|
|
Algoritmy pro vyhledávání transkripčních motivů
Peřinová, Barbora ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů v sekvencích DNA. V první části je popsán proces transkripce DNA, význam transkripčních motivů a je uveden přehled databází transkripčních motivů. Druhá část obsahuje rozdělení algoritmů pro vyhledávání transkripčních motivů a detailně popisuje sedm existujících algoritmů. V praktické části byly vytvořeny funkce pro analýzu podle algoritmu Oligo-Analysis. Vytvořené funkce byly validovány na uměle vytvořených sekvencích s vnesenými motivy. Dále byla provedena analýza dvou rodin koregulovaných genů a výsledky porovnány s hodnotami, kterých dosáhli autoři algoritmu Oligo-Analysis.
|
|
|
Znakově-orientované metody DNA barcodingu
Kalianková, Kateřina ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem znakově orientovaných metod DNA barcodingu. Úvod obsahuje informace o DNA barcodingu a znakově orientovaných metodách DNA barcodingu. V teoretické části je popsána metoda CAOS, metoda BLOG a metoda BLAST. V praktické části je popsána práce s programem BLAST a rovněž je zde popsána teorie a realizace vlastní metody. V závěru jsou shrnuty výsledky analýzy.
|
|
|
Preference synonymních kodonů v mitochondriálním genomu
Urbanová, Hedvika ; Cicková, Pavlína (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá preferencí synonymních kodonů v mitochondriálním genomu. Jsou zde teoreticky rozebrány základní pojmy z oblastí bioinformatiky a genetiky. Kodonová preference je představena spolu s parametry, které ji charakterizují. Praktická část bakalářské práce se zabývá návrhem funkcí pro výpočet parametrů kodonové preference. Mezi naprogramovanými parametry je relativní četnost synonymních kodonů, relativní adaptační index, kodonový adaptační index a homozygotnost kodonů. Dále je provedena analýza kodonové preference u mitochondriálního genomu Homo sapiens.
|
|
|
Fourierova transformace a spektrogramy v analýze DNA sekvencí
Krejčí, Michal ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
V této diplomové práci jsou v teoretické části popsány metody úprav DNA sekvencí pro frekvenční analýzu a základní vlastnosti DNA. Využitím krátkodobé Fourierovy transformace jsou vytvořeny barevné spektrogramy, pomocí kterých můžeme rozpoznávat některé charakteristické vzory v DNA. V praktické části práce je popsán program sloužící k vytvoření spektrogramů a k následné analýze. Dále je vytvořena analýza vybraných úseků genomu C. elegans. Nalezené vzory jsou porovnány s daty z databáze NCBI. Je zde poukázáno na vztah vytvořených spektrogramů a oblastí kódujících proteiny. Jsou zde uvedeny spektrogramy dobře rozeznatelných vzorů tvořených tandemovými repeticemi složenými ze satelitů, mikrosatelitů a minisatelitů.
|
|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
|
|
Vliv redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů
Kosková, Markéta ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá vlivem redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů. Na začátku teoretické části je popsán pojem druh, jeho vývoj a s ním související mutace. V další časti je uvedena taxonomie, především ta molekulární, a DNA barcoding spolu s popisem mitochondriální DNA a jeho využitím k identifikaci druhů. Na konci teoretické části se nachází informace o nukleotidových denzitních vektorech, na které navazuje praktická část. V ní je pomocí Matlabu provedena analýza ošetření okrajů denzitních vektorů na 188 sekvencích. S nejlepší hodnotou je následně provedena identifikační analýza organismů a její vyhodnocení při použití denzitních vektorů pro jednotlivé nukleotidy a jejich sumy. To pro 4 soubory referenčních a 5 souborů analyzovaných sekvencí stejných druhů.
|
|
|
Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu
Jurečková, Kateřina ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje literární rešerši na témata databáze GenBank, její nejpoužívanější datový formát gbk a jeho srovnání s dalšími používanými formáty sekvenčních dat. Dále práce popisuje strukturu mitochondriální DNA živočichů a rostlin, u rostlin blíže popisuje i DNA plastidovou. V praktické části se práce zaměřuje na vyhodnocení úspěšnosti automatické extrakce dat z gbk formátu pro celé mitochondriální sekvence pomocí funkce genbankread z Matlabu. A popisuje nově vytvořenou aplikaci na extrakci dat z GenBank souborů. V závěru je tato aplikace využita při analýze mitochondriálních genomů.
|
|
|
Numerické reprezentace proteinových sekvencí pro klasifikaci
Bartoň, Vojtěch ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
S rozmachem bioinformatiky vyvstala možnost analyzovat a~srovnávat i~rozsáhlé soubory nejen genomických, ale i~proteomických sekvencí. Byla tedy nutnost zavést numerické reprezentace sekvencí pro jejich počítačové zpracování. Reprezentace proteinových sekvencí má svá specifika a~často vyšší výpočetní náročnost, než reprezentace genomických sekvencí. V~práci je představeno několik různých metod přístupu k~numerickým reprezentacím proteinů. Vybrané metody jsou poté testovány na setu mitochondriálně kódovaných proteinů a srovnány se standardní taxonomií a s běžně používanou symbolickou reprezentací.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků pomocí nukleotidových denzitních vektorů
Sikorová, Eva ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v sekvencích DNA pomocí nukleotidových denzitních vektorů. První část práce obsahuje náhled na strukturu DNA, expresi genetické informace, podrobnější rozbor CpG ostrůvku a především metody jejich detekce. V praktické části byl v prostředí MATLAB realizován algoritmus pro grafické zobrazení nukleotidů na základě jejich denzit a detekci CpG ostrůvků z uměle vytvořených i reálných sekvencí DNA. Součástí práce je analýza dvaceti sekvencí s očekávaným obsahem CpGIs a srovnání výsledků vytvořeného programu s dvěma internetovými vyhledávači.
|
|
|
Molekulární taxonomie pomocí mitochondriální DNA
Kalianková, Kateřina ; Babula, Petr (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá molekulární taxonomií pomocí mitochondriální DNA. V úvodu je popsána taxonomie obecná a molekulární. V teoretické části je dále popsána struktura a složení živočišné buňky, deoxyribonukleové kyseliny a mitochondriální deoxyribonukleové kyseliny. Další část obsahuje informace o DNA barcodingu a numerických metodách reprezentace genomických sekvencí. V praktické části je popsán program zvolené numerické metody pro zpracování genomických sekvencí a programy pro tvorbu a přiřazování sekvencí referenčním druhům.
|
host ::
RSS.