|
|
Predikce sekundární struktury RNA sekvencí
Klímová, Markéta ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Sekundární struktura RNA hraje roli v mnoha biologických procesech. Efektivní predikce této struktury může poskytnout informace pro další zkoumání těchto procesů. V současnosti existuje mnoho dostupných programů pro predikci sekundární struktury RNA, některé pracují s jednou sekvencí RNA, jiné využívají více zarovnaných sekvencí organismů se společným předkem. U většiny metod jsou stále problémem pseudouzly. Tato práce představuje některé metody, veřejně dostupný software a popisuje vlastní realizaci metody minimalizace volné energie.
|
|
|
Vliv numerických reprezentací DNA na úspěšnost molekulární taxonomie
Blaschová, Eliška ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce seznamuje s klasickou a molekulární taxonomií, které se používají ke klasifikaci organismů. Představuje směr DNA barcodingu jako možnost jak přiřadit neznámý vzorek organismu k známému druhu. Získané sekvence mitochondriální DNA při DNA barcodingu je třeba zpracovat vhodnou metodou numerické reprezentace, která bude správně informovat o příslušnosti neznámého organismu k druhům a dokáže jej tedy správně zařadit. V této práci jsou použity k porovnání sekvencí organismů celkem tři metody numerické reprezentace, a to 1. a 4. kvadrant, EIIP hodnoty a třívektorová reprezentace. V praktické části je naprogramována identifikační analýza, která přiřazuje testovaným organismům referenční organismus. Testování je provedeno na 4 referenčních souborech a 5 analyzovaných souborech. Práce shrnuje úspěšnost přiřazení správné reference pro vybrané metody numerické reprezentace.
|
|
|
Evoluční modely pro vyhodnocení příbuznosti organismů
Gregorová, Kateřina ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce je zaměřená na studium a popis evolučních modelů pro vyhodnocení evoluční vzdálenosti DNA sekvencí a proteinových sekvencí v aminokyselinové a kodónové reprezentaci. V rámci této práce byl vytvořen program, který vyhodnocuje genetickou vzdálenost sekvencí DNA a proteinů za použití některých evolučních modelů. Program vypočítá genetické vzdálenosti porovnávaných sekvencí a na jejich základě vykreslí fylogenetický strom. Takto lze relativně snadno a rychle vyhodnotit příbuznost organismů. Pro snadné ovládání je součástí vyhodnocovacího programu také grafické uživatelské rozhraní (GUI).
|
|
|
Algoritmy pro vyhledávání transkripčních motivů
Peřinová, Barbora ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů v sekvencích DNA. V první části je popsán proces transkripce DNA, význam transkripčních motivů a je uveden přehled databází transkripčních motivů. Druhá část obsahuje rozdělení algoritmů pro vyhledávání transkripčních motivů a detailně popisuje sedm existujících algoritmů. V praktické části byly vytvořeny funkce pro analýzu podle algoritmu Oligo-Analysis. Vytvořené funkce byly validovány na uměle vytvořených sekvencích s vnesenými motivy. Dále byla provedena analýza dvou rodin koregulovaných genů a výsledky porovnány s hodnotami, kterých dosáhli autoři algoritmu Oligo-Analysis.
|
|
|
Znakově-orientované metody DNA barcodingu
Kalianková, Kateřina ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem znakově orientovaných metod DNA barcodingu. Úvod obsahuje informace o DNA barcodingu a znakově orientovaných metodách DNA barcodingu. V teoretické části je popsána metoda CAOS, metoda BLOG a metoda BLAST. V praktické části je popsána práce s programem BLAST a rovněž je zde popsána teorie a realizace vlastní metody. V závěru jsou shrnuty výsledky analýzy.
|
|
|
Preference synonymních kodonů v mitochondriálním genomu
Urbanová, Hedvika ; Cicková, Pavlína (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá preferencí synonymních kodonů v mitochondriálním genomu. Jsou zde teoreticky rozebrány základní pojmy z oblastí bioinformatiky a genetiky. Kodonová preference je představena spolu s parametry, které ji charakterizují. Praktická část bakalářské práce se zabývá návrhem funkcí pro výpočet parametrů kodonové preference. Mezi naprogramovanými parametry je relativní četnost synonymních kodonů, relativní adaptační index, kodonový adaptační index a homozygotnost kodonů. Dále je provedena analýza kodonové preference u mitochondriálního genomu Homo sapiens.
|
|
|
Fourierova transformace a spektrogramy v analýze DNA sekvencí
Krejčí, Michal ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
V této diplomové práci jsou v teoretické části popsány metody úprav DNA sekvencí pro frekvenční analýzu a základní vlastnosti DNA. Využitím krátkodobé Fourierovy transformace jsou vytvořeny barevné spektrogramy, pomocí kterých můžeme rozpoznávat některé charakteristické vzory v DNA. V praktické části práce je popsán program sloužící k vytvoření spektrogramů a k následné analýze. Dále je vytvořena analýza vybraných úseků genomu C. elegans. Nalezené vzory jsou porovnány s daty z databáze NCBI. Je zde poukázáno na vztah vytvořených spektrogramů a oblastí kódujících proteiny. Jsou zde uvedeny spektrogramy dobře rozeznatelných vzorů tvořených tandemovými repeticemi složenými ze satelitů, mikrosatelitů a minisatelitů.
|
|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
|
|
Vliv redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů
Kosková, Markéta ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá vlivem redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů. Na začátku teoretické části je popsán pojem druh, jeho vývoj a s ním související mutace. V další časti je uvedena taxonomie, především ta molekulární, a DNA barcoding spolu s popisem mitochondriální DNA a jeho využitím k identifikaci druhů. Na konci teoretické části se nachází informace o nukleotidových denzitních vektorech, na které navazuje praktická část. V ní je pomocí Matlabu provedena analýza ošetření okrajů denzitních vektorů na 188 sekvencích. S nejlepší hodnotou je následně provedena identifikační analýza organismů a její vyhodnocení při použití denzitních vektorů pro jednotlivé nukleotidy a jejich sumy. To pro 4 soubory referenčních a 5 souborů analyzovaných sekvencí stejných druhů.
|
|
|
Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu
Jurečková, Kateřina ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje literární rešerši na témata databáze GenBank, její nejpoužívanější datový formát gbk a jeho srovnání s dalšími používanými formáty sekvenčních dat. Dále práce popisuje strukturu mitochondriální DNA živočichů a rostlin, u rostlin blíže popisuje i DNA plastidovou. V praktické části se práce zaměřuje na vyhodnocení úspěšnosti automatické extrakce dat z gbk formátu pro celé mitochondriální sekvence pomocí funkce genbankread z Matlabu. A popisuje nově vytvořenou aplikaci na extrakci dat z GenBank souborů. V závěru je tato aplikace využita při analýze mitochondriálních genomů.
|
host ::
RSS.