|
|
Exploration of extraterrestrial body impact and UV-driven transformation of atmospheres of terrestrial planets
Knížek, Antonín ; Ferus, Martin (vedoucí práce) ; Kabáth, Petr (oponent) ; Kopecký, Vladimír (oponent)
Klíčová slova: exoplanety, Země, impakty, fotochemie, infračervená spektroskopie, atmosférická chemie Impakty a fotochemie jsou dvěma významnými hnacími silami pro chemické přeměny v planetárních atmosférách. Zatímco UV záření produkované mladými hvězdami kontinuálně poskytuje energii, impakty jsou jednorázové události s dalekosáhlými důsledky. Zvlášť významné jsou pak impakty na mladých kamenných planetách, protože tyto planety jsou vystavovány mnohem vyšším tokům dopadající hmoty, obvykle nazývané "těžké bombardování". Toto bombardování je posledním dozvukem turbulentní planetární akrece a hraje důležitou roli při formování podmínek na planetách, včetně chemického složení, povrchu, chemie atmosfér, produkce aerosolů a pravděpodobně i vzniku života. Budoucí pozorování vesmírnými teleskopy, jako např. Vesmírný dalekohled Jamese Webba nebo Ariel, či pozemskými dalekohledy, jako např. Extrémně velký dalekohled, který je v současnosti konstruován v Chile, mohou určit, zda je toto těžké bombardování běžnou součástí evoluce terestrických planet. Jak impakty, tak fotochemie mohou být efektivně simulovány a studovány v laboratorních podmínkách pomocí moderních metod. Tato práce shrnuje naše výsledky zaměřené na rozpoznávání markerových molekul impaktů a s tím souvisejících termodynamických nerovnováh v...
|
|
|
Studium klastrů a nanočástic v molekulových paprscích různými metodami hmotnostní spektrometrie a optických spektroskopií
Moriová, Kamila ; Fárník, Michal (vedoucí práce) ; Kopecký, Vladimír (oponent)
Název práce: Studium klastrů a nanočástic v molekulových paprscích různými metodami hmotnostní spektrometrie a optických spektroskopií Autor: Kamila Moriová Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí bakalářské práce: doc. Mgr. Michal Fárník, Ph.D., DSc., Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR Konzultant: RNDr. Václav Profant, Ph.D., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Kondenzace ledů na povrchu prachových zrn a jejich následná akti- vace kosmickým zářením může v mezihvězdném prostředí vést ke vzniku kom- plexních chemických struktur. Tato práce se především zabývá studiem amonia- kových klastrů, které představují modelový systém ledových prachových částic. Na velké amoniakové klastry připravené v molekulových paprscích byly v zá- chytové komoře adsorbovány molekuly metanolu. Po elektronové ionizaci klastrů (NH3)N (CH3OH)M bylo získáno hmotnostní spektrum iontových fragmentů, ve kterém nad čistými amoniakovými fragmenty (NH3)nH+ převažovaly fragmenty obsahující metanol (NH3)n(CH3OH)mH+ : alespoň jednu molekulu metanolu ob- sahovalo 75 % fragentů. To je v nepoměru se složením původních neutrálních prekurzorů, které neobsahují ani 4 % metanolu. Na základě výsledků měření na- vrhujeme, že se přednostně ionizuje amoniak. Výsledkem ionizace je iontové jádro NH+ 4 obalené jak molekulami amoniaku, tak i metanolu, který má...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Study of protein structure and dynamics by means of optical spectroscopy
Pazderka, Tomáš ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Kaminský, Jakub (oponent) ; Setnička, Vladimír (oponent)
Název: Studium struktury a dynamiky proteinů pomocí optické spektroskopie Autor: Tomáš Pazderka Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí doktorské práce: RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Cílem práce je zdokonalit experimentální techniky vibrační spektrosko- pie (především vibrační optické aktivity - VOA) a metodiky pro zpracování dat, vedoucí k lepšímu pochopení struktury a dynamiky proteinů. Byla vypracována metodika pro intenzitní kalibraci spekter Ramanovy optické aktivity. Užitečnost metody byla demonstrována na ROA spektrech změřených na různých přístrojích a/nebo za použití více přístrojových konfigurací. Modifikací konvenčního přístro- je pro měření spekter vibračního cirkulárního dichroismu (VCD) byl sestaven spektrometr umožňující mikroskopická měření VCD spekter s prostorovým roz- lišením 1 mm. S využitím této techniky byly nalezeny prostorové nehomogenity ve vzorku proteinových fibril. Pomocí metod optické spektroskopie byly zkou- mány modelové molekuly pro neplanaritu amidové vazby a byly identifikovány klíčové spektrální znaky pro určování neplanarity amidové vazby a její absolut- ní konfigurace. Byla změřena úplná sada Ramanových spekter proteinogenních aminokyselin. Byly identifikovány a následně diskutovány závislosti spekter na koncentraci a formě vzorku. Rozhodovací...
|
|
|
Never Born Proteins: Occurence and characterization of secondary structure motifs
Treťjačenko, Vjačeslav ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Kopecký, Vladimír (oponent)
Studium náhodných proteinových sekvencí skýtá velký potenciál pro pochopení původu a mechanismu tvorby hydrofobního jádra a uspořádané struktury proteinů. V této práci byla provedena biofyzikální charakterizace pěti proteinových sekvencí bez homologie s dosud známými proteiny. Sekvence byly vybrány na základě bioinformatické analýzy, jenž spočívala ve vyhodnocení 10 0000 náhodných polypeptidových řetězců pomoci prediktorů sekundárních struktur, rozpustnosti a celkové proteinové neuspořádánosti. Charakterizace vedla k potvrzeni přítomnosti sekundárních struktur a v některých případech také k odhalení náznaků nativního uspořádání proteinů - tvorby stabilního hydrofobního jádra a tendenci k specifické oligomerizaci. Přestože uvedená práce je pouze součásti většího projektu, výsledky již teď naznačují, že náhodne proteinové sekvence mají potenciál k tvorbě sekundární i terciární struktury Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Studium dynamiky proteinů pomocí optické spektroskopie
Pazderka, Tomáš ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Maloň, Petr (oponent)
V rámci diplomové práce byl vytvořen a otestován software pro dvoudimenzionální korelační spektroskopii (2DKoS). Na modelových případech byly otestovány jednotlivé možné jevy v 2DKoS analýze vibračního cirkulárního dichroismu. Pro účely praktické aplikace 2DKoS byly změny teplotní a časové závislosti Ramanových spekter a spekter Ramanovy optické aktivity proteinu lysozymu. Fibrilace a teplotní denaturace lysozymu byla analyzována pomocí 2DKoS a faktorové analýzy (FA). Druhým studovaným systémem byly proteiny NKR_P1A a NKR_P1C, jejich teplotní dynamika byla monitorována pomocí infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací a Ramanovy spektroskopie. Pomocí 2DKoS se podařilo charakterizovat dynamické chování všech studovaných protein.
|
|
|
Charakterizace proteinů dráhy 2'-5' oligoadenylátů pomocí vibrační spektroskopie
Víšová, Ivana ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Bednárová, Lucie (oponent)
Práce se zabývá strukturní charakterizací dvou významných proteinů dráhy 2'-5' oligoadenylátů, účastnících se imunitní odpovědi organismu na virovou infekci. Studována byla ankyrinová doména myší RNasy L, C-terminální část lidské fosfodiesterázy 12 a následně kompletní lidská fosfodiesteráza 12. Proteiny byly charakterizovány pomocí Ramanovy spektroskopie, infračervené spektroskopie, elektronového cirkulárního dichroismu, dynamického rozptylu světla a jako doplňková měření byla provedena kalorimetrie a gelová elektroforéza. Pro jednotlivé proteiny byla stanovena sekundární struktura, teplotní stabilita, velikost oligomerů a obecně byla provedena jejich základní charakterizace výše zmíněnými metodami.
|
host ::
RSS.