|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Kombinovaný QM/MM popis interakcí organokovových léčiv na bázi 'piano-stool' Ru(II) komplexů s oligomerními modely DNK
Zábojníková, Tereza ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Sychrovský, Vladimír (oponent)
Tato práce se zabývá hydratací čtyř organokovvých léčiv na bázi 'piano-stool' Ru(II) struktury. Jedná se o nalidixovou kyselinu, thio-nalidixovou kyselinu, ofloxacin a cinoxacin. U všech čtyř komplexů byly spočteny termodynamické parametry 3 možných reakcí s vodou. Jelikož se jedná o kyseliny, byly reakce zkoumány pro protonované i deprotonované struktry, aby byla získána představa o chování v kyselém i neutrálním prostředí. Optimalizace byla provedena metodou hustotního funkcionálu B3PW91 v bázi 6-31+G*. Následně byla spočtena energie zoptimalizovaných struktur v bázi 6-311++G(2df,2pd)metodou B3LYP a byla provedena NPA analýza za účelem zjištění parciálních nábojů.
|
|
| |
|
|
Noncovalent Interactions in the Gas Phase and Aqueous Solution: Theoretical Study
Zendlová, Lucie ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Burda, Jaroslav (oponent) ; Vondrášek, Jiří (oponent) ; Jurečka, Petr (oponent)
5 Zál,ěr \/ části ia) prezentované práce jsme porovnali stabilitu a molekulovou interakci mezi adeninem...tyminem, guaninem...cýosinem a jejímimetylovanými 11alogy s malým počtem molekul vody a organických rožpouŠtědel.(CH3óH, DMSO a CHCI3). Pozorovali jsme odlišnéinterakce mezibázemi a studovanými solventy. Zatimco voda a CH3OH stabilizují S struktury párit bazi vetšímpočtem vodíkových vazeb než je moŽno v HB strukturacň, čHct:molekula nemá tuto v|astnost a jsou preferovány HB struktury s molekulami rozpouštědla nad a pod rovinou bází. DMSo molekula je jedinečná svou velikostí ve srovnání s ostatními rozpouštědly a mezi páry bazí s DMSo rozpouštědlem jsou nejvíce zastoupené jsou T struktury. . V části ib) prezentované práce jsme dospěli k několika závěrum za|oženýmna MD, SCC-DFTB-D a CoSMo výpočtech: i) nahrazení nukleové báze modifikovanou nukleobází X vede převážně ke strukturálním změnám centrálního páru (patrové uspořádání centrálního modifikovaného páru). Pouze s nejmenšími modifikovanými nukleobázemi P' centrá,lni pár bazí (A-P' P-T a P-P) zustane planární. V případě B-T' A-B nebo D- D ve specifické orientaci je jedna z modifikovaných bazi X výIačenaven z DNA duplexu. ii) Se stoupajícíaromaticitou modifikovaných nukleobazí X roste stabilita patrového uspořádání iii) Nejvyššíselektivita mezi všemi...
|
|
|
Interaction of Metal Cations in Bioorganic Environment. Computational Study Using Quantum Mechanics and Molecular MechanicsTools.
Futera, Zdeněk ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Bouř, Petr (oponent) ; Clark, Tim (oponent)
Interakce kovových iontů v bioorganickém prostředí kvantově-chemická a molekulově-mechanická výpočetní studie Zdeněk Futera Biologicky významné interakce piano-stool Ru(II) komplexů s DNA jsou v této práci studovány QM/MM výpočetní metodou. Reakční mechanismus je rozdělen do tří částí - hydratace [RuII (η6 -benzene)(en)Cl]+ komplexu, následné navázání na DNA a vytvoření můstku mezi dvěma guaniny na stejném vlákně. Profily volné energie všech studovaných reakcí jsou spočteny metodou umbrella sampling z QM/MM MD simulací během nichž byl Ru(II) komplex popsán na úrovni DFT. Pro tento účel byl vytvořen QM/MM soft- ware, který umožňuje provázat programy Gaussian a Amber. Spočtené en- ergetické bariéry hydratační reakce a procesu navázání Ru(II) komplexu na DNA jsou v souladu s experimentálně změřenými rychlostními konstantami těchto reakcí. Vytvoření můstků bylo předpovězeno jako uskutečnitelné z termodynamického i kinetického hlediska.
|
|
|
Studium hydratačních modelů platinových komplexů významných při léčbě nádorových onemocnění
Bradáč, Ondřej ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Záliš, Stanislav (oponent)
V této práci jsou studovány biologicky významné komplexy, analogy cisplatiny, s centrálním atomem platiny ve stavu Pt(II) - trans-Pt[Cl2(NH3)(thiazol)], Pt[Cl(dietylentriamin)]+ , cis-Pt[Cl2(NH3)(piperidin)] a JM118 - komplex cis-Pt[Cl2(NH3)(cyklohexylamin)]. Dále s centrální platinou ve stavu Pt(IV) - JM149 - komplex cis-Pt[Cl2(OH)2(NH3)(cyklohexylamin)] a JM216 - komplex cis-Pt[Cl2(acetyl)2(NH3)(cyklohexylamin)]. U všech komplexů s výjimkou JM118 jsou spočteny hydratační reakce, tedy nahrazení chlorových ligandů aqua ligandy. Rovněž byly provedeny termodynamické a kinetické analýzy těchto reakcí a nábojové analýzy NPA jednotlivých reagujících komplexů. Veškeré optimalizace jsou provedeny metodou DFT s funkcionálem B3LYP. Reakce se odehrávají ve vakuu v přiblížení supermolekulárních komplexů.
|
|
|
Studium elektronových přeskoků v systému heterocyklických molekul metodami kvantové mechaniky. Simulace absorpčních a emisních spekter.
Tichý, Ondřej ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Tato práce pojednává o výpočtu dob života excitovaných stavů molekul za použití semiempirických metod v simulacích kvantové molekulové dynamiky. Jako referenční molekuly byly zvoleny pyrimidinové nukleové báze a tři azaderiváty. Na těchto molekulách byly provedeny simulace molekulových dynamik v programu MNDO99 a byla spočtena jejich statická spektra v programech Gaussian a Orca. Všechny zkoumané molekuly vykazují femtosekundové doby života druhých excitovaných stavů, pyrimidinové báze vykazují krátké doby života i u prvních excitovaných stavů v řádu stovek femtosekund. Spočtené první excitované stavy azaderivátů dosahují desítek až stovek pikosekund a naznačují souvislost mezi stabilitou stavu a menším počtem aminoskupin navázaných na cyklu molekuly.
|
|
|
Kvantově-mechanické výpočty hydridů přechodných kovů; porovnání vibrační analýzy s experimentálními daty.
Smítalová, Kateřina ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Pospíšil, Miroslav (oponent)
Tato práce porovnává výsledky čtyř teoretických metod výpočtu molekulových orbitalů v pěti vybraných bázích, které se liší svojí velikostí, s experimentálními daty. Jako referenční molekuly byly zvoleny dvouatomové hydridy přechodných kovů. Mezi vlastnosti, které byly porovnávány s experimentem, patří meziatomová vzdálenost, disociační energie, vybraná vibrační data a anharmonicity. Výpočty nerespektující teorii relativity poskytovaly nefyzikální výsledky. Bylo potvrzeno, že teorie vázaných klastrů je nejpřesnější ze zkoumaných metod teoretických výpočtů. Přesnosti bází korespondovaly s jejich velikostí. Přidáním několika polarizačních orbitalů k jedné z menších zkoumaných bází byly podstatně vylepšeny její výsledky. Dokonce bylo docíleno podobné přesnosti, jaké dosahovala největší zkoumaná báze. Její výpočetní čas byl ale významně kratší.
|
host ::
RSS.