Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 5 záznamů.  Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
The role of RECQ5 helicase in maintanance of genome stability
Urban, Václav ; Janščák, Pavel (vedoucí práce) ; Krejčí, Lumír (oponent) ; Blažek, Dalibor (oponent)
V průběhu replikace často dochází k zastavení postupu replikačních vidlic v důsledku poškození DNA templátu, přítomnosti transkripčních komplexů nebo tvorby sekundárních struktur DNA. RecQ helikázy patří v buňce k nejdůležitějším faktorům, které zajišťují stabilitu genomu za podmínek replikačního stresu. Přestože jsou transkripce i replikace esenciálními buněčnými mechanismy, jejich vzájemná interference může vést k poškození DNA a následné genomové nestabilitě. RECQ5 helikáza interaguje s RNA polymerázou II během elongační fáze transkripce a zabraňuje vzniku transkripcí indukovaného poškození DNA. V této studii ukazujeme, že RECQ5 interaguje také s RNA polymerázou I a zabraňuje ztrátě či znásobení úseků ribozomální DNA, na kterých dochází k přepisu ribozomální RNA. Prokázali jsme, že během S-fáze buněčného cyklu RECQ5 asociuje s transkripcí v místech právě probíhající replikace. Odstranění RECQ5 pomocí RNA interference vede k zastavení replikačních vidlic v oblastech transkribovaných RNA polymerázou I nebo II, což naznačuje, že RECQ5 udržuje stabilitu genomu v místech kolize mezi replikací a transkripcí. Snížením exprese RECQ5 pomocí RNA interference dochází v jádrech replikujících buněk k akumulaci RAD51 a RAD18 fokusů, které pravděpodobně představují nerozřešené replikační intermediáty, které...
Determinants of the splice site selection in protein-coding and long non-coding RNAs
Krchňáková, Zuzana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Svoboda, Petr (oponent) ; Blažek, Dalibor (oponent)
Ve své dizertační práci jsem se zaměřila na několik málo proskoumaných oblastí regulace sestřihu RNA. V první části jsem analyzovala, jak chromatinové a transkripční regulační elementy mění sestřih pre-mRNA. Ve druhé části jsem studovala, proč jsou dlouhé nekódující RNA méně efektivně stříhané než mRNA kódující proteiny. Nakonec jsem zkoumala důležitost intronu pro aktivační funkci dlouhých nekódujících RNA. Bylo ukázáno, že chromatin a promotor mění alternativní sestřih. Zde jsem testovala, zda lokální chromatinové a vzdálené genomové prvky, které ovlivňují transkripci, mohou také modulovat sestřih. Použila jsem enzymy modifikující histony a pomocí TALE technologie je navedla na specifické oblasti ve FOSL1 genu. Pomocí tohoto přístupu jsem ukázala, že změny metylace v lyzínu 9 histónu H3 ovlivňují konstitutivní sestřih. Navíc podávám důkaz, že odstranení transkripčního zesilovače vzdáleného několik kilobází od alternativního exonu mění sestřih alternativního exonu. Mnohé dlouhé nekódujíci RNA podléhají stejnému mechanizmu zpracování jako pre- mRNA genů kódujících proteiny, ale často jsou neefektivně sestřiženy. Abychom identifikovali základní mechanismy tohoto jevu, hledali jsme možné inhibiční sekvence sestřihu u těchto dlouhých nekódujících RNA. Celogenomová analýza ukázala, že obecně dlouhé...
Determinants of the splice site selection in protein-coding and long non-coding RNAs
Krchňáková, Zuzana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Svoboda, Petr (oponent) ; Blažek, Dalibor (oponent)
Ve své dizertační práci jsem se zaměřila na několik málo proskoumaných oblastí regulace sestřihu RNA. V první části jsem analyzovala, jak chromatinové a transkripční regulační elementy mění sestřih pre-mRNA. Ve druhé části jsem studovala, proč jsou dlouhé nekódující RNA méně efektivně stříhané než mRNA kódující proteiny. Nakonec jsem zkoumala důležitost intronu pro aktivační funkci dlouhých nekódujících RNA. Bylo ukázáno, že chromatin a promotor mění alternativní sestřih. Zde jsem testovala, zda lokální chromatinové a vzdálené genomové prvky, které ovlivňují transkripci, mohou také modulovat sestřih. Použila jsem enzymy modifikující histony a pomocí TALE technologie je navedla na specifické oblasti ve FOSL1 genu. Pomocí tohoto přístupu jsem ukázala, že změny metylace v lyzínu 9 histónu H3 ovlivňují konstitutivní sestřih. Navíc podávám důkaz, že odstranení transkripčního zesilovače vzdáleného několik kilobází od alternativního exonu mění sestřih alternativního exonu. Mnohé dlouhé nekódujíci RNA podléhají stejnému mechanizmu zpracování jako pre- mRNA genů kódujících proteiny, ale často jsou neefektivně sestřiženy. Abychom identifikovali základní mechanismy tohoto jevu, hledali jsme možné inhibiční sekvence sestřihu u těchto dlouhých nekódujících RNA. Celogenomová analýza ukázala, že obecně dlouhé...
The role of RECQ5 helicase in maintanance of genome stability
Urban, Václav ; Janščák, Pavel (vedoucí práce) ; Krejčí, Lumír (oponent) ; Blažek, Dalibor (oponent)
V průběhu replikace často dochází k zastavení postupu replikačních vidlic v důsledku poškození DNA templátu, přítomnosti transkripčních komplexů nebo tvorby sekundárních struktur DNA. RecQ helikázy patří v buňce k nejdůležitějším faktorům, které zajišťují stabilitu genomu za podmínek replikačního stresu. Přestože jsou transkripce i replikace esenciálními buněčnými mechanismy, jejich vzájemná interference může vést k poškození DNA a následné genomové nestabilitě. RECQ5 helikáza interaguje s RNA polymerázou II během elongační fáze transkripce a zabraňuje vzniku transkripcí indukovaného poškození DNA. V této studii ukazujeme, že RECQ5 interaguje také s RNA polymerázou I a zabraňuje ztrátě či znásobení úseků ribozomální DNA, na kterých dochází k přepisu ribozomální RNA. Prokázali jsme, že během S-fáze buněčného cyklu RECQ5 asociuje s transkripcí v místech právě probíhající replikace. Odstranění RECQ5 pomocí RNA interference vede k zastavení replikačních vidlic v oblastech transkribovaných RNA polymerázou I nebo II, což naznačuje, že RECQ5 udržuje stabilitu genomu v místech kolize mezi replikací a transkripcí. Snížením exprese RECQ5 pomocí RNA interference dochází v jádrech replikujících buněk k akumulaci RAD51 a RAD18 fokusů, které pravděpodobně představují nerozřešené replikační intermediáty, které...
Role of promoter in the regulation of alternative splicing
Kozáková, Eva ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Blažek, Dalibor (oponent)
Bylo ukázáno, že až 95 % genů obsahujích více než dva exony, podstupuje alternativní sestřih. Regulace alternativního sestřihu je velmi složitý proces. Většina intronů je odstraněna z pre- mRNA během transkripce a přibývá důkazů, které poukazují na důležitost chromatinových modifikací v regulaci alternativního sestřihu. V této práci ukazujeme, že inhibice histonových deacetyláz (HDACs), která způsobuje zvýšení acetylace histonů a zrychlení elongace Pol II, ovlivňuje alternativní sestřih přibližně 700 genů. Identifikovali jsme HDAC1, jejíž enzymatická aktivita je zodpovědná za změny v alternativním sestřihu. Poté jsme se zaměřili na Brd2 protein, který váže acetylované histony a ovlivňuje alternativní setřih ~ 300 genů. Dále jsme ukázali, že se Brd2 protein váže na promotory genů, které ovlivňuje. Dále jsme zjistili, že deplece histonacetyltransferázy p300 podporuje zahrnutí alternativního EDB exonu fibronektinového genu (FN1) v mRNA. Asociace p300 proteinu s CRE místy v promotoru je zprostředkována interakcí s CREB transkripčním faktorem. Vytvořili jsme sestřihové reportéry pod kontrolou arteficiálních promotorů obsahující CRE místa. Delece i mutace CRE míst v promotoru ovlivnila alternativní sestřih EDB exonu stejně jako deplece p300 proteinu. Poté jsme ukázali, že deplece p300 snižuje acetylaci...

Viz též: podobná jména autorů
13 BLAŽEK, David
4 Blažek, Daniel
13 Blažek, David
9 Blažek, Dušan
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.