší článků, které se zabývají genetickou rozmanitostí včel (Apoidea, Anthophila) a faktory, které tuto genetickou diverzitu ovlivňují. Představuje vlivy jak antropogenních faktorů, jako je urbanizace, intenzifikace zemědělství, fragmentace krajiny, tak neantropogenních faktorů, které zahrnují změny klimatu a přirozených podmínek, dopady napadení parazity a patogeny na populace včel. Část bakalářské práce tvoří všeobecný přehled o životě včel a uvedení do základů populační genetiky. Hlavním cílem bakalářské práce je zjistit, jak rozsáhlá je problematika úbytku opylovačů, zejména volně žijících včel s předložením základního přehledu metod, které se v těchto studiích využívají. Klíčová slova: populace, DNA analýza, ohrožení, zachování genetické rozmanitosti, včely, biogeografie
Genetické důsledky dramatických změn kontaktu a velikosti populací bobra evropského (Castor fiber)
Náhlovský, Jan ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Hulva, Pavel (oponent)
Bobři prošli v posledních několika staletích dramatickým snížením velikosti populací následovaným expanzí podpořenou reintrodukcemi. V důsledku tohoto bottlenecku je zřejmě genetická variabilita velmi ochuzena. Je známo 31 recentních mitochondriálních haplotypů, přičemž některé byly popsány vícekrát nezávisle na sobě. Tyto haplotypy jsou rozděleny do dvou větví, na jejichž základě je rozpoznávána západní a východní ESU. Lokusy mikrosatelitů mají středně velkou variabilitu, naopak diverzita lokusů na chromozomu Y je velmi nízká. U druhého exonu MHC genu DRB bylo popsáno pouze deset alel. Žádný mitochondriální haplotyp ani MHC alela nejsou sdíleny napříč reliktními populacemi. Tato výrazná genetická struktura není u vzorků z doby před bottleneckem patrná. Popsané poddruhy bobra evropského jsou tedy pouze artefaktem posledního bottlenecku. Nově ustavené populace jsou často tvořeny bobry s různým původem a jsou více či méně prokřížené. Zdá se, že tyto admixované populace vykazují vyšší životaschopnost, a naopak u některých reliktních populací lze najít známky inbrední deprese. Při reintrodukcích je tedy výhodné použít jedince z několika zdrojových reliktních populací, popřípadě použít bobry z admixovaných populací. Více druhů prošlých bottleneckem a recentní expanzí vykazuje podobnosti s populační strukturou...
Využití konzervativních mikrosatelitových lokusů pro studium populační struktury afromontánních ptáků
Franková, Martina ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bartáková, Veronika (oponent)
Horské ostrovy jsou vysokohorské habitaty, které jsou od sebe geograficky oddělené okolními nížinami. Tyto dynamické systémy ovlivňují distribuci druhů a strukturu populací. Jsou to také generátory diverzity s vysokým stupněm endemismu a nabízí značný potenciál ke zkoumání toho, jak různé evoluční procesy vedou k tvorbě druhů. Tato práce byla zaměřena na analýzu populační struktury šesti druhů pěvců žijících na horských ostrovech Kamerunské vulkanické linie. Pro analýzu byly využity konzervativní mikrosatelitové lokusy. Otestovala jsem 17 konzervativních lokusů, z nichž každý se amplifikoval vždy minimálně u 4 druhů. I přes nižší variabilitu lokusů a vyšší výskyt nulových alel, jsem byla schopna data využít v populačních studiích. Mezi populacemi endemických druhů Cyanomitra oritis a Arizelocichla tephrolaema jsem detekovala nárůst genetické diferenciace a téměř nulový tok genů mezi horskými ostrovy. Druhy se širokým rozšířením Cinnyris reichenowi a Linurgus olivaceus naopak v horských ostrovech izolované. Izolace ostrovů tedy nebránila disperzi druhů. U druhů Cryptospiza reichenovii a Turdus pelios jsem zaznamenala částečnou izolaci mezi horskými ostrovy, tyto druhy se však lišily mírou a směrem nedávného toku genů. Výsledné populační struktury jsou pravděpodobně významně ovlivněny schopností disperze...
Koevoluce tropických ptačích ektoparazitů
Gajdošová, Magdalena ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Votýpka, Jan (oponent)
Vazby parazitických druhů na druhy hostitelské vznikají dvěma způsoby: kospeciací hostitelským přeskokem. K výzkumu těchto událostí a ekologických faktorů, které jejich frekvenci mohou ovlivňovat, jsou tradičně využívány jako modelová skupina všenky. Doposud byly provedeny desítky analýz zkoumajících kospeciace a hostitelské přeskoky srovnáváním fylogenezí všenek a hostitelů, téměř výhradně se však zaměřovaly na parazity mírného pásma. Tropické prostředí, které je ekologicky velmi unikátní, by parazitických asociací. Tato práce proto doplňuje poznatky o kospeciacích tropech analýzou proběhlé koevoluce mezi dvěma rody všenek a pralesa v Kamerunu. Ukazuje, že všenky v tropech kospeciují poměrně vzácně. Na základě předpokladu, že hostitelské přeskoky, které jsou v tropech zřejmě častější než kospeciace, neprobíhají zcela náhodně, ale preferenčně na hostitele, kteří disponují určitými vlastnostmi, dále e analyzuje, zda příbuznost všenek souvisí s určitými vzájemnými podobnostmi jejich hostitelů. Nebyl nalezen vliv morfologie ani prostorového rozšíření hostitelů, nicméně příbuznost všenek silně souvisí s příbuzností hostitelů a tento jev je výrazně patrný obzvláště v některých

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 61 záznamů.   začátekpředchozí21 - 30dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.