|
|
Limitations of variant consequence predictors
Břicháčková, Kateřina ; Daněček, Petr (vedoucí práce) ; Kolář, Michal (oponent)
Díky mnohým rozsáhlým sekvenačním projektům se množství nalezených genomických variant stále zvyšuje. Klíčovým krokem v analýze těchto dat je jejich funkční ano- tace, jež pomáhá varianty kategorizovat, filtrovat a prioritizovat pro další výzkum. Tato práce seznamuje s pěti běžně používanými programy pro určování důsledků vari- ant, poskytuje rady, jak je používat, a stručně představuje algoritmy, které používají. Mimo to jsou zde popsány různé datové formáty, genomové anotace a lidský referenční genom. Správnost reference je velice důležitá, neboť na ní spoléhají všechny programy. Práce upozorňuje na určité situace, ve kterých se výsledky z různých programů mohou navzájem lišit. Pro všechny testy byla použita Ensembl genová anotace (release 92) a referenční genom GRCh38.
|
|
| |
|
|
Hodnocení sběracího vozu STRAUTMANN GIGA VITESSE CFS 440
KOLÁŘ, Michal
Tato diplomová práce je zaměřena na hodnocení sběracího vozu Strautmann Giga Vitesse v podniku zemědělské prvovýroby. Měření probíhalo při sklizní zavadlé píce, luskovinoobilné směsky a obilné slámy. Literární část je zaměřena na historický vývoj sběracích vozů, agrotechnické požadavky, hlavní části, ze kterých se vozy skládají, informace o výrobci zemědělské techniky firmě Strautmann a vozech Giga Vitesse. Praktická část obsahuje hodnocení kvality práce od sběru rostlinné hmoty z řádků až po vyprázdnění, ale také výpočet jednotlivých výkonností a ekonomické zhodnocení. Výsledné informace vychází z hodnot naměřených při práci sběracího vozu, jako jsou pracovní časy, množství nesebrané rostlinné hmoty nebo délka řezanky. Potřebné údaje pro ekonomické zhodnocení vozu poskytlo vedení podniku Dražovický AGROPOL s.r.o. Výsledné hodnoty jsou uvedeny ve formě tabulek nebo graficky.
|
|
|
Visual tracking systém pro UAV
KOLÁŘ, Michal
Diplomová práce se zabývá analýzou současných možností pro sledování objektů v obraze, na základě které je navržen postup pro tvorbu systému schopného sledovat objekt zájmu. Součástí práce je navržení virtuální reality pro potřeby implementace sledovacího systému, jež je ve finále nasazen a testován na reálném prototypu bezpilotního prostředku.
|
|
| |
|
|
Does the Accrual Anomaly Persist? Evidence from the U.S. Stock Market
Kolář, Michal ; Kočenda, Evžen (vedoucí práce) ; Korbel, Václav (oponent)
Pro investory, finanční instituace i ekonomy je důležité vědět, co způsobuje výkyvy cen akcií a jejich výnosy. Není to důležité jen proto, že investoři mohou rozpoznat pravou příčinu pohybů cen akcií, ale akcie a akciové trhy celkově jsou vnímány jako teploměry celé ekonomiky. Hypotéza efektivních trhů předpokládá, že akciové trhy jsou oceněny efektivně. Akruální anomálie je však příklad jedné z největších neefektivností na akciovém trhu. Cílem této diplomové práce je zkoumat, zda se akruální anomálie začala v nedávné době zmenšovat. Analyzujeme, zda zvětšující se počet institucionálních fondů obchodujících s využitím akruální anomálie, přítomnost cash flow odhadů a kvalita zisků, můžou být příčinou pro zmenšení efektu akruální anomálie. Robustní MM regrese je použita pro odhad toho, zda se efekt akruální anomálie zmírňuje. Analýza se soustředí na akciový trh Spojených států amerických. Pomocí estimací potvrzujeme, že se velikost akruální anomálie zmenšuje díky institucionálním fondům obchodujícím "na" tuto anomálii a také díky kvalitě reportovaných zisků pro sledované období od roku 1991 do 2015. Přítomnost cash flow odhadů, podle našich výsledků, nemá vliv na velikost akruální anomálie.
|
|
|
Relationship between Stock Returns and Net Income: Evidence from U.S. Market
Kolář, Michal ; Kočenda, Evžen (vedoucí práce) ; Krištoufek, Ladislav (oponent)
Je důležité vědět, zda firemní zisky ovlivňují výnosy akcií. Není to důležité jen proto, že investoři mohou rozpoznat pravou příčinu pohybů cen akcií, ale pohyby cen akcií a akciové trhy celkově jsou vnímány jako teploměry celé ekonomiky. Mnoho studií již bylo o tomto tématu napsáno, ale jejich závěry jsou nejednoznačné. Cílem této diplomové práce je vyhodnotit vztah mezi firemním ziskem a akciovými výnosy. K tomu jsou použity dva přístupy a to panelové modely a vícenásobná lineární regrese. Zkoumána jsou data společností z S&P500 indexu. Dále je v práci vyšetřována heterogenita v závislosti na jednotlivých společnostech a na čase. Navíc jsou do modelů zahrnuty i další faktory, u kterých bylo již dříve prokázáno, že vysvětlují pohyby v akciových výnosech. Výsledky z panelové regrese nám říkají, že pravděpodobně neexistuje vztah mezi firemním profitem a akciovými výnosy. Dále výpočty ukazují přítomnost náhodných efektů mezi jednotlivými společnostmi a tři strukturální šoky závislé na čase. Kromě toho také panelové modely potvrzují statistickou významnost proměnných jménem index spotřebitelského sentimentu a procentuální změna v hodnotě vlastního jmění společnosti. Zároveň nám panelový model nepotvrzuje statistickou významnost proměnných jménem poměr dluhu k vlastnímu kapitálu a zprávy ohledně vývoje...
|
|
|
Molecular modelling in drug development
Kolář, Michal ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrášek, Jiří (oponent) ; Clark, Tim (oponent)
Molekulové modelování představuje etablovaný nástroj vědeckého výzkumu a nachází stále větší uplatnění i při návrhu léčiv. Disertační práce shrnuje výzkum počítačových metod pro popis flexibility molekul a mezimolekulových interakcí. Práce obsahuje sedm původních publikací a doprovodný text, jež si klade za cíl uvést čtenáře do problematiky molekulových simulací a vysvětlit souvislosti s počítačovým návrhem léčiv. Část o molekulové flexibilitě zahrnuje studii interakcí malé molekuly s DNA, a dále dvě studie o významu konformačních změn pro solvatační energie malých molekul. Přístup, jež flexibilitu molekul zcela zanedbává a molekuly považuje za rigidní ob- jekty, je detailně zkoumán a srovnávám s experimentálními daty s ambicí navrhnout možnosti, jak konformační volnost molekul do výpočtů zahrnout v případech, kdy je to nevyhnutelné. V druhé části jsou představeny mezimolekulové interakce halogen- ovaných molekul a je zdůrazněna jejich role v medicinální chemii. Následně je zave- den nový počítačový model, jež umožňuje zjednodušený popis těchto interakcí; jeho kvalita a limity jsou testovány porovnáním výpočtů s referenčními ab initio a experi- mentálními údaji. 1
|
|
|
Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico experiment
Kolář, Michal
Author: Michal Kolář The Role of London Dispersion Forces in DNA structure stability: in silico experiment By means of computer simulations the role of the dispersion forces was elucidated. The free energy calculations obtained from the biased molecular dynamics and the simulations of the Dickerson's dodecamer of DNA suggested that the dispersion forces are important for the structure determination. While the overall aggregation of the DNA strands is attributed to the hydrophobic effect of the surrounding water, the particular conformation of the DNA, i.e. double helix, is claimed to be stabilised by London dispersion forces. These conclusions are with agreement with the previous theories. Keywords: dispersion force, DNA, molecular dynamics, hydrophobic effect, free energy Author: Michal Kolář Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico exper- iment Pomocí metod výpočetní chemie byla vyšetřována úloha disperzních sil ve stabilitě struk- tury DNA. Za účelem určení volné energie asociace bazí nukleových kyselin ve vodném prostředí byly provedeny molekulově dynamické simulace na pozměněné potenciálové hy- perploše a tyto výsledky byly porovnány se simulacemi Dickersonova dodecameru. Dis- perzní energie byla shledána jako důležitá komponenta...
|
|
| |
host ::
RSS.