Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 26 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Aproximace metodou TLS: lineární fitování dat pro problémy s nepřesným modelem
Pokorná, Kateřina ; Hnětynková, Iveta (vedoucí práce) ; Duintjer Tebbens, Erik Jurjen (oponent)
V předložené práci se budeme zabývat lineární aproximační úlohou, kde pozorování i model jsou zatíženy chybami, a zaměříme se na problém úplných nejmenších čtverců (TLS), jímž lze takové úlohy řešit. Shrneme klasickou teorii existence a jednoznačnosti TLS řešení, uvedeme klasický TLS algoritmus a podíváme se na komplikace, které mohou při jeho implementaci nastat. Dále budeme studovat singulární rozklad (SVD) matice, jež se využívá při konstrukci TLS řešení. Podrobně popíšeme metodu jeho výpočtu. Protože je výpočet SVD poměrně náročný, soustředíme se dále na možnost aproximace jeho části potřebné ke konstrukci TLS řešení, tzv. singulárních tripletů, založené na Golub-Kahanově iterační bidiagonalizaci. Nakonec budeme v numerických experimentech testovat vliv kva- lity aproximace nejmenších singulárních tripletů na spočtené TLS řešení. 1
Bohl-Marek decomposition applied to a class of biochemical networks with conservation properties
Papáček, Štěpán ; Matonoha, Ctirad ; Duintjer Tebbens, Jurjen
This study presents an application of one special technique, further called as Bohl-Marek decomposition, related to the mathematical modeling of biochemical networks with mass conservation properties. We continue in direction of papers devoted to inverse problems of parameter estimation for mathematical models describing the drug-induced enzyme production networks [3]. However, being aware of the complexity of general physiologically based pharmacokinetic (PBPK) models, here we focus on the case of enzyme-catalyzed reactions with a substrate transport chain [5]. Although our ultimate goal is to develop a reliable method for fitting the model parameters to given experimental data, here we study certain numerical issues within the framework of optimal experimental design [6]. Before starting an experiment on a real biochemical network, we formulate an optimization problem aiming to maximize the information content of the corresponding experiment. For the above-sketched optimization problem, the computational costs related to the two formulations of the same biochemical network, being (i) the classical formulation x˙(t) = Ax(t) + b(t) and (ii) the 'quasi-linear' Bohl-Marek formulation x˙M(t) = M(x(t)) xM(t), can be determined and compared.
The small sample size problem in gene expression tasks
Athanasiadis, Savvas ; Duintjer Tebbens, Erik Jurjen (vedoucí práce) ; Kalina, Jan (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Savvas Athanasiadis Školitel: Jurjen Duintjer Tebbens Název diplomové práce: The small sample size problem in gene expression tasks Práce se zabývá klasifikací genů do nádorových typů na základě je- jich genových expresí. Počet proměnných (aminokyselin), které mají být zk- oumány, je typicky velmi vysoký (v tisících), zatímco je drahé a časově náročné analyzovat velký počet genů; obvykle maximálně desítky z nich jsou k dispozici. Kombinace malého počtu vzorku s velkým počtem proměnných činí standardní metody statistické klasifikace nevhodnými. Práce se zaměřuje na modifikaci klasické metody klasifikace, Fisherova lineární diskriminační analýza, pro případ, kde počet vzorků je menší než počet proměnných. Navrhuje zlepšenou strategii pro testování této modi- fikace a to metodou křížové validace typu leave-one-out. Pomocí aktualizace zúčastněných kovariančních matic s maticemi nízké hodností, lze dosáhnout řádové snížení výpočetních nákladů v metodě křížové validace. Požadavky na paměť jsou též sníženy.
Bezmaticové předpodmínění
Trojek, Lukáš ; Duintjer Tebbens, Erik Jurjen (vedoucí práce) ; Tůma, Miroslav (oponent)
Tato diplomová práce se zaměří na téma bezmaticové předpodmínění lineárního systému. Práce uvede čtenáře stručně do oblasti iteračních metod, předpodmínění a bezmaticového prostředí. Důraz je pak kladen na podrobný popis varianty LU rozkladu, kterou lze provést bezmaticově a na novou s touto variantou spojenou techniku pro předpodmínění neúplnými LU faktory v bezmaticovém prostředí. Hlavní myšlenka spočívá v tom, že není vyžadováno uložení obou faktorů L a U a že uložený faktor lze vypočítat s nízkými paměťovými náklady. Práci uzavřeme numerickými experimenty demonstrující efektivitu navrhnuté techniky.
Efektivní implementace metod pro redukci dimenze v mnohorozměrné statistice
Pekař, Vojtěch ; Duintjer Tebbens, Erik Jurjen (vedoucí práce) ; Hnětynková, Iveta (oponent)
V naší práci si klademe za cíl především zefektivnit implementaci klasifikační metody, která se nazývá lineární diskriminační analýza. Jde o model mnohorozměrné statistiky, který má na základě určitého množství vzorků a jejich příslušnosti k určité skupině zařadit do skupiny vzorek nový. Zaměřujeme se zejména na její vysoce dimenzionální verzi, což znamená, že množství vstupních parametrů je tak velké, že převyšuje počet vzorků a v důsledku toho úloha vede na singulární kovarianční matici. Pro příliš velká data mohou být běžně užívané metody prakticky nepoužitelné z důvodu vysokých výpočetních nákladů. Z toho důvodu nahlížíme na téma z pohledu numerické lineární algebry a vzniklé úlohy upravujeme na jejich ekvivalentní formulaci s mnohem nižší dimenzí. Nabízíme tak nové způsoby řešení, k tomu poskytujeme příklady konkrétních algoritmů a diskutujeme jejich efektivitu. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
Maticové výpočty pro roztoky a směsi vícesložkové
Voborníková, Iveta ; Duintjer Tebbens, Erik Jurjen (vedoucí práce) ; Bernhauerová, Veronika (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Iveta Voborníková Vedoucí diplomové práce: doc. Dipl.-Math. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Název diplomové práce: Maticové výpočty pro roztoky a směsi vícesložkové V této práci jsme stanovili koncentrace léčiv ze směsí pomocí multikomponentní analýzy, aniž bychom je od sebe oddělili. Podmínkou byla znalost molárních absorpč- ních koeficientů jednotlivých léčiv při určitých vlnových délkách. K tomu jsme použili nástroje z maticových výpočtů, zejména Moore-Penroseovu inverzi, a zajímalo nás, zda dosáhneme přesnějších výsledků s využitím přesně určených systémů nebo přeurčených systémů lineárních rovnic. Na základě zjištěných výsledků jsme došli k závěru, že neexistuje závislost mezi přesností výsledků a využitým počtem vlnových délek. Pouze v některých případech se jevilo přesnější dosažení výsledků při použití přeurčených systémů s vyšším počtem vlnových délek. Klíčová slova: směsi, roztoky, lineární soustavy, problémy nejmenších čtverců, Moore- Penroseova pseudoinverze 1
Mathematics and Optimal control theory meet Pharmacy: Towards application of special techniques in modeling, control and optimization of biochemical networks
Papáček, Štěpán ; Matonoha, Ctirad ; Duintjer Tebbens, Jurjen
Similarly to other scienti c domains, the expenses related to in silico modeling in pharmacology need not be extensively apologized. Vis a vis both in vitro and in vivo experiments, physiologically-based pharmacokinetic (PBPK) and pharmacodynamic models represent an important tool for the assessment of drug safety before its approval, as well as a viable option in designing dosing regimens. In this contribution, some special techniques related to the mathematical modeling, control and optimization of biochemical networks are presented on a paradigmatic example of enzyme kinetics.
Mathematics and implementations of physiologically based pharmacokinetic modeling
Rakhimov, Yestay ; Duintjer Tebbens, Erik Jurjen (vedoucí práce) ; Klemera, Petr (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biofyziky a fyzikální chemie Kandidát: Yestay Rakhimov Školitel: doc. Erik Jurjen Duintjer Tebbens, Ph.D. Název diplomové práce: Mathematics and implementations of physiologically based phar- macokinetic modeling Práce se věnuje některým základním aspektům farmakokinetického modelování, které se používají k popisu farmakokinetických procesů. Pochopení těchto procesů je důležité například pro stanovení optimálních koncentrací dávkování léků. Diplomová práce se zaměřuje na matematické důkazy řady farmakokinetických rovnic, které často nejsou uvedeny ve standardních knihách. Odvozené rovnice jsou ilustrovány numerickými experimenty pro určitý lék v softwaru PharmCalcCl a MATLAB. 5

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 26 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.